Archive for May, 2009

10 Kiat Agar Tetap Energik

Hmm… Apa yang terjadi pada Anda setiap jam 3 sore di kantor? Pikiran mumet, badan lelah, mata mengantuk, menguap berkali-kali dan pikiran sudah tertuju pada kasur empuk di rumah? Memang akibat kerja sedari pagi membuat energi kita terkuras, tapi normalkah itu? Mengapa orang lain ada yang masih segar dan tetap semangat bekerja? Bisakah kita merasa fit seharian seperti pemeran iklan suplemen energi dan stamina di TV? Tentu saja bisa, bahkan tanpa harus mengkonsumsi suplemen ini itu. Cobalah 10 tips yang diberikan oleh para ahli fitness, tidur, nutrisi, psikologi dan pengobatan alternatif berikut ini agar Anda tidak ‘lowbat’ alias gampang soak bin lelah.

1. Dapatkan cahaya yang cukup

Dapatkan cahaya yang tepat dan Anda akan mendapatkan energi yang cukup banyak. Tapi masalahnya banyak rumah atau ruang kantor yang tidak memperhatikan asupan cahaya matahari, umumnya hanya mengandalkan cahaya lampu saja. Padahal cahaya matahari mengandung cahaya biru dengan panjang gelombang pendek pengaktif otak. Menurut Mariana Figueiro, asisten profesor di Pusat Riset Pencahayaan pada Institut Politeknik Rensselaer di Troy, New York, ritme jam biologis manusia lebih sensitif terhadap cahaya biru dibanding cahaya lainnya. Untuk memperoleh manfaat cahaya biru penambah energi tersebut, bukalah tirai jendela rumah sesaat setelah bangun pagi dan biarkan cahaya matahari masuk, atau jalanlah setiap pagi selama kira-kira 30 menit. Sewaktu bekerja di siang hari sebisa mungkin usahakanlah pergi ke luar kantor, jangan hanya mengurung diri di dalam ruangan. Jika ruang kantor Anda minim akan cahaya matahari, bantulah dengan menggunakan bola lampu bercahaya alami/natural, atau lebih baik lagi yang memiliki teknologi cahaya biru.

2. Makan makanan yang mengandung protein

Para ahli berpendapat, makanan berprotein dapat meningkatkan kewaspadaan mental dan energi. Protein mengandung tyrosine, sebuah asam amino yang meningkatkan senyawa kimia otak yaitu dopamine dan norepinephrine. Senyawa tersebut meningkatkan kepuasan juga. Memakan protein nabati atau hewani –sebutir telur atau sereal berprotein tinggi untuk sarapan, 10 butir kacang almond menjelang siang, secangkir yogurt rendah gula di siang hari– maka stamina Anda akan stabil.

3. Ulurkan tangan Anda untuk kebaikan

Riset memperlihatkan bahwa Anda akan mendapatkan serbuan endorphin yang dapat bertahan selama berjam-jam ketika Anda berbuat kebaikan secara sukarela. Tidak perlu jauh-jauh, cobalah perhatikan sekitar Anda, mungkin ada tetangga Anda yang kekurangan makanan bergizi atau anak-anak yang ingin memiliki mainan. Sering-seringlah bergaul dengan lingkungan Anda, tak perlu sungkan-sungkan untuk memberikan makan siang untuk para penyapu jalan misalnya. Ketika Anda berbuat kebaikan Anda akan merasa hidup Anda terisi kembali.

4. Tarik nafas dalam-dalam — lebih sering

Saat kita bergerak, oksigen dikirimkan ke seluruh sel tubuh melalui aliran darah untuk menyegarkan sel. Untuk itu para ahli diet dan fitness berpendapat bahwa olah raga harus diatur jenis dan waktunya agar memaksimalkan pemasukan oksigen. Pagi-pagi bolehlah diisi dengan angkat beban, berlatih dengan exercise ball , atau yoga selama lima menit saja. Lalu sekembalinya dari makan siang jangan pakai lift untuk kembali ke ruangan Anda, gunakan tangga (itupun kalau kantor Anda ada di lantai atas dan ada lift). Kecuali kalau mesti naik ke lantai 20 ya jangan paksakan naik tangga semua, kombinasikan misalnya 5 lantai naik tangga dan sisanya pakai lift, atau sebaliknya, terserah Anda lah. Sehabis makan malam bisa juga jogging ringan. Agar olah raga cardio Anda lebih ‘nendang’, tarik nafas dalam-dalam pada satu atau menit pertama. Tarik nafas melalui perut, kemudian hembuskan perlahan-lahan, sambil membayangkan Anda menarik pusar ke arah punggung.

5. Teh putih

Teh putih bisa juga menambah energi Anda, dengan rasa yang lembut dan membutuhkan sedikit pemanis saja. Karena menurut peneliti manfaat teh, teh putih lah yang paling sedikit mengalami pemrosesan. Teh putih mengandung L-theanine dengan konsentrasi paling tinggi, sebuah asam amino yang menurut riset terkini dapat menstimulasi gelombang otak alfa untuk meningkatkan kewaspadaan namun menghasilkan efek tenang. Dan karena secangkir teh putih ini mengandung lebih sedikit kafein (15 mg) dibanding teh-teh lainnya (sampai 50 mg) dan kopi (120 mg), sehingga ia lebih bersifat hidrasi, kata kunci lainnya untuk mendukung energi.

6. Jangan Terpaku Rutinitas

Ubahlah rutinitas Anda selama 15 menit setiap kalinya untuk meningkatkan energi Anda. Ambillah rute perjalanan yang lain dari biasanya, cicipi jenis masakan baru, berkebun selama beberapa menit atau ambil pensil dan menggambar. Seperti seorang bayi yang selalu mencoba hal-hal baru. Mulailah dari hal-hal kecil, langsung mengubah sesuatu yang besar secara drastis hanya akan menambah tumpukan stress. Anggaplah hal-hal kecil ini sebagai kesempatan untuk memperbarui diri, buka sebagai tugas yang membebani Anda.

