Akhir April 2009 dunia dihebohkan dengan terjadinya serangan swine flu atau flu babi di wilayah Meksiko. Selain karena jumlah korban yang terus meningkat, penyebaran penyakit virus ini pun tergolong cepat. Hingga tanggal 27 April ini Yahoo! News melansir bahwa hampir 2000 orang di Meksiko diduga terinfeksi flu babi dan 149 diantaranya meninggal dunia. Di Amerika Serikat, CDC melaporkan bahwa kasusnya membengkak menjadi 40, yaitu di New York, Ohio, Kansas, Texas dan California. Total seluruh dunia ada 73 kasus, termasuk enam di Kanada, satu di Spanyol dan dua di Skotlandia. Dan jumlah ini dikhawatirkan akan terus bertambah mengingat belum ada tanda-tanda serangan virus ganas ini akan segera berakhir.
Guna menyikapi hal tersebut, WHO sudah menaikkan tingkat kewaspadaan menjadi Fase 4 yang berarti bahwa dimungkinkan adanya penularan virus penyebab outbreak antar manusia setidaknya di satu negara. Beberapa hari berikutnya status tersebut kembali naik menjadi fase 5 dari 6 fase pandemic. Fase 5 berarti penyebaran virus dari manusia ke manusia di dua atau lebih negara yang berada dalam wilayah WHO. Meskipun tentu saja kita berharap serangan virus ini tidak sampai naik tingkat lagi seperti yang dikhawatirkan.
Virus Flu Babi, Punya Unsur Genetik Baru
Sebelum membahas lebih detail virus flu babi, ada baiknya Anda membaca artikel “Mengenal Virus Influensa” lebih dulu.
Dari tiga kelompok Influenzavirus yang biasa menyerang manusia, hanya Influenzavirus A (umum) dan C (jarang) yang biasa menyerang babi. Influenzavirus A yang menyerang pun hanya subtipe H1N1, H1N2, H3N1, H3N2 dan H2N3. Dan yang sekarang ini bikin heboh adalah subtype H1N1 yang diduga sudah mengalami modifikasi unsur-unsur genetik. Hii, serem gak sih?
Eh, ngomong-ngomong unsur genetik itu apa ya? Begini, seperti kita ketahui setiap makhluk hidup memiliki unsur genetik (biasanya DNA) yang memiliki peran sangat penting dalam kehidupan, misalnya ‘menentukan’ bentuk tubuh manusia itu seperti apa, atau bagaimana bentuk dan warna bunga pada tumbuhan, dll. Virus flu sedikit berbeda, unsur genetiknya adalah RNA, bukan DNA. Unsur genetik pada virus flu terutama berperan untuk mengatur bagaimana virus tersebut dapat menginfeksi sel pada tubuh inangnya, bagaimana dia memperbanyak diri, bagaimana cara dia keluar dari sel inang untuk menyerang sel-sel lainnya dan bagaimana dia bisa bertahan dari serangan antibodi yang ada pada si inang tersebut. Itu semua diatur oleh unsur-unsur genetik berupa RNA tadi.
 Struktur gen virus influenza
Struktur gen virus influenza
|
Genetic Origin of the 2009 swine flu virus
- HA — Hemagglutinin — swine (H1) — North America
- NA — Neuraminidase — swine (N1) — Europe
- PA — Polymerase Acid — avian — North America
- PB1 — Polymerase Basic Subunit 1 — human — 1993 H3N2 strain
- PB2 — Polymerase Basic subunit 2 — avian — North America
- NP — Nucleoprotein — swine — North America
- M — Matrix protein M1, M2 — swine — Eurasia
- NS — Non-structural proteins NS1, NEP — swine — North America
Source: La fiche d’identité d’un virus inédit, Lemonde.fr.
