Jika pernah membaca novel Laskar Pelangi salah satu dari tetralogi novel national best seller karangan Andrea Hirata pasti mengenal salah satu tokoh utamanya yaitu si Ikal. Dipanggil si Ikal karena tokoh utama tersebut memiliki ciri khas yaitu rambut ikalnya.
Si Rambut Ikal
Rambut ikal ini juga sering menjadi pilihan model rambut para pesohor yang tak jarang ditiru oleh para penggemarnya. Jika sejak lahir sudah memiliki tipe rambut ikal maka tidak perlu repot-repot untuk ke tempat perawatan rambut untuk merubah tampilan rambut tersebut, lain halnya dengan orang yang memiliki tipe rambut lurus dengan teknik tertentu baik secara mekanis ataupun penggunaan senyawa kimiawi rambut luruspun bisa di rubah menjadi ikal di tempat perawatan rambut.
Sejak diketahui gen trichohyalin adalah gen yang bertanggung jawab dalam pembentukan rambut ikal oleh para ilmuwan dari Queensland Institute of Medical Research (QIMR), munculah ide untuk merubah rambut lurus maupun ikal dengan pendekatan bioteknologi. Gen trichohyalin ini sudah di ketahui dari awal berperan penting dalam pembentukan folikel di rambut, namun peneliti di QIMR selanjutnya mengetahui gen tersebut berperan pembentukan ke-ikal-an rambut.
Profesor Nick Martin ketua QIMR Genetic Epidemiology Laboratory bersama koleganya Dr. Sarah Medland menerangkan dari penelitian yang di lakukan bahwa variasi di gen tersebut menyebab lurus dan ikalnya rambut, di terangkan juga bahwa 45 persen orang Eropa berambut lurus, 40 persen bergelombang sisanya 15 persen berambut ikal. Penelitian tersebut di lakukan dengan manganalisa data dari studi 5000 anak kembar di Australia selama 30 tahun, hasil riset ini sudah di publikasikan di American Journal of Human Genetics.
Dengan potensi ini maka dapat di kembangkan perawatan untuk merubah rambut baik lurus maupun ikal tanpa pemanasan atau menggunakan bahan kimiawi yang bisa merusak rambut, Prof. Martin telah melakukan diskusi dengan perusahan kosmetik besar di Paris untuk mewujudkan ide potensial ini. Kita tunggu saja perkembangannya.
Penemuan gen ini juga penting di bidang forensik, dengan mengetahui pola variasi dari gen trichohyalin sampel di tempat kejadian perkara maka bisa secara cepat di ketahui gambaran tersangka apakah berambut lurus atau ikal. Dapat juga dipakai bagi orang tua yang ingin memprediksi jenis rambut janin yang sedang di kandungnya.
Sumber:
- http://www.telegraph.co.uk/
- http://www.nydailynews.com/
- http://www.wikipedia.com
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
image from www.fahad.com.
Sudoku (“Suuji wa dokushin ni kagiru“) yang berarti angka-angkanya harus tetap tunggal merupakan permainan teka-teki logika paralel yang unggul, sulit, rumit dan sepenuhnya membuat pemainnya ketagihan. Permainan yang mulai populer di Jepang pada tahun 1980 ini berasal dari kotak-kotak Latin yang di temukan oleh ahli matematika berkebangsaan Swiss Leonhard Euler pada abad ke 18 ini telah menyihir seluruh dunia dari anak kecil hingga orang tua. Tujuan permainan ini adalah melengkapi kisi-kisi, kolom, baris dan setiap blok dari sembilan kotak yang berisi angka-angka dari 1 sampai 9 tanpa pengulangan atau melewatkan salah satunya.
Dalam dunia bioteknologi, permainan sudoku ini telah menginspirasi para peneliti di Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) menemukan apa yang di sebut dengan “DNA Sudoku“. DNA Sudoku merupakan metode yang revolusioner dalam bidang Genome Sequencing, para peneliti di lab tersebut menggabungkan teori matematika yang telah berusia 2000 tahun dari China dan konsep dari ilmu kriptologi untuk mengembangkan DNA Sudoku. Diistilahkan seperti itu karena kesamaan konsep logika dan aturan kombinasi penempatan angka dengan permainan sudoku yang populer tersebut.
Strategi DNA Sudoku ini memungkinkan untuk menurunkan baik biaya ataupun waktu dalam proses sequencing DNA. Saat ini sudah terdapat teknik sequencing yang dikenal dengan multiplexing. Multiplexing memerlukan pengkodean dari setiap sample DNA yang jumlahnya ribuan sebelum digabung untuk disekuen secara bersamaan. Dengan mengunakan ide dari Sudoku peneliti di CSHL telah mampu mengelola kode-kode sample DNA yang beragam secara berkelanjutan dengan tidak memberi kode pada tiap sample DNA. Inti dari metode ini adalah inovasi dari strategi pooling yang ditemukan, dengan metode seperti ini proyek yang aslinya memerlukan dana 10 Juta US dolar bisa dipangkas menjadi 50.000-80.000 US dollar saja.
