Comments for ScienceBiotech

Comment on Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular by yepyhardi

yepyhardi — Wed, 10 Mar 2010 06:44:26 +0000

Jika kasusnya sample negatif jenis pertama, memang mungkin saja terbentuk primer dimer, tapi biasanya ukurannya sangat kecil (sekitar 100bp atau lebih kecil). Jika terbentuk pita dengan ukuran yang lebih besar, kemungkinannya adalah primer kita tidak spesifik, sehingga bisa mengamplifikasi daerah lain pada DNA. Makanya dalam kasus yang mbak alami pitanya terbentuk pada 300an bp, padahal pita positifnya 190 bp. Sebetulnya, terbentuknya pita pada sampel negatif masih bisa ditolerir asalkan ukurannya tidak sama dengan pita sample positif, yang penting pada 190 bp tidak terbentuk pita sama sekali.

Comment on Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular by Fitri Vee

Fitri Vee — Sat, 06 Mar 2010 02:22:24 +0000

terima kasih jawabannya….
untuk sampel negatif yg jenis pertama, terbentuknya pita dimungkinkan krn adanya ikatan dimer antar primer.
pada penelitian saya, hasil PCR dari sampel positif terbentuk pita pada daerah 190bp tapi yang sampel negatif terbentuk pita didaerah yang lebih besar sekitar 300an bp. yang mw saya tanyakan, knp ukuran sampel negatif lebih besar dari yg positif jika mungkin yg terbentuk itu ikatan dimer antar primer?atau ada alasan lain mengapa hasil PCR sampel negatif berukuran lebih besar drpd sampel positif? terima kasih…

Comment on Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular by Fitri Vee

Fitri Vee — Fri, 05 Mar 2010 16:28:22 +0000

terima kasih jawabannya, untuk sample negatif jenis pertama terbentuknya pita dimungkinkan karena adanya ikatan dimer antar primer. Pada penelitian saya, hasil PCR dari sample positif berbentuk pita pada daerah 190bp tapi yang sample negatif terbenyuk pita di daerah yang lebih besar sekitar 300an bp. Yang mau saya tanyakan, kenapa ukuran sample nagatif lebih besar dari yang positif jika mungkin yang terbentuk itu ikatan dimer antar primer? atau ada alasan lain mengapa hasil PCR sample negatif berukuran lebih besar daripada sample positif?

terima kasih

Comment on Mengenal PCR (Polymerase Chain Reaction) by yepyhardi

yepyhardi — Tue, 02 Mar 2010 01:38:11 +0000

Dalam dunia veteriner, banyak sekali digunakan teknik PCR, misalnya untuk mendeteksi/diagnosis suatu penyakit yang disebabkan oleh bakteri/jamur/virus. Misalnya penyakit WSSV pada udang, dengan PCR kita bisa mendeteksi keberadaan virus WSSV sejak dini, karena teknik PCR memiliki tingkat sensitifitas dan spesifisitas yang tinggi.
Selain itu banyak juga riset-riset berbasis PCR, seperti melihat pengaruh pakan ternak jenis tertentu terhadap komunitas mikrobiota pada usus hewan, sehingga akhirnya kita bisa melihat apa pengaruh pakan tersebut terhadap kesehatan hewan tersebut.
Saya kira masih banyak aplikasi PCR untuk dunia veteriner. Mudah2an bisa kami bahas di lain kesempatan.

Comment on Berbagai Larutan Buffer by yepyhardi

yepyhardi — Tue, 02 Mar 2010 01:33:39 +0000

Buffer tris digunakan karena dapat ‘memperpanjang’ umur DNA/RNA atau protein, karena dia bisa membuat strukturnya stabil dan tahan terhadap degradasi. Tapi tentu dengan syarat pH-nya sesuai. Misalnya untuk DNA digunakan pH netral (7-8), sedangkan untuk RNA biasanya agak asam (pH 5,2).

Comment on Sequence Alignment di BioEdit by yepyhardi

yepyhardi — Tue, 02 Mar 2010 01:27:29 +0000

Wah, sepertinya kalo pelatihan khusus untuk BioEdit tidak ada (saya kurang tahu), tapi di situsnya sendiri mbak bisa mendownload manualnya. Coba cek di http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html.

Comment on Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular by yepyhardi

yepyhardi — Mon, 01 Mar 2010 16:34:02 +0000

Pengertian sample negatif bisa ada beberapa, yaitu sampel DNA tertentu yang diketahui tidak mengandung fragmen/gen target primer, atau sampel reaksi PCR dimana kita tidak menambahkan DNA template sama sekali, ini dinamakan Non Template Control (NTC).
Idealnya kedua macam sampel negatif ini tidak akan menghasilkan pita DNA pada ukuran tertentu yang sesuai ukuran DNA target. Sampel negatif jenis pertama masih memungkinkan untuk terbentuknya pita DNA pada ukuran yang tidak sama dengan ukuran target, ini terjadi jika primernya tidak benar-benar spesifik. Sedangkan pada negatif jenis kedua, yaitu NTC, seharusnya tidak terbentuk pita sama sekali, karena kita tidak menambahkan DNA template, kalaupun ada paling-paling pita dari primer-dimer yang terbentuk akibat perpanjangan primer.
Jadi sebetulnya jika pada sampel negatif terbentuk pita, bisa saja diterima asalkan ukurannya tidak sama dengan ukuran target.

Comment on Mengenal PCR (Polymerase Chain Reaction) by rika

rika — Mon, 01 Mar 2010 16:25:32 +0000

pak Yepy yg terhormat,
saya mau mengetahui lebih jauh mengenai aplikasi PCR dan beberapa mengembangan metode PCR dalam dunia veteriner….. mohon penjelasannya. dan alamat (situ) lain yg dapat sy kunjungi.
Terima kasih atas tanggapannya.

Comment on Mengenal PCR (Polymerase Chain Reaction) by yepyhardi

yepyhardi — Mon, 01 Mar 2010 16:25:17 +0000

Idealnya primer itu harus spesifik jika kita ingin mengamplifikasi hanya bagian tertentu saja (mis. Gen A), tapi spesifik tidaknya itu kan hanya dugaan kita melalui bantuan software perancang primer, dengan referensi database sekuen DNA yang ada di Genebank melalui program BLAST misalnya. Kita mengatakan primer tersebut spesifik terhadap gen A dengan argumen karena kita tidak menemukan urutan basa yang tepat berpasangan dengan primer A tersebut pada database yang sudah ada. Namun tidak menutup kemungkinan ada urutan basa yang sama pada DNA yang belum terdeposit datanya di Genebank.
Dalam kasus ini, jika Gen B sudah diketahui urutan basa DNA-nya, kita bisa memperkirakan apakah primer A tersebut akan menempel ke gen B atau tidak. Jika ada urutan basa pada Gen B yang berpasangan tepat sama dengan primer A, sudah barang tentu primer A bisa menempel pada Gen B, tapi jika tidak, maka primer tersebut tidak akan menempel pada bagian manapun di gen B.
Jika primer tidak menempel, sudah barang tentu tidak akan terjadi proses pemanjangan atau polimerisasi atau pengkopian DNA, dengan kata lain proses PCR tidak terjadi. Karena syarat agar reaksi PCR terjadi, salah satunya adalah adanya primer yang menempel pada template DNA, minimal ada sebagian dari ujung 3′ primer yang menempel pada template DNA.

Comment on Mengenal Teknik DNA Sequencing by yepyhardi

yepyhardi — Mon, 01 Mar 2010 03:37:51 +0000

silakan.. moga bermanfaat.. salam kenal juga.. ^_^