Virus flu babi yang diisolasi dari pasien di US ditemukan terbuat dari unsur-unsur genetik yang berasal dari empat virus flu yang berbeda yaitu campuran dari virus flu babi Amerika Utara, avian flu Amerika Utara, flu manusia dan flu babi yang biasanya ditemukan di Asia dan Eropa, suatu campuran sekuen genetik yang tidak lazim. Dan virus yang baru ini nampaknya merupakan hasil ‘reassortment‘ dari virus flu manusia dan flu babi, dalam keempat strain yang berbeda dari subtipe H1N1. Karakterisasi genetic awal mengungkap bahwa gen hemagglutinin (HA) mirip dengan gen HA pada virus flu babi yang ada di USA sejak tahun 1999, sedangkan gen neuraminidase (NA) dan gen protein matriks (M) merupakan versi resemble yang ada pada isolate flu babi Eropa. Enam gen dari flu babi Amerika sendiri merupakan campuran virus flu babi, flu burung dan flu manusia. Mengingat virus dengan makeup genetik semacam ini belum pernah ditemukan sebelumnya, sehingga tidak ada sistem pengawasan nasional resmi untuk menentukan virus apa yang bersirkulasi pada babi di Amerika.
Mungkin jadi pertanyaan, kok bisa materi genetik virus tersebut saling ‘bercampur’ membentuk suatu strain virus yang baru, apalagi disinyalir berasal dari tiga benua yang secara geografis berjauhan? Memang begitulah virus, diantara makhluk-makhluk lain viruslah yang paling mudah mengalami mutasi (perubahan) unsur genetik. Mungkin ini merupakan salah satu strategi virus tersebut untuk bertahan hidup ditengah gempuran sistem imun si inangnya, jadi dengan bermutasi secara cepat dia akan lebih sulit dikenali oleh sistem imun tubuh inang.
Kembali ke virus baru nan heboh ini, karena virus ‘gado-gado’ ini belum pernah diisolasi dari hewan, maka World Organisation for Animal Health (OIE) mengajukan nama “North-American Influenza” alias Influenza Amerika Utara, lagipula secara historis virus ini memang pertama kali ditemukan di Amerika Utara. Belakangan WHO menggunakan nama Virus Influenza A (H1N1).
Tanda-tanda dan gejala
 Gejala-gejala flu babi (influenza A H1N1)
Gejala-gejala flu babi (influenza A H1N1)
|
Menurut CDC, gejala penyakit flu babi pada manusia mirip dengan gejala flu pada umumnya. Gejalanya berupa:
- demam
- batuk
- nyeri tenggorokan
- sakit badan
- sakit kepala
- kedinginan
- merasa lelah
- Outbreak 2009 ini menunjukkan adanya peningkatan persentase pasien yang dilaporkan mengalami diare dan muntah-muntah.
Karena gejala yang tidak spesifik hanya untuk flu babi inilah maka untuk melakukan diagnosa diferensial dugaan flu babi memerlukan tidak hanya gejala saja tapi juga harus ada kemiripan yang tinggi dengan flu babi berdasarkan sejarah kontak orang tersebut.
Misalnya saja selama wabah flu babi 2009 di USA, CDC menganjurkan para dokter untuk “mempertimbangkan infeksi flu babi dengan diagnosis diferensial terhadap pasien dengan sakit pernafasan febrile akut baik yang pernah kontak dengan orang yang dikonfirmasi flu babi, atau yang pernah berada di negara bagian yang dilaporkan terkena wabah flu babi atau di mexico selama 7 hari sebelum terserang penyakit.” Diagnosis yang menyatakan konfirm flu babi memerlukan pengujian laboratorium terhadap sampel-sampel sistem pernafasan (swab dari hidung dan tenggorokan).
Pencegahan
Pencegahan flu babi memiliki tiga komponen: pencegahan pada babi, pencegahan penularan ke manusia, dan pencegahan penyebarannya diantara manusia.
Pencegahan pada babi
Flu babi telah menjadi masalah yang lebih besar pada dekade terakhir ini karena evolusi yang terjadi pada virus telah menyebabkan respon yang tidak konsisten terhadap vaksin-vaksin tradisional. Vaksin flu babi komersial yang standar efektif dalam mengendalikan infeksi ketika strain virusnya cukup match untuk mendapatkan cross-proteksi yang signifikan, dan vaksin-vaksin custom (autogenous) yang dibuat dari virus spesifik yang diisolasi diciptakan dan digunakan dalam kasus yang lebih rumit.
Strategi vaksinasi saat ini untuk pengendalian dan pencegahan Swine Influenza Virus (SIV) pada peternakan babi belum tentu 100% efektif, pasalnya daya proteksi vaksin sangat bergantung pada kemiripan antara virus vaksin dan virus epidemik.
