Dalam tulisan terdahulu yang berjudul Troubleshooting Guide. ‘Keanehan-keanehan’ pada Electropherogram, kita bisa tahu bahwa tidak selamanya hasil pembacaan alat DNA sequencer kualitasnya baik. Nah, jika kebetulan electropherogram sampel kita jelek, jangan dulu frustasi, mungkin masih ada jalan keluar untuk meningkatkan kualitas electropherogram sehingga dapat terbaca dengan baik. Memang tidak semua electropherogram yang jelek bisa diselamatkan, jika kualitasnya sangat parah tentu jangan berharap bisa ‘disulap’ menjadi bagus. Tapi jika kualitas awalnya cukup bagus, bolehlah berharap kekurangannya dapat diperbaiki.
Software Basecaller
Kualitas electropherogram dapat ditingkatkan dengan menggunakan perangkat lunak (software) basecaller, software ini berfungsi untuk menterjemahkan data mentah (raw data) pembacaan laser pada mesin sequencer menjadi peak-peak electropherogram yang dapat dibaca komputer dan manusia (trace file). Selama ini pun setiap komputer mesin sequencer pasti memiliki software basecaller ini, namun kemampuan mereka masih ‘standar’ dan masih ada celah untuk ditingkatkan lagi. Beberapa software basecaller yang sangat terkenal yaitu Phred, TraceTuner, KB Basecaller dan PeakTrace. Semuanya dapat memproses data electropherogram yang dihasilkan oleh mesin sequencer bermerk ABI (Applied Biosystems, USA) berbagai tipe.
Pemrosesan Trace File vs Raw Data
Bagaimana software-software basecaller itu bekerja? Mari kita selidiki:
- Phred dan TraceTuner bekerja dengan melakukan re-basecalling data peak yang sudah diproses dalam trace file (bukan raw data), sehingga akurasi basecalling mereka sangat bergantung pada kualitas peak yang dihasilkan oleh ABI data collection software.
- KB Basecaller adalah software basecaller yang terintegrasi pada beberapa “Data Collection Software” bawaan mesin sequencing ABI generasi baru seperti seri 3100 dan 330/xl. Raw data diproses oleh KB Basecaller hingga menghasilkan trace file lengkap dengan Quality Value (QV) dari peak-peaknya.
- PeakTrace —seperti halnya KB Basecaller— bekerja dengan memproses kembali langsung dari raw datanya, namun dengan kelebihan yaitu mampu membaca raw data mesin generasi lama seperti ABI seri 3700 dan 377, yang sudah tidak didukung lagi oleh KB Basecaller. Dengan prinsip kerja seperti ini, PeakTrace bisa memberikan basecall yang lebih baik secara signifikan dengan error lebih sedikit dan pembacaan yang lebih panjang.
Dari keempat software di atas, kita akan membahas PeakTrace saja, selain tersedianya versi gratis, software ini pun diklaim memberikan output yang lebih baik.
PeakTrace
Peak trace dapat diakses langsung dari websitenya (www.nucleics.com) secara free alias gratis, tapi dibatasi maksimum 10 file yang dapat di-trace per hari. Jika jumlah file Anda sangat banyak dan rutin, Anda bisa menggunakan versi berbayar. PeakTrace dapat menangani electropherogram dari berbagai jenis mesin ABI baik keluaran baru atau lama, dan mesin sequencer MegaBACE.
Langsung Praktek
Untuk men-trace electropherogram menggunakan layanan PeakTrace gratis online, ikutilah langkah-langkah berikut, sangat simple:
- Klik tombol ‘Choose…‘ untuk mencari file electropherogram yang akan Anda trace (format *.ab1 atau *.abi). Anda dapat mengunggah (upload) 1 atau 2 file sekaligus.
- Tekan tombol ‘Upload Traces‘.
- Tunggulah sekitar 5-20 detik (waktu tunggu bergantung pada jumlah dan jenis trace dan juga load server saat itu).
- Klik link ‘Go to the PeakTrace basecalling results page now’.