7. Pijatan

Dapatkah energi Anda terhalangi? Terapi-terapi seperti akupuntur dan Reiki (suatu teknik pemijatan ala Jepang) dapat membantu. Terapi seperti ini dapat menyingkirkan penghalang yang membuat problem-problem emosional dan fisik pada tubuh kita. Ketika penghambat itu hilang maka otomatis energi akan mengalir. Faktanya –seperti yang diungkap oleh New Scientist– bahwa akupuntur dapat mengurangi kelelahan pada pasien-pasien kanker. Kalau 30-an menit akupuntur dirasa terlalu lama, cobalah akupressur mandiri. Menurut para ahli ada korelasi positif antara akupressur dan peningkatan kewaspadaan. Caranya: Gosoklah otot antara ibu jari dan telunjuk Anda selama tiga sampai lima menit; mestinya Anda merasakan sedikit nyeri, namun kemudian Anda akan merasakan suatu sensasi yang nikmat.

8. Menjauhlah dari teknologi barang sekejap

Ketergantungan terhadap barang elektronik membuat kita selalu merasa sedang sibuk. Adrenalin Anda akan terpicu setiap kali ponsel berdering atau ada email masuk. Padahal hidup penuh adrenalis bisa membuat Anda lelah. Riset menunjukkan bahwa ponsel khususnya dapat menambah stress pada wanita. Meskipun pria dan wanita sama-sama merasa bahwa ponsel membuat kekhawatiran akan urusan pekerjaan mempengaruhi kehidupan mereka di rumah, tapi hanya wanita yang merasakan efek sebaliknya, urusan rumah bisa terbawa ke kantor. Solusinya: Buatlah batas yang jelas antara urusan kantor dan rumah. Sehingga perhatian kita tidak selalu terbagi. Bebaskan diri Anda setidaknya satu jam sehari dari alat-alat elektronik. Kesempatan untuk ‘check-in’ dan terhubung dengan diri sendiri membuat Anda berenergi kembali.

9. Meditasi kilat

Meditasi kilat sangat cocok bagi Anda yang super sibuk. Meditasi saat break singkat, cukup tiga menit saja, dapat menambah kewaspadaan dan perhatian, tune-up kecil-kecilan. Meditasi di sini hanya sekedar menyingkir sementara dari kesibukan, mencari tempat yang tenang dan rileks sejenak. Para ahli merekomendasikan meditasi pada pagi hari sebelum memulai hari dan siang hari sebelum sindrom jam 3 menyerang. Carilah tempat sepi (bahkan di kamar mandi sekalipun) dan fokuskan mental Anda pada sebuah gambaran yang membuat Anda nyaman: lautan, bunga, matahari, kucing kesayangan; pertahankan gambaran tersebut dalam fikiran Anda sambil menghirup nafas dalam-dalam (kira-kira 10 detik untuk setiap hirupan dan hembusan). Dengan sedikit berlatih, Anda akan menjadi lebih mahir dalam menjaga fokus dan dapat menambah frekuensi meditasi kilat ini bilamana diperlukan.

10. Higieniskan tidur Anda

Kata yang populer dalam ilmu tidur dewasa ini adalah “tidur yang higienis”, yang membantu Anda menciptakan atmosfir yang sangat nyaman untuk beristirahat, sehingga Anda akan tidur nyenyak dan bangun dalam keadaan ‘baterai’ penuh tanpa perlu bantuan pil tidur. Tiga rahasia tidur yang baik Tidur yang higienis biasanya mencakup 3 hal:

• gelap-totalkan kamar tidur Anda
• atur suhu ruangan agar tidak terlalu panas atau terlalu dingin, moderat saja, dan
• gunakan suara lembut untuk membantu Anda terlelap (suara kipas angin/AC atau musik lembut).

Sumber: HEALTH Magazine

Important Terms Related to Microarrays

DNA Microarrays

Gene Expression

• With only a few exceptions, every cell of the body contains a full set of chromosomes and identical genes.
• Gene expression is a highly complex and tightly regulated process that allows a cell to respond dynamically both to environmental stimuli and to its own changing needs.
• This mechanism acts as both an “on/off” switch to control which genes are expressed in a cell as well as a “volume control” that increases or decreases the level of expression of particular genes as necessary.

Central Dogma of Molecular Biology

Transcription

Transcription is the process by which the information contained in a section of DNA is transferred to a newly assembled piece of messenger RNA (mRNA). Transciption is consisted of three steps:

Initiation

Elongation

Termination

mRNA

Messenger ribonucleic acid (mRNA) is a molecule of RNA encoding a chemical “blueprint” for a protein product. mRNA is transcribed from a DNA template, and carries coding information to the sites of protein synthesis: the ribosomes.

Polyadenylation

• Polyadenylation is the covalent linkage of a polyadenylyl moiety to a messenger RNA molecule at 3’ end (3′ poly(A) tail).
• Protecting mRNA from degradation by exonucleases.
• Important for transcription termination, export of the mRNA from the nucleus, and translation.
• Occurs during and immediately after transcription of DNA into RNA.

Reverse Transcription

• Reverse Transcription is the transfer of information from RNA to DNA (the reverse of normal transcription).
• This is known to occur in the case of retroviruses, such as HIV, and, in higher eukaryotes, in the case of retrotransposons.
• It is not, however, the general case in most living organisms.

Complementary DNA (cDNA)

• cDNA is DNA synthesized from a mature mRNA template in a reaction catalyzed by the enzyme reverse transcriptase.
• This enzyme operates on a single strand of mRNA, generating its complementary DNA based on the pairing of RNA base pairs (A, U, G and C) to their DNA complements (T, A, C and G respectively).
• We can use oligo dT(n) or random oligo as primer.

Oligonucleotide synthesis

• Oligonucleotide systhesis is the non-biological, chemical synthesis of defined short sequences of nucleic acids Automated synthesizers allow the synthesis of oligonucleotides (typically single stranded) up to 160 to 200 bases
• Commonly used as primers, probes and to generate restriction sites

Nucleic acid hybridization

• Hybridization is the process of combining complementary, single-stranded nucleic acids into a single molecule.
• Nucleotides will bind to their complement under normal conditions, so two perfectly complementary strands will bind to each other readily.
• Southern and Northern blotting are the exist two kind of nucleic acid hybridization

Fluorescence

Fluorescence is a luminescence that is mostly found as an optical phenomenon in cold bodies, in which the molecular absorption of a photon triggers the emission of another photon with a longer wavelength.