Pencegahan transmisi dari babi ke manusia
Transmisi dari babi ke manusia terjadi pada umumnya di peternakan babi, tentu saja akibat kontak yang cukup dekat antara manusia dan babi hidup. Pada dasarnya strain virus flu babi tidak dapat menginfeksi manusia, namun kadang-kadang transmisi ini bisa juga terjadi, sehingga para peternak atau dokter hewan dianjurkan untuk memakai masker dan sarung tangan ketika berurusan dengan hewan yang terinfeksi. Cara paling umum untuk membatasi transmisi dari hewan ke manusia yaitu dengan penggunaan vaksin.
Pencegahan penyebaran pada manusia
Influenza menyebar diantara manusia melalui batuk atau bersin dan sentuhan pada sesuatu yang mengandung virus lalu menyentuh hidung atau mulutnya sendiri. Flu babi tidak dapat menyebar melalui produk-produk babi, karena virus tersebut tidak berpindah melalui makanan. Flu babi pada manusia paling mudah menular selama lima hari pertama sakit meskipun beberapa orang –umumnya anak-anak– bisa terus mudah menular hingga selama 10 hari. Diagnosis dapat dilakukan dengan mengirimkan sebuah spesimen –yang dikumpulkan selama lima hari pertama– ke CDC untuk dianalisis.
Rekomendasi untuk mencegah penyebaran virus diantara manusia termasuk penggunaan pengendalian infeksi standar terhadap influenza. Jadi sering-seringlah mencuci tangan dengan sabun dan air atau pencuci tangan berbahan dasar alkohol, khususnya jika setelah berada di tempat-tempat umum. Meskipun vaksin influenza trivalen saat ini nampaknya tidak memberikan perlindungan terhadap strain vaksin baru H1N1, vaksin baru untuk melawan strain baru ini sedang dikembangkan dan bisa segera siap kira-kira di bulan Juni 2009 ini.
Para ahli sependapat bahwa mencuci tangan dapat mencegah infeksi virus, termasuk virus flu biasa dan flu babi yang baru. Influenza dapat menyebar melalui batuk atau bersin, akan tetapi meningkatnya jumlah korban memperlihatkan bahwa partikel-partikel virus yang kecil itu dapat tetap hidup di atas meja, pesawat telepon dan permukaan-permukaan lain serta ditransfer melalui jari-jari ke mulut, hidung atau mata. Pembersih tangan berupa gel atau busa berbahan dasar alkohol dapat menghancurkan virus dan bakteri dengan baik. Setiap orang yang memiliki gejala mirip flu seperti demam mendadak, batuk atau nyeri otot harus menghindari tempat kerja atau transportasi publik dan harus menemui dokter untuk diperiksa.
Menjaga jarak sosial merupakan taktik pencegahan lainnya. Artinya Anda harus menjaga jarak dari orang lain yang mungkin terinfeksi, hindari kumpul-kumpul dengan banyak orang, tidak terlalu banyak berkeliaran di tempat kerja, atau mungkin sebisa mungkin tetap di rumah jika infeksi sudah menyebar di masyarakat sekitar.
Pengobatan
Tamiflu
Tamiflu
FDA telah mengizinkan penggunaan darurat beberapa perangkat diagnosis dan pengobatan untuk mengidentifikasi dan menangani virus flu babi pada keadaan tertentu, yaitu penggunaan obat antiviral Relenza dan Tamiflu, serta pengujian diagnostik panel menggunakan rRT-PCR.
CDC merekomendasikan penggunaan tamiflu (oseltamivir) atau Relenza (zanamivir) untuk pengobatan dan/atau pencegahan infeksi virus flu babi. Akan tetapi kebanyakan orang yang terinfeksi virus bisa sembuh tanpa memerlukan penanganan medis maupun obat-obatan antiviral. Virus isolat dari meksiko dan USA yang telah diuji ternyata resisten alias tahan terhadap amantadine dan rimantadine. Obat antiviral dalam hal ini dapat menurunkan rasa sakit dan membuat penderita lebih baik dalam waktu yang lebih singkat dan mencegah komplikasi flu yang serius. Sebaiknya obat ini segera dikonsumsi sejak dua hari setelah sakit (terkena gejala).
