User profile

Status:
Name: Yepy Hardi Rustam
Nickname: yepyhardi
Member since: 2009-04-21 16:19:46
Website URL:
About me:

Facebook profile
 

User comments

Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular

June 15th, 2012 at 4:04 pm

Yup, itu kemungkinan yg paling mungkin, apalagi kalau DNA genome (dalam hal ini dari tanaman+virus) yang dijadikan template PCR cukup banyak. Jadi sebaiknya memang dilakukan purifikasi dulu sebelum dilakukan digesti.
Kalau mau ada yg didiskusikan lagi jangan sungkan2 kontek2 kita ya… :-)

6 Faktor Penting dalam Reverse Transcriptase PCR

June 13th, 2012 at 3:09 pm

Halo juga mas,
Biasanya bisa dipurifikasi dengan isopropanol (50% volume), kemudian di-centrifuge dgn kecepatan tinggi (13.000 rpm) utk mengendapkan pellet RNA, setelah itu dicuci menggunakan alkohol 75%. Pelet yang sudah bersih dilarutkan dalam elution buffer/rehydration buffer seperti biasa.
Cara lain bisa dengan dipurifikasi lagi menggunakan RNeasy column, tetapi tidak perlu dari tahap awal, cukup dimulai dari penambahan ethanol sebelum bind ke column.
Kedua cara ini berisiko menurunkan konsentrasi RNA yang diperoleh, untuk itu sebaiknya jangan dipurifikasi semua, sisakan sebagian untuk jaga-jaga kalau setelah purifikasi malah RNA-nya hilang :-)
Demikian mas, semoga bisa membantu.

Sequence Alignment di BioEdit

June 12th, 2012 at 12:47 pm

Wass.wr.wb. Yup, tanda2 tersebut menunjukkan tingkat kemiripan (konservasi) antara asam-asam amino yang dialignment.
Asterik (*) = asam-asam amino pada posisi tersebut sama (fully conserved)
Titik dua/colon (:) = memiliki kemiripan sifat/properti yang sangat tinggi, skornya > 0.5 pada matrix perhitungan alignmentnya. Contohnya Asam Aspartar (D) dengan Asparagin (N), Leusin (L) dengan Isoleusin (I)
Titik (.) = memiliki kemiripan sifat/properti yang tidak terlalu tinggi, skornya =< 0.5 pada matrix perhitungan alignmentnya. Contohnya Valin (V) dan Alanin (A)

Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular

June 12th, 2012 at 12:40 pm

Hm… semestinya kalau hasil PCR single band tidak mungkin diperoleh hasil digest dengan ukuran lebih besar. Saya kira penyebab paling mungkin adalah genomic DNA yang digunakan sebagai template PCR ikut terpotong sehingga ketika divisualisasi muncul sebagai band-band dengan berbagai ukuran. Ketika elektroforesis hasil PCR mungkin genom DNA ini tidak terlihat karena ukurannya sangat besar (mungkin juga tidak bisa menerobos pori-pori gel agarose sehingga posisinya ada di atas dekat well). Tetapi setelah digest, genomic DNA ini terpotong sehingga ukurannya lebih kecil dan dapat ikut terelektroforesis bersama dengan hasil digest produk PCR tadi. Saran saya sebaiknya hasil PCR dimurnikan dulu (dengan PCR purification kit misalnya), baru dilakukan digesti agar hasilnya lebih baik.

Membuat Pohon Filogenetik

June 8th, 2012 at 5:25 pm

Wass.wr.wb.. kalau boleh tau lbh spesifiknya ttg apa ya? fungsinya? strukturnya atau bagaimana? biar nanti tulisannya lbh mengena :-)

Parameter Penting dalam Desain Primer

June 8th, 2012 at 5:23 pm

Wass.wr.wb. Alhamdulillah kalau bisa membantu… sering2 mampir ya.. :-)

Makhluk Purba Nan Panjang Umur

May 30th, 2012 at 12:23 pm

walaupun sekarang mikroskop modern udah yang binokuler, tetep aja kebiasaan sebelah mata susah dihilangin, hehe :-)

Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus

May 27th, 2012 at 8:03 am

Syukurlah kalau website ini bisa bantu kelancaran skripsi agan… Sering2 mampir ya ke lapak ane (hehe serasa kaskus)

Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus

May 9th, 2012 at 11:24 am

Sama-sama mbak… semoga bisa membantu… sering-sering mampir ya…

Menyingkap Kehidupan di Luar Teori Dasar

May 9th, 2012 at 11:23 am

Betul mas Ahmad,
Pengetahuan dan pemahaman kita akan Iptek akan semakin menambah keimanan seseorang, bukan sebaliknya.