Fluorophore

Fluorophore is a component of a molecule which causes a molecule to be fluorescent. It is a functional group in a molecule which will absorb energy of a specific wavelength and re-emit energy at a different (but equally specific) wavelength.

DNA Labeling

• DNA Labeling is an addition of a chemical into DNA strand to make them visualizable.
• A label can be a radioactive compound or a fluorophore.
• The most famous fluorophore family used in Microarray experiment is Cyanine (Cy),there are two mostly used of Cy compounds, Cy3 and Cy5.

Presentation format of this article is available here

Mengenal PCR (Polymerase Chain Reaction)

Tentu Anda sudah mengenal yang namanya DNA. DNA ini sering disebut-sebut terutama berkaitan dengan kriminalitas, diagnosa penyakit, penentuan ‘keabsahan’ keturunan, dll. Mungkin Anda bingung bagaimana caranya polisi bisa mengungkap pelaku kejahatan dengan berbekal sehelai rambut pelaku yang tercecer di TKP, atau dari tetesan sperma pemerkosa yang mengering di tubuh korban. Padahal kan sampel yang dianalisa jumlahnya sangat sedikit, ajaib!

Ternyata hal ini gak lepas dari yang namanya PCR alias Polymerase Chain Reaction. Proses yang berlangsung secara in vitro dalam tabung reaksi sebesar 200 µl ini mampu menggandakan atau mengkopi DNA hingga miliaran kali jumlah semula. Maka pantes aja dengan berbekal DNA yang terkandung dalam sampel yang cuma secuil itu bisa diperoleh banyak sekali informasi sesuai kebutuhan kita.

Reaksi PCR meniru reaksi penggandaan atau replikasi DNA yang terjadi dalam makhluk hidup. Secara sederhana PCR merupakan reaksi penggandaan daerah tertentu dari DNA cetakan (template) dengan batuan enzim DNA polymerase.

PCR terdiri atas beberapa siklus yang berulang-ulang, biasanya 20 sampai 40 siklus. Nah, sekarang bayangkan bahwa pada setiap siklus DNA polymerase akan menggandakan DNA sebanyak 2 kali, dan coba hitung berapa salinan utas ganda DNA yang akan dihasilkan setelah 30 siklus? Yup, 2 pangkat 30 alias 1.073.741.824 kali! Tentu saja nilainya tidak tepat seperti itu, kita masih harus memperhitungkan efisiensi reaksi, tapi tetap saja hasilnya akan sangat banyak.

Komponen PCR

Selain DNA template yang akan digandakan dan enzim DNA polymerase, komponen lain yang dibutuhkan adalah:

Primer

Primer adalah sepasang DNA utas tunggal atau oligonukleotida pendek yang menginisiasi sekaligus membatasi reaksi pemanjangan rantai atau polimerisasi DNA. Jadi jangan membayangkan kalau PCR mampu menggandakan seluruh DNA bakteri E. coli yang panjangnya kira-kira 3 juta bp itu. PCR hanya mampu menggandakan DNA pada daerah tertentu sepanjang maksimum 10000 bp saja, dan dengan teknik tertentu bisa sampai 40000 bp. Primer dirancang untuk memiliki sekuen yang komplemen dengan DNA template, jadi dirancang agar menempel mengapit daerah tertentu yang kita inginkan.

dNTP (deoxynucleoside triphosphate)

dNTP alias building blocks sebagai ‘batu bata’ penyusun DNA yang baru. dNTP terdiri atas 4 macam sesuai dengan basa penyusun DNA, yaitu dATP, dCTP, dGTP dan dTTP.

Buffer

Buffer yang biasanya terdiri atas bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase.

Ion Logam

• Ion logam bivalen, umumnya Mg++, fungsinya sebagai kofaktor bagi enzim DNA polymerase. Tanpa ion ini enzim DNA polymerase tidak dapat bekerja.
• Ion logam monovalen, kalsium (K+).

Tahapan Reaksi

Setiap siklus reaksi PCR terdiri atas tiga tahap, yaitu:

Denaturasi

Denaturasi dilakukan dengan pemanasan hingga 96oC selama 30-60 detik. Pada suhu ini DNA utas ganda akan memisah menjadi utas tunggal.

Annealing

Setelah DNA menjadi utas tunggal, suhu diturukan ke kisaran 40-60oC selama 20-40 detik untuk memberikan kesempatan bagi primer untuk menempel pada DNA template di tempat yang komplemen dengan sekuen primer.

Ekstensi/elongasi

Dilakukan dengan menaikkan suhu ke kisaran suhu kerja optimum enzim DNA polymerase, biasanya 70-72oC. Pada tahap ini DNA polymerase akan memasangkan dNTP yang sesuai pada pasangannya, jika basa pada template adalah A, maka akan dipasang dNTP, begitu seterusnya (ingat pasangan A adalah T, dan C dengan G, begitu pula sebaliknya). Enzim akan memperpanjang rantai baru ini hingga ke ujung. Lamanya waktu ekstensi bergantung pada panjang daerah yang akan diamplifikasi, secara kasarnya adalah 1 menit untuk setiap 1000 bp.

Selain ketiga proses tersebut biasanya PCR didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut:

Pra-denaturasi

Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif kalau dipanaskan terlebih dahulu).

Final Elongasi

Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang secara sempurna. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR terakhir

PCR dilakukan dengan menggunakan mesin Thermal Cycler yang dapat menaikkan dan menurunkan suhu dalam waktu cepat sesuai kebutuhan siklus PCR. Pada awalnya orang menggunakan tiga penangas air (water bath) untuk melakukan denaturasi, annealing dan ekstensi secara manual, berpindah dari satu suhu ke suhu lainnya menggunakan tangan. Tapi syukurlah sekarang mesin Thermal Cycler sudah terotomatisasi dan dapat diprogram sesuai kebutuhan.

