Archive for April, 2009
Formula pakan tradisional baik itu untuk unggas ataupun ikan masih menggunakan tepung ikan sebagai sumber protein yang memang menjadi nutrisi utama bagi pertumbuhan hewan ternak. Kandungan tepung ikan dapat mencapai 40-45 %. Selain itu dalam formulasi biasanya ditambahkan minyak ikan sebesar 10- 15%. Ini mengindikasikan penggunaan tepung ikan sangat penting dalam industri pakan.
Diantara bahan-bahan lainnya, tepung ikan adalah bahan yang paling mahal. Nilai ekonomi yang tinggi dari tepung ikan dikarenakan tepung ikan menyediakan nutrisi yang mudah dicerna oleh hewan ternak. Namun penggunaan tepung ikan berlawanan dengan kebijakan penggunaan sumber akuatik yang berharga dan terbatas sebagai bahan pakan hewan. Padahal dunia sedang dikhawatirkan atas harga tepung ikan yang terus meningkat sebagai akibat dari peningkatan permintaan dunia akan tepung ikan, sementara sumber tepung ikan masih terbatas dan sulit diperoleh. Oleh karena itu hingga saat ini para ahli dan kalangan industri terus berusaha untuk mencari sumber protein baru yang dapat menggantikan tepung ikan.
Bungkil Kacang Kedelai (Soybean Meal)
Tidak seperti tepung dan minyak ikan, bungkil kacang kedelai/soybean meal (SBM) merupakan sumber global protein dan lemak yang sangat berlimpah. Penggantian tepung dan minyak ikan dengan SBM memberikan kemungkinan kestabilan harga pakan ternak di masa depan.
Bagaimanapun para peternak masih ragu untuk menggunakan produk SBM sehubungan dengan ketakutan turunnya palatabilitas dan kecernaan, pertumbuhan yang lambat, dan feed conversion rate (FCR) yang buruk. Sementara konsumen khawatir hal ini akan mengurangi kualitas daging ternak karena turunnya beberapa nutrisi penting, misalnya kandungan asam lemak tak jenuh omega 3 pada daging ikan laut.
Studi penggantian tepung ikan
Telah dilakukan studi oleh Sam Ceulemans dan Peter C dari INVE Aquaculture Nutrition, Belgia, untuk mengetahui pengaruh penggantian tepung dan minyak ikan dengan protein dan minyak nabati yang berasal dari produk SBM. Eksperiment dilakukan terhadap ikan Sparus aurata, salah satu spesies utama dari ikan laut yang hidup di kawasan Mediterania.
Studi dilakukan dengan memberi makan ikan Sparus aurata dengan pakan yang mengandung kadar protein 45% dan lemak 20%. Ada tiga perlakuan berbeda.
- FM65. 65% sumber protein berasal dari tepung ikan, sisanya dari SBM dan 95% sumber lemak dari minyak ikan sisanya dari produk SBM.
- FM50. 50 % sumber protein dan 75% sumber lemak didapat dari produk ikan.
- FM35. 35% sumber protein dan 60% sumber lemak dari produk ikan.
Penggantian protein dan lemak dengan sumber nabati ini diseimbangkan dengan penambahan pemberian Lysisn dan Methionin, Phospor, dan zat penambah kecernaan.
Eksperimen
Eksperimen ini dilakukan pada sistem resirkulasi akuakultur indoor dengan menggunakan tank fiber silinder 18600 liter pada suhu 22 celsius dan salinitas 37 ppt.
Ikan dengan berat awal 29 gram sebanyak 40 ekor/tank, dan diberi makan selama 10 minggu. Tank dihubungkan dengan alat biofiltrasi. Cahaya diberikan selama 12 jam. Ammonia total dan kadar nitrogen dianalisa setiap 3 kali seminggu. Suhu dan oksigen terlarut di monitor setiap hari.