- Hasil trace siap untuk diunduh (download) dengan mengklik link file output (sama dengan nama file yang anda submit).
Berikut ini adalah contoh tracing yang berhasil menggunakan PeakTrace. Nilai Q20+ meningkat sebesar 169 poin (32.50%). Bandingkan antara peak-peak sebelum (atas) dan setelah di-PeakTrace (bawah), terasa sangat membantu bukan?
Selalu berhasilkah?
Seperti telah disinggung di awal tulisan, tidak semua electropherogram dapat ditingkatkan kualitasnya menggunakan PeakTrace maupun software basecaller lainnya. Faktor utama yang membuat peak tidak dapat diperbaiki adalah:
- Panjang pembacaan. Untuk sampel DNA yang pendek, dimana pembacaan oleh KB Basecaller sudah sempurna maka kualitasnya tidak dapat ditingkatkan lagi oleh PeakTrace. Jadi kalau electropherogram Anda sudah bagus tidak perlulah ditrace lagi, hanya membuang waktu dan energi. Kemampuan PeakTrace akan lebih terasa pada sampel DNA yang cukup panjang dimana biasanya resolusi peak electropherogram pada bagian belakang (mendekati ujung 3′) sudah berkurang.
- Kekuatan signal raw data. Jika signal sangat lemah (mendekati level signal noise) maka PeakTrace tidak akan mampu berbuat apa-apa lagi. Kekuatan signal sangat penting terutama pada bagian ujung 3′. Ingat bahwa tugas PeakTrace adalah meningkatkan kualitas peak yang sudah cukup bagus, bukan membuat peak yang jelek jadi bagus.
- Kegagalan reaksi sequencing. Sudah pasti, PeakTrace dan software basecaller lainnya bukanlah pesulap yang dapat membuat suatu reaksi sequencing yang tidak terjadi menjadi seolah-olah berhasil. Signal yang bercampur akibat adanya dua template atau lebih. Kalau sudah begini, meskipun software basecaller mampu men-trace-nya, tetapi hasilnya tetap saja tidak berguna dan tidak memberikan hasil apa-apa.
 |
 |
 |
Sekuen pendek dengan pembacaan yang sudah bagus oleh software sequence collection
|
Kualitas electropherogram dengan signal yang lemah tidak dapat ditingkatkan lagi
|
PeakTrace tidak dapat menyulap reaksi yang gagal menjadi tiba-tiba berhasil
|
Bagaimana? Anda pun bisa langsung mencobanya sekarang dan membagi pengalaman Anda dengan pengunjung lainnya di kolom komentar di bawah.
This cell is undergoing programmed cell death. Photo: © 2001 by the University of Central Arkansas (from http://biology.about.com)
Sudah menjadi suatu karakteristik sel manusia untuk bereproduksi (mitosis dan meiosis), berkembang, dan mati (apoptosis).
Kematian sel ini telah terprogram di dalam sel dan merupakan hal yang terjadi secara alami. Selain itu, dengan mekanisme ini memungkinkan tubuh manusia untuk “membiarkan mati” sel-sel yang beresiko menyebabkan kanker. Bermanfaat juga kan? Tapi jangan senang dulu, karena apoptosis dapat terjadi di semua sel, termasuk sel-sel dalam otak. Ke”pikunan” mungkin dapat disebabkan oleh peristiwa alami ini. Sebuah “pedang bermata dua” bagi tubuh dan sebuah misteri bagi para peneliti.