Aplikasi teknik PCR

Kita harus berterima kasih kepada Kary B Mullis yang telah menemukan dan mengaplikasikan PCR pada tahun 1984. Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam kebutuhan, diantaranya:

Isolasi Gen

Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat besar, DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa, dan di dalamnya mengandung ribuan gen. Oh ya, gen itu apaan ya?

Sebagaimana kita tahu bahwa fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik, yaitu sebagai panduan sel dalam memproduksi protein, DNA ditranskrip menghasilkan RNA, RNA kemudian diterjemahkan untuk menghasilkan rantai asam amino alias protein. Dari sekian panjang DNA genome, bagian yang menyandikan protein inilah yang disebut gen, sisanya tidak menyandikan protein atau disebut ‘junk DNA’, DNA ‘sampah’ yang fungsinya belum diketahui dengan baik.

Kembali ke pembahasan isolasi gen, para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. Sebagai contoh, dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pancreas sapi atau babi, kemudian menjadikannya obat diabetes, proses yang rumit dan tentu saja mahal serta memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak benar-benar sama dengan insulin manusia.

Berkat teknologi rekayasa genetik, kini mereka dapat mengisolasi gen penghasil insulin dari DNA genome manusia, lalu menyisipkannya ke sel bakteri (dalam hal ini E. coli) agar bakteri dapat memproduksi insulin juga [http://www.littletree.com.au/dna.htm]. Dan ajaib! Hasilnya insulin yang sama persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh manusia, dan sekarang insulin tinggal diekstrak dari bakteri, lebih cepat, mudah, dan tentunya lebih murah ketimbang cara konvensional yang harus ‘mengorbankan’ sapi atau babi.

Nah, untuk mengisolasi gen, diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama ‘probe’ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita inginkan. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang sesuai dengan gen tersebut.

DNA Sequencing

Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing, metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain termination method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-dideoxy terminator, dimana proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda, yaitu hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya tambahan dideoxynucleotide yang dilabel fluorescent. Karena warna fluorescent untuk setiap basa berbeda, maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa ditentukan.

Forensik

Identifikasi seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban), atau korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan. Jika identifikasi secara fisik sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan, maka pengujian DNA adalah pilihan yang tepat. DNA dapat diambil dari bagian tubuh manapun, kemudian dilakukan analisa PCR untuk mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA yang disebut fingerprints alias DNA sidik jari, yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang memiliki pertalian darah, misalnya ibu atau bapak kandung. Jika memiliki kecocokan yang sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang dimaksud.

Konon banyak kalangan tertentu yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri orang tua ‘sesungguhnya’ dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu.

Diagnosa Penyakit

Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang mewabah saat ini, bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Penyakit berbahaya seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat.

PCR merupakan teknik yang sering digunakan. Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Disebut akurat karena PCR mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya.

Masih banyak aplikasi PCR lainnya yang sangat bermanfaat. Maka tak salah panitia Nobel menganugrahkan hadiah Nobel bidang kimia yang bergengsi ini kepada Kary B Mullis hanya 9 tahun setelah penemuannya (1993).

Sumber: Wikipedia, Andy Vierstraete dan sumber-sumber lainnya.

Materi Presentasi Quantitative PCR

quantitative/realtime pcr presentationBerikut ini adalah materi presentasi mengenai dasar-dasar Quantitative PCR atau Real Time PCR dalam format PDF. Materi ini meliputi:

• Pendahuluan Quantitative PCR
• Metoda Deteksi
• Analisa Hasil

Untuk yang berminat bisa mendownload melalui link berikut ini:

1. qPCR
2. PCR & qPCR movie by Scanelis

Semoga bermanfaat.

Efisiensi Pakan Ternak dengan Phytase

Dalam industri peternakan, pakan ternak memberi kontribusi 50% sampai 80 % dari total biaya produksi. Oleh karena itu para peternak berupaya untuk melakukan berbagai usaha guna mengurangi biaya pakan dengan tidak melupakan kualitas ternak yang dihasilkan.

Pakan merupakan salah satu komoditi dari sub-sistem agribisnis hulu, atau dengan kata lain penyedia sapronak untuk sub-sistem budidaya ternak. Pakan merupakan faktor terpenting untuk menunjang budidaya ternak karena berimbas pada peningkatan bobot badan ternak dan performa ternak yang diinginkan. Peningkatan populasi, produksi daging, susu dan telur sebagai hasil ternak sangat tergantung dari penyediaan pakan yang baik dan berkualitas.

Enzim Phytase

Para ilmuan telah membuat satu feed supplement untuk unggas dan hewan ternak lainnya, yang tidak hanya meningkatkan asupan nutrisi, namun juga ramah lingkungan karena dapat mengurangi jumlah Phosphor yang lepas ke lingkungan.

Yang dimaksud dengan Feed supplement di atas sejatinya adalah enzim phytase. Enzim ini akan membantu hewan ternak mencerna lebih banyak phosphor yang terkandung dalam makanannya, terutama makananan yang berasal dari biji-bijian. Phosphor adalah mineral yang berperan dalam membentuk DNA, mineralisasi tulang, imunitas, fertilitas dan juga pertumbuhan.

Dua puluh tahun yang lalu, dua orang ilmuan, Ed Mullaney dan Jaffor Ullah adalah yang pertama kali mengenalkan enzim dari fungi, Phytase, yang dapat meningkatkan nutrisi, menghemat biaya pakan, dan mengurangi pencemaran phosphor dari peternakan. Mullaney, ahli genetik, dan Ullah, seorang biochemist, keduanya bekerja di Agriculture Research Center (ARS) di New Orleans.

Saat ini berdasarkan penemuan mereka telah banyak dikembangkan phytase komersial yang mempunyai aktivitas yang labih baik dan mampu bekerja sesuai kondisi di dalam sistem pencernaan hewan ternak.

Prinsip Kerja dan Keuntungan Phytase

Phosphor yang banyak terkandung dalam dedak dan biji-bijian, terikat secara kuat dalam suatu senyawa kimia sehingga sulit untuk dicerna. Phosphor yang terikat kuat di sebut sebagai phytat, merupakan zat anti-nutritive yang menyebabkan rendahnya nilai nutrisi dari pakan.