Hasil
Tiga pakan yang berbeda memperlihatkan hasil yang serupa tanpa perbedaan yang signifikan. Laju pertumbuhan spesifik (Spesific growth rate) dan FCR juga hampir sama. Juga tidak ada perbedaan mencolok pada indeks hepatosomatic dan viscerosomatic, atau pada hasil analisis proksimat pada komposisi liver dan fillet.
Tabel 1. Formula pakan untuk tiga komposisi pakan berbeda
|
FM65
|
FM50
|
FM35
|
| South american fish meal (%) |
45.3
|
34.8
|
24.4
|
| Fish oil (%) |
15
|
11.5
|
9.8
|
| Defatted soybean meal (%) |
18.3
|
22.5
|
35
|
| Soya protein concentrate (%) |
-
|
7.2
|
4.6
|
| Corn gluten (%) |
4
|
4
|
4.3
|
| Wheat gluten (%) |
3.8
|
1.1
|
1
|
| Pea protein concentrate (%) |
-
|
-
|
4.7
|
| Rapeseed meal (%) |
-
|
5.9
|
-
|
| Soybean oil (%) |
-
|
4
|
6
|
| Wheat flour (%) |
13.1
|
7
|
7
|
| Vitamin/mineral premix (%) |
0.5
|
0.5
|
0.5
|
| Lysin (%) |
-
|
0.1
|
0.15
|
| Methionin (%) |
-
|
0.1
|
0.1
|
| Monocalcium phosphate (%) |
-
|
0.2
|
0.4
|
| Palatability/digestability enhancer (%) |
-
|
1
|
2
|
| Protein from marine origin (%) |
65
|
50
|
35
|
| Fat from marine origin (%) |
95
|
73
|
60
|
| Formulation cost (%) |
100
|
93
|
85
|
Kesimpulan
Kesimpulan dari hasil ini adalah produk SBM dapat digunakan sebagai pengganti tepung dan minyak ikan sebagai sumber protein dan lemak.
Lampiran.
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Bicara tentang analisa bioteknologi, salah satu hal yang sedikit merepotkan adalah buffer. Buffer atau larutan penyangga adalah larutan yang terdiri dari asam lemah dan garam-nya yang dapat mempertahankan dan menjaga pH. Bidang bioteknologi tidak bisa dipisahkan dari penggunaan larutan ini.
Kebutuhan buffer kadang menyulitkan karena hampir setiap analisa membutuhkan kondisi pH tertentu yang relatif stabil. Karena banyaknya macam dan jenis buffer, pemilihan buffer yang akan digunakan menjadi masalah tersendiri.
Dalam memilih buffer, yang harus diperhatikan adalah pH optimum serta sifat-sifat biologisnya. Banyak jenis buffer yang mempunyai impact terhadap sistem biologis, aktivitas enzim, substrate, atau kofaktor.
Sebagai contoh buffer phosphat akan menghambat aktivitas dari beberapa metabolik enzim termasuk karboksilase, fumarase, dan phosphoglucomutase. Barbiturate menghambat phophorilasi oksidatif. Tris buffer bereaksi dengan amin primer dan memodifikasi transport elektron dan phosphorilasi pada kloroplast. Tris juga menghambat enzim respirasi di mitokondria. Dan masih banyak efek lain yang diberikan buffer. Oleh karena itu pemilihan buffer terkadang menjadi kesulitan yang cukup merepotkan. Oleh karena itu, gunakan konsentrasi buffer serendah mungkin yang masih dapat untuk memaintain pH.