Membuat Pohon Filogenetik

May 9th, 2012 at 11:21 am

Dear Mbak Sekar, Sorry baru reply..
Terima kasih sudah menjadi ‘pemirsa’ setia kami.
Mengenai angka pada setiap garis, mungkin bisa dijelaskan lagi yang seperti apa ya mbak? Kalau yang ada di setiap percabangan garis, itu biasanya adalah nilai Bootstrap, atau nilai persentase bahwa struktur pohon seperti itu yang muncul dari sekian kali percobaan (biasanya 100 kali) sewaktu software tersebut membuat pohon phylogenetic.
Demikian Mbak, jika ada pertanyaan lagi silakan disampaikan kembali.

Mengenal Teknik DNA Sequencing

May 9th, 2012 at 11:18 am

wass.wr.wb. Halo mas Adam, berikut yang bisa saya bantu jelaskan:
1. Bentuk Helix timbul sebagai konsekuensi struktur molekul DNA yang berupa rantai panjang nukleotida. Nukleotida memiliki basa (adenin [A], guanin [G], cytosin [C] dan thymin [T]) yang masing-masing dapat membentuk ikatan hidrogen dengan pasangannya. Itulah mengapa A selalu berpasangan dengan T dan G dengan C karena A dan T dapat membentuk 2 ikatan hidrogen sedangkan G dan C 3 ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen terjadi antar strand, sehingga akibatnya akan terbentuk struktur seperti spiral yang disebut Helix. Struktur ini menyebabkan DNA menjadi compact dan muat di dalam sel. Bayangkan jika DNA manusia tidak membentuk helix, maka ia akan seperti benang halus dengan panjang sekitar 2 m.
2. DNA adalah molekul yang disebut genetic material karena ia membawa sandi-sandi yang diperlukan dalam proses kehidupan, terutama untuk memproduksi protein/enzim yang sangat diperlukan dalam proses kehidupan setiap makhluk hidup.
3. 5′ dan 3′ adalah posisi atom C pada deoxyribose-nya. Pada atom C nomor 5 terikat gugus phosphate, sedangkan pada atom C nomor 3 terikat gugus Hidroksida (OH). Gugus OH akan berikatan dengan gugus PO4 membentuk ikatan phosphodiester yang merupakan pengikat antara nukleotida penyusun DNA. Untuk memudahkan dan menyamakan penulisan urutan basa DNA, maka selalu dimulai dengan nukleotida yang memiliki gugus PO4 bebas (ujung 5′) ke yang memiliki gugus OH bebas (ujung 3′)
4. DNA dan RNA berbeda pada gula-nya, DNA = deoxyribose dan RNA = ribose. Lalu ada 1 basa yang berbeda, yaitu pada RNA tidak ada Thymine tetapi diganti oleh Uracyl.
5. DNA akan mengalami proses transkripsi untuk menghasilkan mRNA yang selanjutnya ditranslasi menghasilkan protein.

Demikian semoga jawaban saya bisa membantu.

Kontrol dalam TA Cloning; Repot Tapi Penting

May 9th, 2012 at 11:09 am

Sama-sama mbak Myrna, mudah2an info dan tips-nya bisa membantu.

Tanya Jawab Seputar Analisa DNA Sequencing

May 9th, 2012 at 11:09 am

Di Indonesia ada beberapa tempat yang memberikan layanan DNA sequencing, diantaranya:

EIJKMAN INSTITUTE
Jl. Diponegoro 69, Jakarta 10430
Telp. (021) 3917131, 3148695
Fax. (021) 3147982
website: http://www.eijkman.go.id/index.php/en/contact.html

PT. GENETIKA SCIENCE INDONESIA
Jl. Duri Raya No. 5D,
Jakarta Barat 11510,
Indonesia
Tel: +62 21 569 821 37
Fax: +62 21 564 263 8
Email: info@ptgenetika.com

Untuk di luar negeri, bisa menggunakan jasa dari Macrogen Inc, Korea, bisa dipesan secara online di http://dna.macrogen.com/eng.

Demikian semoga membantu..

PeakTrace; Meningkatkan Kualitas Electropherogram

May 9th, 2012 at 11:06 am

Sama seperti teknik pembuatan presentasi powerpoint pada umumnya, buat kerangka materi yang jelas, padat dan efektif. Kemudian buat tampilan yang menarik tetapi tidak berlebihan, yang penting presentasinya nyaman dilihat ketika disajikan. Kemudian tambahkan ilustrasi foto atau video yang relevan dan menarik, animasi juga bisa membantu tetapi juga jangan berlebihan. Komposisi antara teks, gambar/video dan ruang kosong pada presentasi juga harus diperhatikan. Lalu jangan lupa minta pendapat rekan atau calon audiens mengenai kualitas presentasi yang kita buat.