Dari total phosphor yang terkandung di dalam pakan, hanya sedikit yang dapat dimanfaatkan oleh hewan ternak, sisanya dibuang keluar bersama kotoran. Phosphor berlebih yang keluar ini dapat mencemari lingkungan (eutropication), yang jika masuk ke dalam perairan dapat mengakibatkan apa yang disebut ‘algal blooms‘, yaitu tumbuhnya alga secara luar biasa cepat yang dapat mencuri kandungan oksigen dalam air. Kurangnya kandungan oksigen akan menyebabkan ikan dan hewan air lainnya mati.

Selama ini, rendahnya tingkat kecernaan phosphor dalam pakan berbasis biji-bijian disiasati dengan penambahan phosphor anorganik untuk memenuhi kebutuhan phosphor hewan ternak. Salah satu yang sering digunakan adalah Di-calcium phosphate (DCP) atau Mono-calcium phosphate (MCP). Penambahan phosphate anorganik ini tentunya akan meningkatkan biaya produksi.

Sekarang ini phytase-pun hadir dalam berbagai pilihan sesuai dengan keperluan. Phytase yang tahan pada suhu tinggi, phytase yang optimum pada pH rendah sesuai pH dalam sistem pencernaan hewan ternak (pH 5,5), phytase yang dilapisi oleh semacam coating khusus agar tahan dan tidak mudah rusak oleh asam lambung, dan masih banyak lagi.

Air Laut; Bahan Bakar Alternatif

Suatu saat nanti, mungkin akan melihat banyak anjing laut yang mengelilingi stasiun pengisian bahan bakar. Itu karena bukan aroma bensin, melainkan justru aroma pantai yang lebih terasa di SPBU.

John Kanzius, 63 tahun, telah berhasil menciptakan alternatif bahan bakar dari air laut. Secara kebetulan, teknisi broadcast ini menemukan sesuatu yang menakjubkan. Pada kondisi yang tepat, air laut dapat menyala dengan temperatur yang luar biasa. Dengan sedikit modifikasi, tidak menutup kemungkinan di masa depan, ini dapat di jadikan sebagai alternatif bahan bakar untuk kendaraan bermotor.

Perjalanan Kanzius menjadi inspirasi yang mengejutkan bermula ketika dia di diagnosis menderita leukimia pada tahun 2003. Dihadapkan dengan treatment kemoterapi yang melelahkan, dia memilih mencoba untuk menemukan alternatif yang lebih baik dalam menghancurkan sel-sel kanker. Kemudian di muncul dengan alat Radio Frequency Generator (RFG), sebuah mesin yang menghasilkan gelombang radio dan memancarkannya ke suatu area tertentu. Kanzius menggunakan RFG untuk memanaskan pertikel metal kecil yang dimasukkan ke dalam tumor, menghancurkan sel tumor tanpa merusak sel yang normal.

Tetapi, apa hubungannya antara kanker dengan bahan bakar air laut??

Selama percobaannya dengan RFG, dia menemukan bahwa RFG dapat menyebabkan air yang berada di sekitar test tube mengembun. Jika RFG dapat menyebabkan air mengembun, seharusnya ini dapat juga untuk memisahkan garam dari air laut. Mungkin, ini dapat digunakan untuk men-desalinitasi air laut. Sebuah peribahasa tua tentang laut, “air, air dimana-mana, dan tidak satu tetespun dapat diminum”.

Beberapa negara mengalami kekeringan dan sebagian besar rakyatnya menderita kehausan, padahal 70% bumi adalah samudera yang notabene adalah air. Suatu metode yang efektif untuk menghilangkan garam dari air laut dapat menyelamatkan tak terhitung nyawa. Maka tidaklah heran jika Kanzius mencoba alat RFG-nya untuk tujuan desalinitasi air laut.

Pada test pertamanya, dia melihat efek samping yang mengejutkan. Ketika dia arahkan RFG-nya pada tabung yang berisi air laut, air itupun seperti mendidih. Kanzius lalu melakukan test kembali. Saat ini dengan kertas tisue yang terbakar dan menyentuhkannya ke dalam air laut yang sedang di tembak oleh RFG. Dia sangat terkejut, air laut dalam tabung terbakar dan tetap menyala sementara RFG dinyalakan.

Awalnya berita tentang eksperiment ini dianggap suatu kebohongan, tapi setelah para ahli kimia dari Penn State University melakukan percobaan ini, ternyata hal ini memang benar. RFG dapat membakar air laut. Nyala api dapat mencapai 3000 derajat Fanrenheit dan terbakar selama RFG dinyalakan.

Lalu bagaimanakah air laut dapat terbakar? Dan kenapa jika puntung rokok di lemparkan ke dalam laut tidak menyebabkan bumi meledak?

Ini semua berhubungan dengan hidrogen. Dalam keadaan normal, air laut mempunyai komposisi Sodium chloride (garam) dan Hidrogen, oksigen (air) yang stabil. Gelombang radio dari RFG milik Kanzius mengacaukan kestabilan itu, memutuskan ikatan kimia yang terdapat dalam air laut. Hal ini melepaskan molekul hidrogen yang mudah menguap, dan panas yang keluar dari RFG memicu dan membakarnya dengan cepat.

Jadi akankah di masa depan nanti mobil atau motor memakai air laut daripada bensin??

Dunia sudah tidak perlu khawatir lagi dengan krisis energi.

Bravo ilmu pengetahuan..!!!

Tanya Jawab Seputar Analisa DNA Sequencing

1. Apakah Sanger Dideoksi Sequencing itu dan apa bedanya dengan Fluorescent Sequencing Applied Biosystems?

Dengan Sanger Sequencing, DNA polymerase menyalin utas tunggal cetakan (template) DNA, dengan penambahan nukleotida kepada rantai yang terbentuk (produk ekstensi). Permanjangan rantai terjadi pada ujung 3′ dari primer, oligonukleotida yang menempel (anneal) pada template. Deoksinukleotida yang ditambahkan pada produk ekstensi dipilih berdasarkan pasaan basa yang cocok dengan template. Produk ekstensi tumbuh dengan pembentukan jembatan fosfodiester antara gugus 3′-hydroksil pada ujung primer yang memanjang dan gugus 5′-fosfat dari deoksinukleotida yang masuk (Watson et al, 1987). Pemanjangan terjadi pada arah 5′ -> 3′ (lihat gambar 7).