Berikut beberapa macam buffer yang kerap digunakan:
GLYCINE-HCL; PH 2.2-3.6, PKA = 2.35
Campur 25 ml 0.2 M glycine dan x ml HCl, kemudian encerkan hingga 100 ml dengan air suling.
|
x (ml)
|
pH
|
|
22.0
|
2.2
|
|
16.2
|
2.4
|
|
12.1
|
2.6
|
|
8.4
|
2.8
|
|
5.7
|
3.0
|
|
4.1
|
3.2
|
|
3.2
|
3.4
|
|
2.5
|
3.6
|
SODIUM ACETATE; PH 3.6-5.6, PKA = 4.76
Mencampurkan 0.1N acetic acid dan 0.1N sodium acetate untuk mencapai pH tertentu.
|
acetic acid
(ml)
|
sodium acetate (ml)
|
pH
|
|
185
|
15
|
3.6
|
|
176
|
24
|
3.8
|
|
164
|
36
|
4.0
|
|
147
|
53
|
4.2
|
|
126
|
74
|
4.4
|
|
102
|
98
|
4.6
|
|
80
|
120
|
4.8
|
|
59
|
141
|
5.0
|
|
42
|
158
|
5.2
|
|
29
|
171
|
5.4
|
|
19
|
181
|
5.6
|
BUFFERED SALINE (PBS, TBS, TNT, PBT)
Larutan buffer saline sering digunakan ketika melakukan eksperiment yang berhubungan dengan immunolocalization. Ada beberapa variasi dari buffer ini, tiga diantaranya sebagai berikut.
| PBS 20x stock |
|
|
TBS |
| Potassium chloride |
4 g
|
53.6 mM
|
Potassium chloride 4 g |
| NaCl |
160 g
|
274 mM
|
NaCl 160 g |
| Potassium phosphate monobasic |
4 g
|
29.4 mM
|
Tris buffer (10 mM, pH 7.5) to 1 liter |
| Sodium phosphate dibasic (7•H2O) DI |
43.2 g
|
17.5 mM to 1 liter
|
Use TBS when performing immunocytochemical |
|
|
|
experiments on phosphate-sensitive tissues |
|
|
|
(photosynthetic tissues typically) |
| TNT |
|
|
PBT |
| NaCl |
150 mM
|
|
PBS to vol |
| Tris buffer (100 mM, pH 7.5) |
to 1 liter
|
|
Tween 20 1% (v/v) |
CACODYLATE BUFFER; PH 5.0-7.4, PKA = 6.27
Sodium cacodylate buffer [Na(CH3)2 AsO2 • 3H2O] adalah alternatif dari Sørensen’s phosphate buffer. Mempunyai kapasitas buffer yang baik pada range pH 5.0-7.4. Cacodylate digunakan untuk aplikasi mikroskop elektron sebagai metode untuk menghindari penambahan phosphate saat sample preparasi. Mitochondria dan arganela lainnya dapat rusak jika terkena konsentrasi phosphate berlebih yang terdapat dalam Sørensen’s buffers.
Siapkan 0.2 M sodium cacodylate stock solution dalam air (4.28 g/100 ml). Tambahkan x ml 0.2 N HCL per 100 ml cacodylate stock solution, diikuti denga penambahan air demin sampai volume 400 ml hingga diperoleh 0.05 M cacodylate buffer pada pH yang diinginkan.
|
0.2 M HCl
|
pH
|
|
94.0
|
5.0
|
|
90.0
|
5.2
|
|
86.0
|
5.4
|
|
78.4
|
5.6
|
|
69.6
|
5.8
|
|
59.2
|
6.0
|
|
47.6
|
6.2
|
|
36.6
|
6.4
|
|
26.6
|
6.6
|
|
18.6
|
6.8
|
|
12.6
|
7.0
|
|
8.4
|
7.2
|
|
5.4
|
7.4
|
CITRATE BUFFER; PH 3.0-6.2, PKA = 6.40
Citrate buffer stock solutions: A: 0.1 M citric acid; B: 0.1 M sodium citrate. Campurkan kedua larutan dengan perbandingan volume dan encerkan dengan air sampai 100 ml untuk membuat pH yang diinginkan.