Metode ini baru cocok untuk analisa genotype yang memerlukan hanya potongan-potongan pendek dari genom individu yang akan disekuen untuk mengetahui apakah individu tersebut membawa varian tertentu dari satu gen atau mengetahui adanya mutasi. Metode ini masih dalam pengembangan untuk aplikasi teknologi sequencing yang revolusioner, laporan lengkap tentang “DNA Sudoku” akan dipublikasikan di jurnal Genome Research bulan Juli 2009 ini.
Sumber bacaan:
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Primer merupakan salah satu bagian terpenting dalam reaksi PCR, Polymerase Chain Reaction merupakan teknik perbanyakan sample DNA yang mempunyai banyak kegunaan mulai dari sekuensing hingga forensik, aplikasi PCR ini dinilai sebagai teknik biomolekuler yang sangat bermanfaat sehingga penemu PCR ini Kary Mullis dianugerahi hadiah nobel dalam bidang kimia pada tahun 1993. Untuk mengenal lebih lanjut tentang PCR bisa merujuk ke tulisan ini. Saat ini terdapat banyak aplikasi komputer yang dapat digunakan membantu dalam desain primer ini dari yang sifatnya berbayar hingga yang gratis. PerlPrimer contohnya, adalah salah satu aplikasi yang kerap di pake dalam perancangan primer.
PerlPrimer
PerlPrimer merupakan software untuk mendesain secara mudah dan otomatis primer untuk standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) dan sekuensing, software yang yang dikembangkan dengan bahasa Perl dan Perl/TK untuk tampilannya sehingga bisa dijalankan di MacOSX, Linux dan Windows, saat ini versi terakhir dari PerlPrimer adalah 1.1.17. Kita bisa mendownload aplikasi ini secara bebas dan bisa merubah kode pemogramannya dikarenakan aplikasi ini berlisensi Free and OpenSource. Proses insatalasi PerlPrimer ini tergantung sistem operasi yang kita gunakan, PerlPrimer menyediakan paket instalasi untuk sistem operasi Mac, Linux dan Windows dengan proses intalasi yang tidak rumit, paket instalasi bisa di unduh disini.
Fitur-fitur PerlPrimer
- Menghitung kemungkinan primer dimmers yang terbentuk
- Mendownload langsung sekuen genom atau cDNA dari Ensembl
- Bisa langsung melakukan BLAST ke server NCBI atau serverl lokal
- Hasil dari desain perimer dapat di simpan, atau di eksport ke format tab-delimited sehingga bisa dibuka oleh aplikasi spreadsheet standar (OpenOffice, Microsoft Office). Informasi lebih detail mengenai PerlPrimer bisa merujuk ke http://perlprimer.sourceforge.net/methodology.html
Mendesain Primer untuk standard PCR dengan PerlPrimer
Untuk memulai mendesain primer untuk keperluan standard PCR, maka DNA tempalate yang akan di jadikan rujukan dalam desain bisa didapatkan langsung dari server database Ensmbl melalui PerlPrimer dengan mengklik ikon “Retrieve gene from Ensembl” atau dari menu file. Sebagai contoh, jika kita akan mencari gene pgr pada manusia, maka ketik “pgr” sebagai gene name dan pilih “Homo Sapiens” sebagai organism. Dan pastikan kita memilih “cdna” sebagai retrieval type, selanjutnya klik OK, maka setelah proses download selesai sekuens gen pgr akan tampil pada input box. Kita juga bisa secara langsung mengkopi sekuens DNA yang telah kita siapkan sebelumnya langsung di input area.
Setelah dna tempalte kita telah tersedia, maka selanjutnya menentukan strategi yang di inginkan, seperti berapa panjang primer yang akan kita desain. Untuk suhu annealing kita bisa mengatur di, begitu juga dengan GC, panjang amplikon yang dinginkan. setelah semua kondisi yang telah kita inginkan telah sesuai maka untuk mencari scara otomatis kandidat primer dengan mengklik find primer icon.
Tampilan PerlPrimer
Untuk melihat detail hasil proses pencarian kandidat primer dengan mengklik sekuen yang diinginkan.
detail kandidat oligo primer
untuk melakuan blast sequence primer yang kita inginkan dengan mengklik BLAST primer icon demikikan desain primer untuk PCR standard dengan perlPrimer.
Hasil BLAST
Selamat Mencoba,.
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