DNA polymerase dapat berinkorporasi juga dengan basa nukleotida analognya. Metode dideoksi pada DNA sequencing yanG dikembangkan oleh Sanger et al. (1977) memanfaatkan keuntungan kemampuan ini dengan menggunakan 2′-3′-dideoksi sebagai substrat. Ketika sebuah dideoksinukleotida berinkorporasi pada ujung 3′ rantai yang sedang memanjang, pemanjangan rantai dihentikan secara selektif pada A, C, G atau T, karena rantai kekurangan gugus 3′-hidroksil (lihat gambar 8).

2. Apakah Cycle Sequencing itu?

Cycle Sequencing adalah sebuah metode sederhana dimana pengulangan denaturasi, annealing dan ekstensi secara berturut-turut dalam thermal cycler menghasilkan amplifikasi linear produk-produk ekstensi (lihat gambar 9). Produk ini kemudian di-load kedalam del atau diinjeksikan ke dalam kapiler. Applied Biosystems menggunakan protokol cycle sequencing ini dalam kit DNA sequencingnya.

3. Apakah keuntungan dari cycle sequencing?

Keuntungannya adalah sebagai berikut:

• Protokolnya sangat baik dan mudah untuk dilakukan
• Cycle sequencing membutuhkan DNA template yang jauh lebih sedikit dibandingkan metode ekstensi temperatur tunggal.
• Cycle sequencing lebih sesuai dibandingkan metode pelabelan temperatur tunggal tradisional yang membutuhkan langkah denaturasi kimiawi untuk template utas ganda.
• Temperatur yang tinggi mengurangi struktur sekunder sehingga ekstensi berjalan lebih sempurna
• Temperatur tinggi mengurangi annealing sekunder primer ke template
• Protokol yang sama digunakan untuk DNA utas ganda maupun utas tunggal
• Protokol ini bekerja dengan baik untuk sequencing langsung PCR produk
• Template-template yang sulit, seperti bacterial artificial chromosomes (BACs), dapat disekuen

4. Apakah Dye Terminator Cycle Sequencing itu?

Dengan pelabelan dye terminator, masing-masing keempat dideoxy terminators (ddNTPs) ditandai dengan suatu fluorescent dye yang berbeda-beda. Rantai yang tumbuh diterminasi dan dilabel secara simultan dengan dye yang berkorespondensi dengan basa tersebut (lihat gambar 10). Suatu primer yang tidak dilabel dapat digunakan. Reaksi dye terminator dapat dilakukan dalam sebuah tabung. Protokol ini membutuhkan langkah pemipetan yang lebih sedikit dibanding reaksi dye primer. Reaksi yang dilabel dengan empat warna dye di-load dalam sebuah lajur gel tunggal atau satu injeksi kapiler. Jika terjadi kesalahan terminasi, yaitu fragmen yang tidak diterminasi oleh dideoksinukleotida, maka tidak akan terdeteksi karena tidak ada dye yang menempel.

5. Apakah Dye Primer Cycle Sequencing itu?

Dengan pelabelan dye primer, primer ditandai dengan empat pewarna fluorescent yang berbeda. Produk terlabel terbentuk dalam empat reaksi spesifik basa yang berbeda. Produk dari keempat reaksi ini lalu dicampur dan di-load kedalam satu lajur gel atau satu injeksi kapiler (lihat gambar 11). Dye primer chemistries umumnya menghasilkan intensitas sinyal yang lebih baik dibanding dye terminator chemistries. Primer yang terlabel tersedia secara komersial untuk situs-situs primer yang umum. Kita dapat juga melabel custom primer. Reaksi yang dilabel dengan empat warna dye di-load ke dalam lajur tunggal atau satu injeksi kapiler.

6. Apakah Matrix Standard itu?

Overlap spektral yang presisi antara keempat dye diukur dengan menjalankan (running) fragmen DNA yang dilabel menggunakan masing-masing dye dalam kalibrasi spektral pada mesin ABI PRISM® Genetic Analyzer. Fragmen DNA yang dilabel dye ini dinamakan matrix standards. Software Data Utility kemudian menganalisa data dari sample matrix standard dan membuat file matrix. Nomor-nomor ini adalah internetan fluorescent yang dinormalisasi dan merepresentasikan suatu deskripsi matematis overlap spektral yang teramati diantara dye-dye. File-file matrix dalam file instrumen digunakan untuk jenis chemistry yang spesifik, dan menyediakan informasi bagi software Sequence Analysis sehingga memungkinkannya untuk mengkoreksi overlap spektral.

7. Apakah BAC End-Sequencing itu?

Bacterial artificial clones alias BAC adalah segmen besar DNA (100kb-200kb) yang diklonkan ke dalam bakteri dari spesies lain. Beberapa salinan dapat dibuat setelah kloning. Sekuen dari ujung BAC menyediakan penanda yang sangat spesifik. Sekuen ini kemudian dapat dibandingkan dengan pustaka BAC untuk konformasi.

8. Apakah yang dimaks dengan “Checking Clone Constructs”?

Ini merupakan cara untuk memverifikasi bahwa DNA yang kita inginkan sudah diklon dengan baik kedalam vektor menggunakan DNA sequencing.

9. Apakah Multicomponent Analysis itu?

Multicomponent analysis merupakan proses yang memisahkan keempat warna dye fluorescent menjadi komponen-komponen spektral tersendiri. Meskipun setiap dye mengemisikan fluoresensi maksimumnya pada panjang gelombang yang berbeda, terdapat beberapa overlap pada spektrum emisi antara keempat dye (lihat gambar 12). Tujuan multicomponent analysis adalah mengisolasi signal dari setiap dye sehingga noise pada data menjadi sesedikit mungkin.

10. Apakah De Novo Sequencing itu?

Proses eksperimental penentuan urutan basa nukleotida suatu daerah (region) DNA dengan melabel setiap nukleotida dengan penanda fluorescent untuk mengidentifikasinya.