|
0.1 M citric acid
|
0.1 M sodium citrate
|
pH
|
|
46.5
|
3.5
|
3.0
|
|
43.7
|
6.3
|
3.2
|
|
40.0
|
10.0
|
3.4
|
|
37.0
|
13.0
|
3.6
|
|
35.0
|
15.0
|
3.8
|
|
33.0
|
17.0
|
4.0
|
|
31.5
|
18.5
|
4.2
|
|
28.0
|
22.0
|
4.4
|
|
25.5
|
24.5
|
4.6
|
|
23.0
|
27.0
|
4.8
|
|
20.5
|
29.5
|
5.0
|
|
18.0
|
32.0
|
5.2
|
|
16.0
|
34.0
|
5.4
|
|
13.7
|
36.3
|
5.6
|
|
11.8
|
38.2
|
5.8
|
|
9.5
|
41.5
|
6.0
|
|
7.2
|
42.8
|
6.2
|
SØRENSEN’S PHOSPHATE BUFFER; PH 5.8-8.0, PKA = 7.20
Campur sejumlah tertentu stock solution dan tambahkan air suling untuk mendapatkan 100 ml larutan Sørensen’s phosphate buffer 0.1 M. Ingat, konsentrasi phosphate yang tinnggi dapat bersifat toksik bagi sel tanaman.
Stock solutions: A 0.2 M NaH2PO4 B 0.2 M Na2HPO4
|
A (ml)
|
B (ml)
|
pH
|
|
92.0
|
8.0
|
5.8
|
|
87.7
|
12.3
|
6.0
|
|
81.5
|
18.5
|
6.2
|
|
68.5
|
31.5
|
6.5
|
|
62.5
|
37.5
|
6.6
|
|
56.5
|
43.5
|
6.7
|
|
51.0
|
49.0
|
6.8
|
|
45.0
|
55.0
|
6.9
|
|
39.0
|
61.0
|
7.0
|
|
33.0
|
67.0
|
7.1
|
|
28.0
|
72.0
|
7.2
|
|
23.0
|
77.0
|
7.3
|
|
19.0
|
81.0
|
7.4
|
|
16.0
|
84.0
|
7.5
|
|
8.5
|
91.5
|
7.8
|
|
5.3
|
94.7
|
8.0
|
PHOSPHATE-CITRATE BUFFER; PH 2.2-8.0, PKA = 7.20/6.40
Untuk membuat 100 ml larutan buffer phosphat-citrate. Stock solutions:
0.2 M dibasic sodium phosphate; 0.1 M citric acid.
|
0.2 M Na2HPO4 (ml)
|
0.1 M citrate (ml)
|
pH
|
|
5.4
|
44.6
|
2.6
|
|
7.8
|
42.2
|
2.8
|
|
10.2
|
39.8
|
3.0
|
|
12.3
|
37.7
|
3.2
|
|
14.1
|
35.9
|
3.4
|
|
16.1
|
33.9
|
3.6
|
|
17.7
|
32.3
|
3.8
|
|
19.3
|
30.7
|
4.0
|
|
20.6
|
29.4
|
4.2
|
|
22.2
|
27.8
|
4.4
|
|
23.3
|
26.7
|
4.6
|
|
24.8
|
25.2
|
4.8
|
|
25.7
|
24.3
|
5.0
|
|
26.7
|
23.3
|
5.2
|
|
27.8
|
22.2
|
5.4
|
|
29.0
|
21.0
|
5.6
|
|
30.3
|
19.7
|
5.8
|
|
32.1
|
17.9
|
6.0
|
|
33.1
|
16.9
|
6.2
|
|
34.6
|
15.4
|
6.4
|
|
36.4
|
13.6
|
6.6
|
|
40.9
|
9.1
|
6.8
|
|
43.6
|
6.5
|
7.0
|
BARBITAL BUFFER; PH 6.8-9.2, PKA = 7.98
Untuk membuat 200 ml larutan buffer. Kedalam 50 ml Sodium barbital 0.2 M, tambahkan x ml 0.2 M HCl. Tambahkan air suling hingga volume 200 ml.