9 Tips untuk Real-Time PCR

May 9th, 2012 at 11:02 am

Halo Rika, sorry baru reply,
SYBR Green umum digunakan sebagai pewarna pada Realtime PCR. Prinsip pewarnaan SYBR Green adalah dengan memancarkan cahaya fluorescent ketika SYBR Green tersebut menyisip pada double-strand DNA, mirip seperti Ethidium Bromida. Kelemahannya adalah dia dapat menyisip pada semua double-strand DNA alias produk Realtime PCR tanpa peduli apakah DNA tersebut adalah produk yang diinginkan ataukah pengotor/unspecific product. Jadi pewarnaan SYBR Green tidak selektif dan tidak spesifik.

Mengenal Teknik DNA Sequencing

May 9th, 2012 at 11:00 am

Halo Nedi, maaf neh baru sempat reply…
Sebelumnya terima kasih sudah berkunjung ke website kami.
Suatu produk PCR pada prinsipnya bisa langsung disequencing asalkan kualitasnya bagus, yaitu single band dan spesifik. Namun jika terdapat lebih dari 1 band (terdapat unspecific product), maka produk PCR yang ingin kita sekuen harus diklon terlebih dahulu, karena jika tidak maka peak sekuen yang dihasilkan akan bertumpuk-tumpuk dan akan sangat sulit diinterpretasikan.
Dengan kloning, maka sequencing dapat dilakukan menggunakan primer dari vektor (misalnya M13 pada pGEMT-easy atau pTOPO, dll), dan hasilnya akan lebih bagus.
Demikian semoga membantu.

Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus

February 8th, 2012 at 6:18 am

Boleh banget mbak.. Mudah2an sy bisa bantu..

Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus

February 7th, 2012 at 7:37 am

Makasih mbak..
Sejauh pengetahuan saya, SSU, LSU dan ITS adalah bagian dari gen penyandi ribosom, dimana terdiri atas Small SubUnit (SSU), Large Subunit (LSU) dan diantara keduanya ada yang namanya ITS alias Internal Transcribed Spacer.
Untuk fungi, identifikasi bisa dilakukan melakui sekuen gen 18S rRNA atau ITS, dalam hal ini sekuen ITS lebih beragam dibandingkan 18S sehingga sekuen ITS ini lebih sering digunakan.
Untuk mendesain primer bisa dilakukan dengan mendownload sekuen ITS dari organisme yang diinginkan, kemudian melakukan multiple alignment dan memilih daerah yg paling konservatif yg mengapit daerah beragam sebagai situs primer utk PCR. Namun situs primer ini harus diuji lagi agar benar-benar hanya bisa menempel pada organisme yg kita inginkan saja dan tidak menempel ke organisme lainnya.
Utk lebih jelas mengenai primer bisa merujuk pada tulisan kami mengenai primer design.
Semoga dapat membantu… :-)

Membuat Pohon Filogenetik

February 7th, 2012 at 7:21 am

Pohon filogenetik dapat dibuat dengan membandingkan sifat-sifat atau karakteristik organisme2 yg ingin kita bandingkan. Misalnya dengan membandingkan sekuen DNA gen 16S bakteri, atau membandingkan pola pita2 pemotongan pada analisis RFLP, dll. Utk membuat pohon filogenetik bisa dengan bantuan beberapa software seperti MEGA, Treecon dll. Tujuannya adalah untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies atau organisme2 yg kita bandingkan. Prinsipnya adalah dengan melihat seberapa jauh jarak evolusi antara mereka.
Demikian mbak Novi, semoga cukup jelas..:-)

6 Faktor Penting dalam Reverse Transcriptase PCR

February 7th, 2012 at 7:15 am

Halo mbak indi, makasih atas pertanyaannya.
Utk virus myo sendiri genomenya berupa RNA atau DNA ya? Krn setau saya dia genomenya DNA. Sebab kalau dia DNA maka tidak perlu melalui tahap reverse transcriptase PCR, bisa langsung dikuantifikasi dengan metode quantitative PCR (qPCR) alias realtime PCR. Tetapi jika memang dia RNA genome, maka bisa dilakukan reverse transcriptase PCR, lalu dipilih salah satu gen atau segment utk dikuantifikasi menggunakan qPCR.
Pengukuran dengan nanodrop + ribogreen hanyalah untuk mengetahui konsentrasi RNA dalam larutan (dlm satuan ng/ul), sedangkan kuantifikasi tetap menggunakan qPCR dengan kurva standard sebagai acuannya.
Demikian mbak, semoga cukup jelas, jika masih ada yg ingin ditanyakan silakan disampaikan.
Makasih…

Sistem Imun Bakteri; Belajar dari Serangan Musuh

January 23rd, 2012 at 9:09 pm

Boleh banget, supaya lbh bermanfaat buat yg lain.
Tolong dicantumkan aja link ke blog kita biar sekalian promosi :-) thanks…

x