11. Apakah yang dimaksud dengan Multi-Locus Sequence Typing (MLST)?

MLST adalah suatu prosedur yang tidak ambigu untuk mengkarakterisasi isolat bakteri menggunakan sekuen fragmen internal dari 7 gen housekeeping. Prosedur ini menggunakan fragmen internal (~450-500 bp) dari setiap gen, sehingga mereka dapat disekuen pada kedua utasnya secara akurat dengan mesin DNA sequencer terotomatisasi. Untuk setiap gen housekeeping, sekuen-sekuen yang terdapat dalam suatu spesies bakteri dinyatakan sebagai alel yang jelas, dan untuk setiap isolat, alel pada masing-masing ketujuh loci mendefinisikan profice allelic atau jenis sekuen (IST)

12. Apakah yang dimaksud dengan Deteksi berbasis SNP atau Resequencing?

Sebuah heterozygote mengandung alel-alel yang berbeda pada suatu locus (posisi) pada kromosom homolog. Deteksi heterozygote dilakukan dengan primer spesifik.

13. Apakah HLA Typing itu?

Pengujian human leukocyte antigen (HLA) mendeteksi antigen-antigen (penanda genetik) pada sel darah putih. Terdapat 4 jenis human leukocyte antigens yaitu: HLAA, HLAB, HLAC, dan HLAD. Tes HLA menguji kompatibilitas jaringan dan penentuan jenis jaringan reseptor/donor. Tes ini juga digunakan pada konseling genetik dan pengujian paternitas. (hanya untuk riset.)

14.apakah Deteksi Metilasi itu?

Metilasi DNA terjadi pada situs CpG, yang mana sekuen DNA dengan sitosin berada dekat dengan guanin. Metilasi dimediasi oleh suatu enzim (DNA methyltransferase). Situs CpG jarang terdapat pada genom eukariot, kecuali pada wilayah yang dekat dengan promoter suatu gen eukariotik. Wilayah ini dikenal sebagai CpG islands, dan keadaan metilasi pada situs-situs CpG penting bagi aktifitas/ekspresi gen.

15. Apakah mtDNA sequencing itu?

mtDNA adalah kependekan dari mitokondria. Molekul mitokondrial terdapat dalam jumlah 100-1000 salinan per sel, lain dengan DNA inti yang terdapat hanya dua salinan per sel. Banyaknya mtDNA memungkinkan diskriminasi antara individu-individu atau sampel-sampel biologis, khususnya jika DNA inti rusak atau tidak tersedia.

16. Apakah yang dimaksud dengan Comparative Genomic Resequencing?

Comparative Genomic Resequencing adalah perbandingan genom-genom dan individu-individu dalam suatu genom. Comparative genomics memungkinkan aplikasi informasi yang diperoleh dari suatu genom sampel menjadi suatu genom yang lebih kompleks. Ini merupakan dasar untuk memahami variasi genetik dalam suatu populasi.

17. Apakah Deteksi Mutasi Non-SNP itu?

Mutasi deteksi Non-SNP adalah suatu Resequencing dimana perbandingan suatu sekuen dengan suatu sekuen referensi dilakukan menggunakan mutasi-mutasi Non-SNP, seperti insersi dan delesi.

18. Apakah Metode SAGE™ itu?

SAGE™ adalah sebuah motede untuk analisa kuantitatif, pola ekspresi gen pada genome. Suatu tag sekuen pendek (10 – 25 bp) mengandung informasi yang cukup untuk mengidentifikasi suatu transkrip.

19. Apakah yang dimaksud dengan profiling mutasi menggunakan analisa, deteksi atau validasi SNP itu?

Sebuah single nucleotide polymorphism (SNP) adalah substitusi satu basa atas yang lainnya. Beberapa metode berbasis sequencing tersedia untuk pencarian dan analisa SNP.

Diterjemahkan dengan modifikasi dari situs www.appliedbiosystems.com

Fase Pandemi Influenza WHO (2009)

Seperti kita ketahui wabah flu babi yang bermula dari Meksiko kini telah ditetapkan oleh badan kesehatan dunia WHO sebagai fase 5 pandemi Influenza. Penyakit yang belakangan dinamai Influenza A (H1N1) sesuai dengan nama virus penyebabnya ini tinggal satu tingkat lagi untuk menjadi pandemi fase 6 alias fase tergawat. Mudah-mudahan kekhawatiran ini tidak sampai terjadi. Nah, tulisan berikut ini menjelaskan setiap fase pandemi menurut WHO.

Fase 1

Tidak dilaporkan adanya virus Influenza hewan yang bersirkulasi pada hewan yang menyebabkan infeksi pada manusia.

Fase 2

Sebuah virus Influenza hewan yang menjangkiti hewan-hewan peliharaan atau hewan liar diketahui telah menyebabkan infeksi pada manusia dan oleh karena itu ditangani dengan suatu penanganan khusus pandemik potensial.

Fase 3

Sebuah virus Influenza hewan atau virus ‘reassortant’ manusia-hewan telah menyebabkan kasus yang sporadis atau kluster-kluster kecil penyakit pada manusia, tapi belum menyebabkan penularan dari manusia ke manusia yang cukup untuk menimbulkan outbreak (wabah) di tingkat masyarakat.

Fase 4

Penularan — baik virus Influenza hewan atau virus Influenza ‘reassortant’ manusia-hewan– dari manusia ke manusia yang dapat menimbulkan outbreak (wabah) di tingkat masyarakat telah diverifikasi.

Fase 5

Penyebaran virus dari manusia ke manusia di dua atau lebih negara yang termasuk wilayah WHO.

Fase 6

Selain kriteria yang didefinisikan pada fase 5, virus yang sama juga menyebar dari manusia ke manusia di setidaknya satu negara lain di luar wilayah WHO.

Periode pasca puncak

Tingkat pandemi influenza di sebagian besar negara dengan pengawasan yang cukup telah turun hingga di bawah tingkatan puncak.

Periode pasca pandemi

Tingkat aktifitas influenza telah kembali ke tingkatan yang terlihat seperti influenza musiman di sebagian besar negara dengan pengawasan yang cukup.