|
0.2 M HCl (x ml)
|
pH
|
|
1.5
|
9.2
|
|
2.5
|
9.0
|
|
4.0
|
8.8
|
|
6.0
|
8.6
|
|
9.0
|
8.4
|
|
12.7
|
8.2
|
|
17.5
|
8.0
|
|
22.5
|
7.8
|
|
27.5
|
7.6
|
|
32.5
|
7.4
|
|
39.0
|
7.2
|
|
43.0
|
7.0
|
|
45.0
|
6.8
|
TRIS BUFFERS
|
Solution
|
Preparation
|
| Tris, 1 M stock |
121.1 g Tris base dilute with 800 ml DI Dissolve and adjust pH with the following approximate amount of HCl: 70 ml pH 7.4, 60 ml pH 7.6, 42 ml pH 8.0. |
| EDTA, 0.5 M |
186.1 g Disodium ethylene diamine tetraacetate. Adjust pH to approx. 8.0 and stir until dissolved |
| SSC, 20x |
175.3 g NaCl, 88.2 g NaCitrate dilute with 800 ml DI. Adjust pH to 7.0 with NaOH then add DI to 1 liter |
| SSPE, 20x |
174 g NaCl, 27.6 g NaH2PO4 • H2O, 7.4 g EDTA, dilute with 800 ml DI. Adjust pH to 7.4 with NaOH then add DI to 1 liter |
| TE |
10 mM Tris and 1 mM EDTA Adjust pH using Tris stock solution. |
| STE (TNE) |
10 mM Tris, 100 mM NaCl, and 1 mM EDTA Adjust pH to 8.0 using Tris stock solution |
GLYCINE- NAOH BUFFER; PH 8.6-10.6, PKA = 9.78
Stock solutions:
0.2 M glycine
0.2 NaOH
Campur 25 ml glycine stock solution dengan x ml 0.2 M NaOH dan encerkan dengn air suling hingga volume 100 ml.
|
x ml 0.2 M NaOH
|
pH
|
| 2.0 |
8.6 |
| 3.0 |
8.8 |
| 4.4 |
9.0 |
| 6.0 |
9.2 |
| 8.4 |
9.4 |
| 11.2 |
9.6 |
| 13.6 |
9.8 |
| 19.3 |
10.4 |
| 22.75 |
10.6 |
Demikian beberapa buffer yang bisa dijadikan pilihan untuk digunakan. Perlu diingat, bahwa larutan buffer hanya berfungsi untuk mempertahankan pH. Ini tidak berarti bahwa pH tidak akan berubah. Perubahan dan gangguan yang besar dalam sistem dapat merubah pH meskipun telah ditambahkan buffer ke dalamnya.
Hal ini karena buffer hanya menjaga agar pH tidak terlalu berubah signifikan dengan adanya perubahan konsentrasi ion hidrogen dalam sistem.
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Flu merupakan penyakit pernafasan yang disebabkan oleh virus yang biasa disebut virus influensa. Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Ada 3 bentuk virus, virus A, B, dan C. Tipe A dan B adalah virus yang menyerang manusia. Sementara virus tipe C jarang menyerang manusia.
Virus influensa tipe A memiliki beberapa subtipe yang ditandai adanya Hemagglutinin (H) dan Neuramidase (N).

Gambar 1. Struktur virus influensa A
Strain virus dikarakterisasikan berdasarkan dua macam protein yang terdapat pada permukaan virus. Dua macam protein tersebut adalah Neuraminidase dan Hemagglutinin. Kedua protein ini terdapat di permukaan virus layaknya paku-paku yang menancap. Dan kira-kira 80% nya adalah hemagglutinin, protein trimerik yang berfungsi dalam proses penyerangan virus ke sell tuan rumah. Sedangkan 20 %-nya terdiri dari neuraminidase, yang diperkirakan terlibat dalam pelepasan partikel virus baru dari cell host. Bagian dalam sell mengandung RNA yang merupakan kode genetik untuk proses replikasi.