+Continue Reading
JoVE: Lebih mudah memahami eksperimen
Ketika hendak menerapkan sebuah protokol kerja yang dipublikasikan orang lain dalam sebuah jurnal untuk eksperimen yang kita lakukan, cara mana yang menurut Anda paling mudah? Membaca sambil membayangkan langkah-langkahnya? Melihat visualisasi gambar/foto mengenai eksperimen tersebut? Atau melihat video yang berisi tutorial eksperimen yang dilakukan sendiri oleh authornya? Tentu setiap orang memiliki caranya sendiri, tetapi cara terakhir tentu akan dipilih oleh lebih banyak orang karena selain menghemat waktu, kita bisa sekalian mengetahui tetek bengek perkara teknis yang sering kita anggap remeh namun amat berpengaruh terhadap kesuksesan sebuah eksperimen. +Continue Reading
Logo RSS (image from adcet.edu.au)
Saat ini informasi begitu mudah didapat melalui internet, namun bagaimana cara paling mudah untuk membaca informasi dari internet? Setiap orang tentu punya cara tersendiri yang dirasa paling enak, misalnya dengan membuka situs dan membacanya langsung. Pada tulisan kali ini kami akan menunjukkan cara membaca informasi di internet yang lebih praktis dan mudah diakses dari mana saja kapan saja.
RSS atau Really Simple Syndication adalah fasilitas yang umumnya diberikan oleh suatu situs untuk mengambil hanya isi artikelnya saja, hanya tulisan dan kadang-kadang disertai gambar. Begitu terdapat update terbaru pada website maka otomatis ter-update juga pada RSS. Jadi anda mendapatkan beberapa keuntungan: +Continue Reading
Getting up-to-date with scientific discoveries is important and is one of the basic skills for scientists. There is a number of ways to do this. The two-most-common practices are to subscribe to electronic table of contents (e-toc) delivered to email and the second is to use RSS Feed reader. The latter is more practical and robust compared to the former. I believe some of you are already using this tool to retreive news or articles throughout the web, but for you who are new to this, this tool might be useful.
Basically, what RSS Feeds do is to retreive information from publishers that publish or broadcast feeds, in other words, they are the receiver, the so-called reader or aggregator. There is also a number of ways to use this tool. Some web browsers include this feature by default, such as Mozilla Firefox. We can also use email client such as Mozilla Thunderbird. There are also plenty of stand-alone programs that are dedicated exclusively to manage RSS Feed, such as FeedReader. If you don’t want to bother using those mentioned above for some reasons, web-based reader is also a great way to do this. There is no such ‘the best’ way on this, it is solely personal choice to choose which one that suits you. Here, as an example, I will give a brief ‘how to do’ description of getting feeds by using Google Reader. I chose this because it is very simple yet powerful and stable, and most importantly, you do not need to install anything, all you need is a web browser. However, you need to have an active account in Google.
First of all, you need to define which publishers/web contents that you need for your research. As an example, I will use Nature Publishing Group (NPG) as a feed source.
The following are the step-by-step of getting news feeds:
- Go to NPG website: http://www.nature.com/
- Open your Google Reader (you need to log in to your account)
- Open the link for Web Feeds in the Nature website
- Nature provides plenty of feeds option, for instance, I will subscribe to Nature-Issue (the top one)
- Open the link (Nature-Issue), and it will give you an option of how to subscribe
- On the pull-down menu, choose Google, and click subscribe now
- You will be prompted to choose to add subscription to be added to your Google home page or to Google Reader, choose Google Reader (again, this is personal preference)
- You are now subscribed to the Nature-Issue feeds. You must see the contents of the feeds immediately in your Google Reader
- You can manage where you want to put your Nature subscription in the Google Reader folder. For example, if you want to put it in ‘Journals’ folder, click ‘settings’ on top right corner of Google Reader, choose manage subscription. Find your subscription, next to it (at the right panel), click the ‘change folder’ pull-down menu and choose ‘new folder’. Type ‘Journals’. Your subscription is then automatically moved to your new ‘Journals’ folder.
- There is another way of doing it. Once you found the RSS link that you are looking for, click on that link and copy the link, paste it into ‘Add subscription’ toolbar in Google Reader.
- All done and enjoy browsing
Meskipun belum ada kasus infeksi flu babi pada manusia di Indonesia, namun tak ada salahnya kita melakukan tindakan antisipatif untuk mencegah hal-hal buruk menimpa kita. Berikut ini adalah rekomendasi CDC Amerika untuk menjaga agar tubuh kita tetap sehat.