Peringatan fase pandemi WHO saat ini adalah fase 5

Sequence Alignment di BioEdit

Kalau di dunia pengolah kata ada Microsoft Word dan sejenisnya, maka di dunia bioinformatika ada BioEdit. BioEdit adalah sebuah program Sequence Alignment Editor buatan Tom Hall dari Ibis Biosciences Carlsbad USA, yang berguna untuk melakukan analisa-analisa bioinformatika terhadap sekuen-sekuen DNA, RNA maupun protein. Kita dapat melakukan ‘manipulasi’ sekuen dan mengolah sekuen tersebut sesuai keperluan. Mari kita lihat salah satu kemampuan BioEdit diantara seabreg kemampuan lainnya, yaitu Sequence Alignment. Saat ini kita fokuskan pada cara melakukan sequence alignment untuk hasil pembacaan sekuen suatu fragment DNA yang dibaca secara bi-directional alias dua arah (forward-reverse atau sense-antisense).

Teori Dasar

Pairwise Sequence Alignment

Sebelum melangkah ada baiknya kita tilik dulu sedikit mengenai apa yang akan kita kerjakan dan teori seputar sequence alignment ini.

Misalkan Anda memiliki sebuah gen (misal 16S rRNA bakteri) hasil amplifikasi (PCR) dengan ukuran 1300bp yang akan ditentukan urutan-urutan basa nukleotidanya. Maka yang dilakukan adalah mensekuen gen tersebut pada kedua utasnya menggunakan dua primer (16S Forward dan 16S Reverse) karena panjang hasil pembacaan alat sequencer ini terbatas tidak mampu menjangkau seluruh gen. Proses berikutnya adalah menyambungkan kedua hasil pembacaan alat sehingga menjadi sequen utuh menggunakan teknik Pairwise Sequence Alignment.

Berikut ini diagram proses yang terjadi dalam proses analisanya.

Antarmuka BioEdit

Antarmuka BioEdit sangat sederhana, jika kita membuka satu file hasil sequencing (*.ab1 atau *.abi) maka akan terbagi menjadi dua jendela, satu jendela berisi electropherogram dan satunya lagi teks sekuen DNA-nya.

Let’s Practise

Persiapan

Pastikan Anda sudah mempersiapkan hal-hal berikut ini:

• Software BioEdit yang sudah terinstall di komputer.

Jika belum ada bisa diunduh secara gratis di http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/BioEdit.html. BioEdit hanya bisa diinstall dan dijalankan pada sistem operasi Windows 95/98/NT/2000/XP.

• Dua buah file hasil pembacaan alat DNA Sequencer.

File yang digunakan adalah hasil pembacaan sebuah fragment DNA dengan dua arah pembacaan (menggunakan sepasang primer forward dan reverse). File ini biasanya memiliki format *.ab1 atau *.abi jika alat yang digunakan bermerk Applied Biosystems.

Lanjut! Anda siap untuk memulai.

Langkah-langkah

Menjalankan program BioEdit

• Jalankan program BioEdit dari Start Menu
• Buka file sekuen DNA (*.ab1 atau *.abi)
• File > Open > Pilih kedua file yang akan dialignment

Masing-masing file terdiri dari 2 jendela, yaitu chromatogram dan teks sekuen DNA.

Perhatikan chromatogram, lihat posisi peak terakhir yang masih menunjukkan kualitas pembacaan yang baik, karena peak dengan kualitas buruk atau setelah produk PCR-nya berakhir harus dibuang (trim). Selengkapnya bisa dibaca pada tulisan Interpretasi Chromatogram Hasil DNA Sequencing.

Pada contoh ini misalnya posisi 750.

Menghapus bagian sekuen yang tidak perlu

• Pindah ke jendela text sequence yang bersangkutan dan pastikan mode-nya adalah “Edit”-“Overwrite”.
• Letakkan kursor sebelum basa terakhir (misal 750)
• Klik “Edit” > “Select to End”
• Tekan tombol “Del” pada keyboard, atau klik “Edit” > “Delete”
• Jika bagian depan electropherogram juga kualitasnya buruk, bisa dihapus dengan cara yang sama.
• Lakukan hal yang sama untuk sekuen pasangannya (Reverse).

Menggabungkan 2 sekuen yang akan dialignment dalam satu jendela

• Seleksi Nama salah satu sekuen (misal yang Reverse)

• Tekan Ctrl+F8 pada keyboard, atau klik “Edit” > “Copy Sequence(s)”
• Pindah ke jendela sekuen pasangannya (misal yang Forward)
• Tekan Ctrl+F9 pada keyboard, atau klik “Edit” > “Paste Sequence(s)”

Sekarang kedua sekuen sudah berada dalam satu jendela

Melakukan Reverse Complement untuk menyamakan orientasi sekuen

• Seleksi nama salah satu sekuen (misal yang Reverse)
• Klik “Sequence” > “Nucleic Acid” > “Reverse Complement”

Melakukan Pairwise Alignment

• Seleksi kedua nama sekuen dengan kombinasi tombol “Shift” atau “Ctrl” dan Klik.

• Klik “Sequence” > “Pairwise Alignment” > “Align two sequences (Allow Ends to slide)”
• Hasil Alignment akan muncul pada jendela baru

Membuat Sekuen Konsensus

• Klik “Alignment” > “Create Consensus Sequence”
• Sekuen Consensus akan muncul di bawah kedua sekuen yang telah dialignment

• Lakukan Pengeditan pada Consensus Sequence dengan membandingkannya kepada Chromatogram
• Simpan file dengan mengklik “File” > “Save As”

Untuk memudahkan pengeditan, tampilan sekuen bisa diubah ke bentuk titik untuk sekuen yang conserve, artinya jika basa pada suatu sekuen sama dengan basa di atasnya, maka akan ditampilkan sebagai titik. Ini akan memudahkan kita dalam mencari sekuen mana yang tidak sesuai (mismatch). Anda bisa bereksperimen dengan berbagai tampilan sekuen pada BioEdit dengan mengaktifkan dan menonaktifkan tombol-tombol view.

Selamat Mencoba!