Pada virus influensa, terdapat 15 subtipe hemagglutinin yang berbeda dan 9 subtipe neuraminidase. Untuk setiap perbedaan tipe akan menghasilkan virus dengan strain yang berbeda juga. Sebagai contoh virus flu burung, AH5N1. A untuk tipe virus influensa jenis A, hemagglutinin tipe 5, dan neuraminidase tipe 1. Dan virus ini akan terus bermutasi menghasilkan virus-virus baru yang lain dengan virus asalnya. Misalnya virus H9N14, H9N2, H1N1, dan strain-strain lainnya. Diketahui bahwa yang paling mematikan adalah strain virus H5 dan H7 yang dapat menimbulkan kematian yang luas pada hewan ternak.

Gambar 2. Perkembangan mutasi virus influensa
Virus influensa yang menyerang unggas disebut virus Avian Influensa (AI). Awalnya virus ini hanya menular antar unggas. Namun kemudian diketahui bahwa virus ini mampu menyerang hewan lainnya seperti babi dan sapi. Kebanyakan strain virus tidak dapat berpindah dari hewan kepada manusia, namun virus yang telah bermutasi dan menyerang manusia dapat menular ke manusia lainnya, hal ini dapat menyebabkan pendemik flu yang luas. Virus flu burung yang kemarin sempat membuat heboh adalah subtipe H5N1 yang memiliki waktu inkubasi selama 3-5 hari.
Virus Flu dapat menyebar melalui udara, berbagi alat makan dan minum, atau kontak langsung dengan penderita. Intinya virus flu sangat mudah menyebar dan menular. Virus yang menempel di kulit dapat masuk ke dalam tubuh saat menyentuh atau menggaruk hidung dan mulut. Mencuci tangan sangat penting guna membatasi penyebaran virus. Gejala akan terasa pada satu sampai empat hari setelah infeksi.

Gambar 3. Infeksi virus masuk melalui hidung
Biologi molekuler dari virus influenza sangat kompleks dan full mekanisme-nya masih belum jelas seluruhnya. Meski begitu, para ahli sudah menyadari bahwa vaksin anti influenza yang efektif tidak akan dapat dikembangkan karena proses mutasi sang virus yang sangat cepat. Sekali vaksin telah berhasil diciptakan untuk satu jenis virus, virus tersebut dengan cepat akan bermutasi dan menjadi resistan. Vaksin terus diproduksi untuk virus-virus A dan B yang telah diketahui, meskipun strain baru dari virus tersebut masih bisa menginfeksi orang-orang yang telah di beri vaksinasi. Inilah mengapa virus influensa seringkali menjadi wabah pendemik yang luas.
Banyak sudah usaha membuat obat dan antivirus influensa telah dilakukan. Namun tidak ada satu obat/antivirus-pun yang mampu untuk menghancurkan semua jenis strain virus. Pembuatan antivirus harus terus dilakukan seiring dengan munculnya virus influensa dengan strain-strain baru.
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Analisa DNA sequencing merupakan salah satu tools yang sangat penting dalam mengungkap rahasia genetik di balik kehidupan. Banyak sekali penelitian life science yang melibatkan analisa ini. Pencapaian terbesar teknologi DNA sequencing saat ini adalah terungkapnya urutan basa nukleotida yang menyusun genom manusia. Para peneliti yang menggunakan tools ini seringkali menghadapi masalah dalam melakukan analisa, output yang dihasilkan seringkali tidak memuaskan. DNA sequencing menggunakan elektrophoresis kapiler merupakan teknologi kunci pada laboratorium-laboratorium life science. Berikut ini adalah beberapa hal yang penting untuk diketahui yang menjadi faktor penentu keberhasilan analisa DNA Sequencing.