- Pantau terus informasi. Banyak website dan media massa lainnya yang menyajikan informasi terkini mengenai penyebaran wabah flu babi. Selalu merujuk pada sumber yang dapat dipercaya agar tidak termakan isu-isu yang menyesatkan.
- Influenza diduga menyebar terutama antar individu melalui batuk dan bersin orang yang terinfeksi.
- Lakukan kegiatan sehari-hari yang dapat membuat Anda tetap sehat. Olah raga teratur yang disertai pola hidup sehat harus terus dilaksanakan.
- Tutuplah hidung dan mulut Anda dengan tissue ketika batuk atau bersin. Buang segera tissue yang sudah digunakan ke tempat sampah.
- Sering-seringlah mencuci tangan dengan sabun dan air, terlebih sehabis Anda batuk atau bersin. Pencuci tangan berbahan dasar alkohol juga efektif untuk digunakan.
- Jangan menyentuh mata, hidung atau mulut. Karena begitulah cara kuman menyebar.
- Tetap di rumah jika Anda sakit, sebaiknya tidak pergi bekerja atau bersekolah dan batasi kontak dengan orang lain agar tidak menularkan penyakit kepada orang lain.
- Ikuti petunjuk dari instansi kesehatan publik mengenai penutupan sekolah, hindari keramaian dan menjaga jarak dalam melakukan kegiatan sosial lainnya. Ini dilakukan jika wabah sudah terjadi di negeri ini, moga-moga nggak ya
- Mulailah menyiapkan P3K untuk keluarga Anda. Sediakan suplai makanan, obat-obatan, masker, pencuci tangan beralkohol dan barang-barang penting lainnya.
Sumber: CDC
Electropherogram DNA Sequencing (Image from sciencephoto.com)
Bagi Anda penggemar kloning tentu sering melakukan sekuen DNA plasmid rekombinan. Ini biasanya dilakukan untuk memverifikasi apakah insert yang kita klon sudah benar sesuai dengan yang kita inginkan dan mengecek apakah ada mutasi pada insert tersebut. Namun seringkali, hasil sequencing tersebut masih mengandung sekuen plasmid/vektor yang ikut terbaca.
Bagaimana cara membedakan sekuen plasmid/vektor dari insert? Ini penting karena jika kita ingin mempublikasikan sekuen plasmid rekombinan, maka harus dibersihkan terlebih dahulu dari sekuen vektornya, agar tidak terjadi ambiguitas. Cara yang paling mudah dan cepat adalah dengan bantuan VecScreen dari NCBI.
+Continue Reading
Kemajuan ilmu dan teknologi memang sangat luar biasa. Saat ini sebuah tim ilmuwan di Jerman telah berhasil membuat sel jantan (sperma) dari jaringan tulang bagian dalam yang membuka harapan akan pembuatan sel jantan dewasa secara massal yang dapat berguna dalam salah satu program terapi bagi pasangan yang kurang subur atau memperbaiki kesuburan pria yang menjadi mandul akibat menjalani terapi kanker.
Impian akan hal itu tampak masih jauh untuk dapat diterapkan, namun para ilmuwan berharap sangat dapat membuat sel jantan yang dewasa (matang) dalam waktu tiga tahun kedepan.
Tim peneliti dipimpin Profesor Karim Nayernia dari Universitas Goettingen, pertama-tama mengambil jaringan bagian dalam tulang para pria relawan. Dari sample tersebut mereka memisahkan sel batang mesenchymal (jaringan ikat dalam mesoderm yang akan berkembang didalam jaringan tubuh antara lain jaringan otot). Sel batang adalah sel yang belum matang (dewasa) yang dapat berkembang tumbuh menurut jalur fungsinya yang berbeda.
Dengan menggunakan salah satu bentuk vitamin A, para peneliti membuat sel mesenchymal menjadi sel awal PgCs sel pada tahap pertama perubahan bentuk menuju sel jantan. Dari para ahli genetika diketahui bahwa sebagian dari PgCs kemudian berubah menjadi sel batang spermatagonial tingkat yang lebih lanjut.