Stok Antiviral
Persediaan obat antiviral harus terus dipantau oleh setiap negara sebagai upaya prefentif. Pantau juga tanggal kadaluwarsa obat tersebut karena biasanya obat tersebut expire dalam waktu lima tahun setelah diproduksi.
Siap Siaga
Tak ada salahnya kita bersiap siaga meskipun sampai saat ini belum ditemukan kasus infeksi virus Influenza A (H1N1) di Indonesia dan berharap semoga wabah ini tidak terus menggila dan mampir di sekitar kita. Dalam hal ini pemerintah dan masyarakat harus bekerja sama dengan baik. Pemerintah harus memberikan penyuluhan publik mengenai infeksi virus ini, menyiapkan strategi-strategi pencegahan dan penanganan darurat, menjaga stok obat antiviral, menyiapkan rumah sakit atau puskesmas rujukan. Masyarakat pun tidak perlu panik, cukup dengan menjaga dan melaksanakan gaya hidup bersih dan sehat, Insya Allah kita akan terbebas dari infeksi tersebut (baca selengkapnya artikel Agar tetap Sehat dan Terbebas dari Flu Babi).
Sumber: CDC, Wikipedia dan sumber-sumber lainnya.
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Teknologi DNA Sequencing yang umum digunakan saat ini adalah Dye-terminator sequencing, dimana output alat sequencer-nya adalah peak-peak yang terdiri atas 4 warna yang mewakili masing-masing nukleotida yaitu hijau untuk Adenine (A), merah untuk Thymine (T), biru untuk Cytosine (C) dan hitam untuk Guanine (G). Peak inilah yang dinamakan electropherogram. Electropherogram ini sudah diinterpretasikan (call) secara otomatis oleh program computer DNA Sequencer menjadi urutan-urutan basa nukleotida (A-C-G-T), namun masalahnya seringkali program komputer melakukan ‘kesalahan’ interpretasi pada electropherogram yang bermasalah sehingga urutan basa nukleotida yang dihasilkannya pun bisa salah. Hal ini tentu saja berpengaruh terhadap hasil penelitian dan juga analisa lanjutan yang akan kita lakukan terhadap hasil sekuensing tersebut.
Oleh karena itu, mutlak adanya interpretasi manual menggunakan ‘mata kepala sendiri’ untuk mencari peak-peak yang ambigu dan membuang bagian electropherogram yang mengandung terlalu banyak error. Berikut ini akan diuraikan masalah yang sering timbul pada electropherogram, apa penyebabnya dan bagaimana kita bisa mendapatkan interpretasi yang benar.
Seberapa bersihkah electropherogram kita?
Electropherogram yang bersih memiliki ciri sebagai berikut:
- jarak/spasi antar peak yang sama
- setiap peak hanya terdiri dari satu warna
- ketinggian peak bisa bervariasi hingga berbeda 3 kali lipat antara peak tertinggi dengan terendah
- mungkin saja terdapat peak-peak ‘noise’ pada baseline, namun jika kualitas template dan primernya bagus biasanya noise ini sangat minim dan tidak berpengaruh secara signifikan terhadap pembacaan
Berikut ini adalah contoh electropherogram, coba perhatikan tingkat kebersihan baseline-nya.
 Gambar 1. Electropherogram tanpa baseline noise
Gambar 1. Electropherogram tanpa baseline noise
|
 Gambar 2. Electropherogram dengan sedikit baseline noise
Gambar 2. Electropherogram dengan sedikit baseline noise
|
 Gambar 3. Electropherogram dengan baseline noise yang cukup mengganggu
Gambar 3. Electropherogram dengan baseline noise yang cukup mengganggu
|
Gambar 1 adalah electropherogram yang sangat bagus, excellent tanpa noise sama sekali. Pada gambar 2 terlihat sedikit noise pada baseline tetapi peak utamanya masih sangat jelas dan komputer tidak melakukan kesalahan pembacaan sama sekali. Sedangkan pada gambar 3 noise-nya cukup tinggi sehingga mempengaruhi pembacaan (call) pada komputer. Coba perhatikan peak nomor 271, 273 dan 279 yang terdiri dari lebih satu warna, begitu pula pada posisi 291 dan 301 dimana terdapat peak yang menyisip diantara dua peak, dan yang paling parah pada posisi 310 yang sangat sulit untuk ditentukan manakah peak yang sebenarnya.