Ekstraksi DNA untuk DNA sequencing
Ekstraksi DNA adalah langkah pertama yang sangat penting dalam langkah-langkah kerja analisis DNA sequencing. Kualitas secara keseluruhan, akurasi dan panjang pembacaan urutan basa DNA dapat dipengaruhi secara signifikan oleh karakter sample itu sendiri, dan metode yang dipakai untuk ekstraksi DNA. Mengisolasi DNA dengan kualitas tinggi dari berbagai jenis sample memiliki tantangan tersendiri, dan metode yang ideal akan beragam bergantung pada jenis jaringan/tissue (termasuk darah), bagaimana ia diperoleh dari sumbernya, dan bagaimana sample ditangani atau disimpan sebelum diekstrak. Metode untuk isolasi asam nukleat sering dikerjakan menggunakan penghancuran mekanik atau metode kimiawi, yang kadang-kadang juga terotomatisasi. Baik metode ekstraksi manual maupun otomatis yang digunakan, kita harus berhati-hati untuk meminimalisir degradasi DNA, dengan menghindari ekspos terhadap panas, cahaya, freeze-thaw yang berulang-ulang dan vortex. Selanjutnya, laboratorium harus diatur sedemikian rupa untuk meminimalisir kemungkinan kontaminasi silang diantara sample.
Desain Primer dan Amplifikasi
Urutan kerja DNA sequencing secara umum mengharuskan kita mengamplifikasi hasil ekstraksi DNA sample sebelum disekuen. Untuk mengamplifikasi DNA sample, kita membutuhkan DNA polymerase, nukleotida (dNTP), buffer reaksi, primer dan sebuah thermal cycler.
Sequencing Chemistries
Cycle sequencing merupakan metode sederhana yang mana terdiri atas proses denaturasi, annealing dan ekstensi yang berulang-ulang dalam sebuah mesin thermal cycler, menghasilkan amplifikasi linear produk-produk ekstensi. Produk ini kemudian diinjeksikan ke dalam sebuah kapiler. Untuk Applied Biosystems, ada 2 kategori pendekatan sequencing chemistry: Dye Primer Chemistry dan Dye Terminator chemistry.
|
|
| Gambar 1: Cycle Sequencing |
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Secara umum, antibiotik itu adalah sebuah senyawa atau zat (juga dikenal dengan chemotherapeutic agent) yang dapat membunuh atau menghambat pertumbuhan bakteri. Antibiotik-antibiotik yang tergolong pada kelompok senyawa-senyawa antimikrobial digunakan untuk mengobati infeksi-infeksi yang disebabkan oleh mikroorganisme termasuk fungi dan protozoa.
Dalam teknik biologi molekular, antibiotik telah digunakan secara luas untuk membunuh/menghambat pertumbuhan bakteri, fungi, yeast dan juga mycoplasma. Berikut ini adalah beberapa jenis antibiotik yang umum digunakan beserta referensi mengenai mekanisme, kisaran penggunaan dan konsentrasi kerja yang diperlukannya.
*Singkatan: Gm(+/-)=Gram positif/negatif; My=mycoplasma; F=fungus; Ye=yeast.