Dalam kondisi normal sel-sel tersebut secara bertahap akan berubah menjadi sel yang matang (dewasa), sel jantan dengan fungsinya yang dapat membuahi sel telur. Sekitar 3% sel batang yang diambil dari jaringan tulang bagian dalam dapat mencapai perubahan hinga ke bentuk sel spermatagonial.
Dalam penelitian sebelumnya, Profesor Nayernia mengambil dan mengembangkan sel batang sel jantan tikus dari jaringan tulang bagian dalam dan mentransplantasikan ke testes( buah zakar) hewan lain .
Nayernia berharap dari penelitian dunia ilmu kedokteran dapat membawa hasil bagi terapi pria tidak subur. Terutama ilmuwan yang memimpin penelitian ini menginginkan kemungkinan mengembalikan fertilitas pada pria usia muda yang harus menjalani kemoterapi karena mengidap kanker.
Hal itu dapat memungkinkan melakukan kultur (biakan murni) terhadap sel jantan di tahap awal di dalam laboratorium dari sampel jaringan bagian dalam tulang atau jaringan testes, yang akan dapat ditanamkan kembali ke testes (buah zakar).
Normal Red Blood vs Sickle Cells
Kontributor: Wati Chandra (Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)
Mutasi adalah suatu perubahan frekuensi dan kombinasi alel, gen, atau kromoson secara seketika (spontan).
Mutasi didefinisikan secara sederhana sebagai perubahan materi genetik berupa DNA/RNA (sifat-sifat yang dapat diwariskan secara genetik pada keturunannya). Mutasi dapat terjadi secara alami, namun kemungkinannya hanya 1:10.000 individu. Radiasi, radioaktif, dan senyawa kimia lainya dapat menyebabkan mutasi, bahkan tubuh dapat memutasi dirinya sendiri, hal ini disebabkan kesalahan dalam pembuatan materi genetik (tubuh menggandakan materi genetiknya setiap waktu) namun hal ini kemungkinannya sangat kecil yakni 10-6 sampai 10-8 setiap penggandaan. +Continue Reading
George Clooney
Banyak orang tidak menginginkan rambut abu-abu karena dianggap identik dengan usia lanjut, namun kini diduga bahwa proses yang menghasilkan rambut abu-abu tersebut dapat melindungi kita dari kanker.
Melanocyte adalah sel yang memproduksi pigmen yang mewarnai rambut, jumlah sel tersebut terus ditingkatkan oleh stem cell sehingga warna rambut dapat terus terjaga. Nah, jika rambut mulai berwarna abu-abu, itu karena jumlah stem cell dalam folikel rambut berkurang. Kenapa bisa berkurang? Inilah yang berusaha dijawab oleh Emi Nishimura dari Tokyo Medical and Dental University Jepang, dengan menelitinya pada tikus percobaan.
Image from technabob.com.
Nishimura bereksperimen dengan memajan (expose) tikus kepada radiasi dan bahan kimia yang dapat merusak DNA sehingga stem cell juga menjadi rusak dan berubah secara permanen menjadi melanocyte, akibatnya sudah barang tentu berpengaruh pada jumlah stem cell yang dapat menambah jumlah melanocyte. Dan ternyata sang tikus pun ikut-ikutan berbulu abu-abu (Cell, vol 137, p 1088). Tim Nishimura mengajukan bahwa proses yang sama juga terjadi pada manusia yang berusia lanjut, dimana kerusakan DNA terakumulasi seiring dengan bertambahnya usia, sehingga mengakibatkan penurunan jumlah stem cell dalam folikel.
David Fisher, seorang peneliti kanker di Harvard Medical School, menduga bahwa proses-proses tersebut dapat membantu melindungi kita dari kanker, yaitu dengan mengurangi proliferasi stem cell yang mengandung DNA yang rusak, yang mana dapat membawa mutasi. “Satu yang mungkin merupakan efek menguntungkan adalah tersingkirnya sel yang berpotensi bahaya yang mungkin mengandung kemampuan pra-kanker,” tambahnya.
Jadi pilih mana? Rambut hitam atau abu-abu?
Sumber: NewScientist.com