Noise seperti itu umum terjadi ketika sinyal sampel sequencingnya terlalu redup, ini bisa dilihat dari ‘signal intensity’ dari electropherogram yang ada pada windows yang berbeda pada program ‘Electropherogram viewer’ di komputer atau pada bagian atas hasil print-out electropherogram. Biasanya terlihat seperti berikut ini:
Signal G:168 A:110 T:160 C:186
Signal yang sangat baik memiliki nilai antara 500 – 2000 (meskipun nilai ini bervariasi antar instrument sequencer), signal antara 50 – 100 pun kadang-kadang memberikan hasil yang bagus namun tentu saja disertai dengan ‘bonus’ berupa noise. Biasanya bagian awal Electropherogram memiliki noise yang rendah dan semakin ke bagian akhir semakin meningkat pula noisenya, hal ini termasuk ‘normal’ karena keterbatasan teknologi kapiler yang digunakan, namun noise ini semakin menjadi-jadi jika dalam sampel masih terdapat sisa-sisa garam.
Komputer juga bisa salah
Namanya juga komputer, buatan manusia, tentu saja bisa salah menginterpretasikan peak pada electropherogram, malahan mata manusia bisa lebih baik dalam hal ini. Kadangkala komputer membaca peak-peak yang ambigu menjadi ‘N’, padahal mata manusia bisa melihat dengan jelas peak apa sebenarnya yang ada di situ. Oleh karena itu kita perlu melakukan pemindaian alias ‘scanning’ pada electropherogram untuk mencari peak-peak yang sangat kecil/rendah, nukleotida yang terbaca sebagai ‘N’ atau peak-peak yang jarak/spasinya lain daripada yang lain.
Peak-peak dengan jarak/spasi yang aneh
Cobalah perhatikan electropherogram sampel kita, pindailah peak-peaknya apakah terdapat spasi antara 2 peak yang terlalu rapat atau terlalu renggang, begitu pula pada spasi antar huruf ACGT yang ada di atas peak. Seperti pada gambar 4 berikut, jarak antara G dan A pada posisi 271 dan 272 lebih renggang dibanding peak-peak lainnya, ini memang error yang umum pada sequencer kapiler ABI, namun karena software sudah memprediksi error ini, dimana jarak antara peak G yang langsung diikuti oleh peak A umumnya lebih besar, maka hasil pembacaan electropherogram tidak terpengaruh.
 Gambar 4. Electropherogram dengan mis-spacing yang tidak mempengaruhi pembacaan
Gambar 4. Electropherogram dengan mis-spacing yang tidak mempengaruhi pembacaan
|
 Gambar 5. Electropherogram dengan mis-spacing yang memunculkan pembacaan ‘N’
Gambar 5. Electropherogram dengan mis-spacing yang memunculkan pembacaan ‘N’
|
 Gambar 6. Electropherogram dengan mis-spacing yang memunculkan pembacaan ‘G’
Gambar 6. Electropherogram dengan mis-spacing yang memunculkan pembacaan ‘G’
|
Tetapi terkadang spasi yang terlalu lebar diartikan sebagai ‘N’ oleh software, padahal secara kasat mata terlihat bahwa tidak ada peak di bawah ‘N’ seperti yang terlihat pada gambar 5 pada posisi peak 66. Bahkan pada gambar 6 terlihat ada basa ‘G’ yang disisipkan antara peak 58 dan 60, padahal pada posisi 59 tersebut yang ada hanyalah peak noise pada baseline, tetapi software membacanya sebagai ‘real peak’. Tentu saja hal ini dapat berakibat fatal terhadap pembacaan electropherogram.
Peak heterozygous (double)
Idealnya satu posisi peak hanya terdiri atas satu warna saja, namun bisa saja terjadi satu posisi diisi oleh lebih dari satu warna peak, biasanya jika produk PCR yang disekuensing berasal dari DNA genom diploid, dimana posisi yang polimorfik akan memunculkan kedua nukleotida secara simultan. Hasil pembacaannya bisa jadi ‘N’ atau salah satu peak yang lebih tinggi.
 Gambar 7. Dua peak heterozygot dengan signal sama kuat sehingga terbaca sebagai ‘N’
Gambar 7. Dua peak heterozygot dengan signal sama kuat sehingga terbaca sebagai ‘N’
|
 Gambar 8. Dua peak heterozygot dengan salah satu signal lebih kuat
Gambar 8. Dua peak heterozygot dengan salah satu signal lebih kuat
|
Gambar 7 merupakan contoh yang sangat jelas akan adanya SNP (single nucleotide polymorphism) heterozygous, pada kasus ini salah satu alel memiliki basa C dan satunya lagi T, dan keduanya nampak jelas sebagai dua peak yang saling menumpuk, dan dibaca oleh software sebagai ‘N’. Sementara itu pada gambar 8 sekilas tidak nampak adanya SNP karena pada posisi peak 192 terbaca sebagai C, padahal di situ terdapat pula peak G yang lebih rendah.
Pemindaian dengan mata bisa saja dilakukan untuk mencari peak heterozygous seperti ini, namun jika jumlah sampelnya sangat banyak tentu menjadi sangat tidak praktis. Untunglah beberapa software berikut dapat menolong kita melakukan pemindaian dan mendeteksi adanya peak heterozygous:
- Sequencher (GeneCodes, Inc)
- Mutation Surveyor (SoftGenetics, Inc)
- PHRED/PHRAP/POLYPHRED/CONSED Suite
Pemisahan/Resolusi Peak yang buruk pada bagian akhir electropherogram
Ini merupakan keterbatasan dari teknologi capillary sequencing yang berbasis metode dye terminator sequencing. Peak yang sempurna sekalipun hanya memberikan data yang akurat hingga batas tertentu, selanjutnya peak-peak yang muncul akan semakin melebar dan bergeser sehingga software maupun mata manusia akan sulit untuk menginterpretasikan electropherogram tersebut secara akurat. Hasil pembacaan software pun seringkali tidak dapat diandalkan.
Tergantung dari kualitas sample sequencing, kapiler, polimer serta bahan-bahan pendukung lainnya, biasanya electropherogram memiliki kualitas peak yang baik hingga posisi 600-700an, setelah itu kualitasnya makin memburuk.
 Gambar 9. Peak chromatogram dengan resolusi mulai memburuk
Gambar 9. Peak chromatogram dengan resolusi mulai memburuk
|
 Gambar 10. Peak chromatogram dengan resolusi buruk
Gambar 10. Peak chromatogram dengan resolusi buruk
|
Pada gambar 9, kualitas peak sudah tidak sebaik yang seharusnya, selain ‘kaki’ yang makin melebar, dua peak sewarna yang berurutan terlihat menyatu, namun hasil pembacaan software masih akurat dan kita pun masih dapat melihat puncak masing-masing peak yang terlihat menyatu tersebut, seperti pada posisi 790-791, 792-793, 795-796 dan yang lainnya. Di samping itu jarak/spasi antar peak pun masih seragam dan tidak terlihat ‘keanehan’.
Lain halnya dengan electropherogram pada gambar 10, peak-peak yang menyatu sudah tidak nampak lagi masing-masing puncaknya (misalnya posisi 969-970, 973-974), juga muncul ‘N’ pada posisi 982 yang tidak bisa kita pastikan apakah di situ seharusnya G atau A, dan bisakah kita pastikan berapa jumlah A setelah itu?
Jadi kita harus berhati-hati pada bagian akhir electropherogram, lihatlah apakah terdapat nukleotida ganda yang seharusnya hanya satu, lalu benarkah hitungan jumlah nukleotida yang berurutan, dan bahkan kadang-kadang satu nukleotida yang diapit oleh deretan nukleotida yang sewarna ‘tenggelam’ di bawah peak yang sangat lebar tadi. Pokoknya jika melihat spasi yang tidak seragam, waspadalah.
Jika masalahnya sudah terlalu banyak, buang saja bagian tersebut
Jika hasil pembacaan software sudah memiliki banyak error, interpretasi manual dengan ‘mata kepala sendiri’ sudah sangat sulit dilakukan dan error yang terjadi sudah di luar toleransi kebutuhan kita, maka abaikan saja sisa sekuen yang mengandung error tersebut. Hingga batas mana sekuen tersebut akan kita ambil bergantung pada kebutuhan dan tujuan kita melakukan DNA Sequencing. Beberapa peneliti yang hanya ingin melihat posisi intro-ekson atau hanya ingin mengetahui identitas suatu DNA bakteri misalnya, mungkin tidak terlalu terganggu dengan adanya sedikit error. Namun jika tujuan sequencing tersebut adalah untuk publikasi ilmiah atau pencarian SNP, maka error yang sedikit saja tidak dapat ditolerir, hanya sekuen dengan kualitas terbaik saja yang akan diambil.
Untuk mengatasi error yang terjadi, bisa dilakukan dengan cara mensekuen dari arah sebaliknya, sehingga ambiguitas pada satu arah sekuen bisa diatasi dengan hasil sekuen komplemennya.
Sumber: The University of Michigan, DNA Sequencing Core
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
image from chem.agilent.com
Kontibutor: Sumitomo Ueno (Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)
Microarray merupakan suatu analisa hibridisasi gen dalam skala mikro dengan melibatkan banyak (bisa sampai beribu-ribu) gen dalam 1 kali percobaan. Hibridisasi dilakukan di atas slide yang berisi oligonuklotida yang berbeda-beda dan oleh sebab itulah microarray bersifat unik.
Microarray yang melibatkan banyak gen dengan sifat yang unik itulah yang menyebabkan peneliti dapat melihat/menganalisa ekpresi gen tersebut dengan menggunakan kontrol sebagai pembanding. Jika terdapat perbedaan gen yang dianalisa dengan kontrol maka dapat diasumsikan bahwa terdapatnya ekspresi yang ditimbulkan gen tersebut berdasarkan perlakuan. +Continue Reading
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Butanediol Molecule (image from invista.com)
Kontributor:
Megahwaty Effendy | Yurike Laurensia | Delia Agustina
(Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)
Siapa tidak mengenal bakteri Escherichia coli? Bakteri ini pertama kali ditemukan oleh Theodor Escherich pada tahun 1885. Bakteri ini sangat akrab dalam kehidupan manusia karena bakteri ini merupakan salah satu penghuni saluran pencernaan manusia. Meskipun begitu, tetap saja ada beberapa strain E. coli yang bersifat patogen, seperti Escherichia coli yang dapat menyebabkan diare berdarah. Tetapi, tidak semua strain E. coli merupakan patogen, E. coli juga banyak dimanfaatkan dalam bidang bioteknologi. Dalam artian luas, bioteknologi itu merupakan suatu cabang ilmu yang menggunakan sumber hayati untuk menghasilkan sesuatu yang dapat berguna bagi kebutuhan manusia. Di era modern ini, bioteknologi banyak digunakan untuk melakukan teknik rekayasa genetika, yaitu suatu teknik yang dilakukan untuk merubah susunan gen tertentu dari suatu organisme untuk berbagai macam kepentingan.
+Continue Reading
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Bradford Protein Assay (image from freewebs.com)
Salah satu prosedur analisa kandungan protein dalam larutan adalah menggunakan metode Bradford yang pertama kali dideskripsikan oleh Bradford (Bradford et al., 1976). Metode ini lebih simple, lebih cepat dan lebih sensitif dibanding metode Lowry, selain itu Bradford juga lebih tahan terhadap interferensi senyawaan nonprotein.
Metode Bradford didasarkan pada pengikatan zat warna Coomassie Blue G-250 ke protein, dimana zat warna ini memiliki empat formasi ion berbeda dengan nilai pKa 1.15, 1.82 dan 12.4. Bentuk kationik zat warna ini berwarna merah dan hijau dengan panjang gelombang serapan (absorbansi) maksimum pada 470 dan 650 nm. Sedangkan bentuk anioniknya berwarna biru dengan absorbansi maksimum 590 nm. Pengukuran proteinnya sendiri dilakukan dengan menentukan jumlah zat warna dalam bentuk anionik (biru), dan biasanya hal ini dilakukan dengan mengukur absorbansi larutan pada 595 nm. +Continue Reading
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