Ampicillin
- Kelas: Beta-lactam
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Menghambat transpeptidase yang diperlukan untuk sintesis dinding sel
- Resistensi disebabkan oleh Beta-lactamase. Memotong cincin beta-lactam pada amphicillin
- Konsentrasi: 100 – 200 ug/ml
Amphotericin B
- Kelas: Beta-lactam
- Kisaran: Ye, Fu, My
- Mekanisme: Membentuk Kompleks dengan kolesterol, membentuk suatu pori yang membuat glukosa bisa lolos (leakage)
- Konsentrasi: 2.5 ug/ml
Carbenicillin
- Kelas: Beta-lactam
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Seperti ampicillin
- Penyebab resistensi sama seperti ampicillin, tetapi carbenicillin rusak lebih lambat oleh beta-lactamase
- Konsentrasi: 100 ug/ml
Chloramphenicol
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mengikat pada ribosomal 50S subunit, mencegah peptidyl transferase yang diperlukan untuk translasi
- Resistensi disebabkan oleh Chloramphenicol acetyltransferase yang menambahkan sebuah gugus asetil untuk membentuk AcoA pada chloramphenicol, dengan menginaktifasinya
- Konsentrasi: 5 – 10 ug/ml
Erythromycin
- Kelas: Macrolide
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme mirip dengan chloramphenicol
- Resistensi disebabkan oleh ermC methyltransferase yang memetilasi 23S rRNA, mencegah penempelan erythromycin ke ribosom
- Konsentrasi: 100 ug/ml
Kanamycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-, My
- Mekanisme: Terikat pada 30S ribosomal sub-unit, memblokir inisiasi kompleks dan menyebabkan frame-shift mutations serta menghambat translasi
- Resistensi disebabkan oleh Kanamycin phosphotransferase yang mempengaruhi posforilasi ATP-dependent pada residu-residu hydroxyl pada kanamycin
- Konsentrasi: 100 ug/ml
Gentamycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mirip dengan kanamycin
- Resistensi disebabkan oleh Gentamycin acetyltransferase; mekanisme mirip dengan chloramphenicol acetyltransferase
- Konsentrasi: 25 – 50 ug/ml
Neomycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mirip dengan kanamycin
- Resistensi disebabkan oleh Neomycin phosphotransferase; mekanisme mirip dengan kanamycin phosphotransferase
- Konsentrasi: 25 – 50 ug/ml
Nystatin
- Kisaran: Ye, Fu
- Mekanisme: Mirip dengan amphotericin B
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Rifampicin (Rifampin)
- Kelas: Semi-synthetic
- Kisaran Gm+, Gm-
- Mekanisme: Menghambat DNA dependent RNA polymerase, mencegah terjadinya transkripsi
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Streptomycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mengikat pada 16S ribosomal sub-unit, mencegah inisiasi pada translas
- Resistensi disebabkan oleh Streptomycin 3’-adenyltransferase yang mentransfer gugus adenyl dari ATP ke streptomycin
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Tetracycline
- Kelas: Tetracyclin
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mencegah aminoacyl tRNA agar tidak terikat pada 30S sub-unit
- Resistensi disebabkan oleh TetR-TN10 gene yang mengkodekan sebuah inner membrane protein yang memompa tetracycline keluar dari sel
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Sumber: bitesizebio.com
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Mencari literatur ilmiah saat ini tidak sesulit dulu. Adanya internet mempermudah orang untuk mencari atau berbagi informasi apa saja, termasuk literatur ilmiah. Kalau di tahun 90-an literatur ilmiah seperti jurnal hanya bisa didapatkan di perpustakaan-perpustakaan –itu pun belum tentu lengkap, kini dengan duduk rileks di depan komputer, literatur dengan mudah didapat, asalkan ada jaringan internet. Setelah sedikit nanya sama Om Google, dengan beberapa kali klik literatur sudah di tangan (maksudnya di harddisk).
Semudah itu? Ternyata tidak juga. Memang sih ribuan bahkan jutaan literatur bertebaran di internet, tapi bagaimana cara kita memilah literatur mana yang benar-benar kita perlukan? Nggak mungkin kita mengunduh (mendownload –red) semua literatur dan membacanya satu per satu. Barangkali Om Google bisa membantu memilah asalkan kita menuliskan kata kunci (keyword) pencarian yang tepat, apalagi dengan adanya Google Scholar yang mengkhususkan pencarian referensi ilmiah di internet. Namun rasanya itu saja belum cukup, masih terlalu banyak hasil pencarian yang mesti kita pilah-pilah.
+Continue Reading
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini: