Desain Primer Menggunakan PerlPrimer

Primer merupakan salah satu bagian terpenting dalam reaksi PCR, Polymerase Chain Reaction merupakan teknik perbanyakan sample DNA yang mempunyai banyak kegunaan mulai dari sekuensing hingga forensik, aplikasi PCR ini dinilai sebagai teknik biomolekuler yang sangat bermanfaat sehingga penemu PCR ini Kary Mullis dianugerahi hadiah nobel dalam bidang kimia pada tahun 1993. Untuk mengenal lebih lanjut tentang PCR bisa merujuk ke tulisan ini. Saat ini terdapat banyak aplikasi komputer yang dapat digunakan membantu dalam desain primer ini dari yang sifatnya berbayar hingga yang gratis. PerlPrimer contohnya, adalah salah satu aplikasi   yang kerap di pake dalam perancangan primer.

PerlPrimer

PerlPrimer merupakan software untuk mendesain secara mudah dan otomatis  primer untuk standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) dan sekuensing, software yang  yang dikembangkan dengan bahasa Perl dan Perl/TK untuk tampilannya sehingga bisa dijalankan di MacOSX, Linux dan Windows, saat ini versi terakhir dari PerlPrimer adalah 1.1.17. Kita bisa mendownload aplikasi ini secara bebas dan bisa merubah kode pemogramannya dikarenakan aplikasi ini berlisensi Free and OpenSource. Proses  insatalasi PerlPrimer ini tergantung sistem operasi yang kita gunakan, PerlPrimer menyediakan paket instalasi untuk sistem operasi Mac, Linux dan Windows dengan  proses intalasi yang tidak rumit, paket instalasi bisa di unduh disini.

Fitur-fitur PerlPrimer

• Menghitung kemungkinan primer dimmers yang terbentuk
• Mendownload langsung sekuen genom atau cDNA dari Ensembl
• Bisa langsung melakukan BLAST ke server NCBI atau serverl lokal
• Hasil dari desain perimer dapat di simpan, atau di eksport ke format tab-delimited sehingga bisa dibuka oleh aplikasi spreadsheet standar (OpenOffice, Microsoft Office). Informasi lebih detail mengenai PerlPrimer bisa merujuk ke http://perlprimer.sourceforge.net/methodology.html

Mendesain  Primer untuk standard PCR dengan PerlPrimer

Untuk memulai mendesain primer untuk keperluan standard PCR, maka DNA tempalate yang akan di jadikan rujukan dalam desain bisa didapatkan langsung dari server database Ensmbl melalui PerlPrimer dengan mengklik ikon “Retrieve gene from Ensembl” atau dari menu file. Sebagai contoh, jika kita akan mencari gene pgr pada manusia, maka ketik “pgr” sebagai gene name dan pilih “Homo Sapiens” sebagai organism. Dan pastikan kita memilih “cdna” sebagai retrieval type, selanjutnya klik OK, maka setelah proses download selesai sekuens gen pgr akan tampil pada input box. Kita juga bisa secara langsung mengkopi sekuens DNA yang telah kita siapkan sebelumnya langsung di input area.

Setelah dna tempalte kita telah tersedia, maka selanjutnya menentukan strategi yang di inginkan, seperti berapa panjang  primer yang akan kita desain. Untuk suhu annealing kita bisa mengatur di, begitu juga dengan GC, panjang amplikon yang dinginkan. setelah semua kondisi yang telah kita inginkan telah sesuai maka untuk mencari scara otomatis kandidat primer dengan mengklik find primer icon.

Tampilan PerlPrimer

Untuk  melihat detail hasil proses pencarian kandidat primer dengan mengklik sekuen yang diinginkan.

detail kandidat oligo primer

untuk melakuan blast sequence primer yang kita inginkan dengan mengklik BLAST primer icon  demikikan desain primer untuk PCR standard dengan perlPrimer.

Hasil BLAST

Selamat Mencoba,.

Other articles you may like:

• Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus
• Parameter Penting dalam Desain Primer
• Menguji Spesifisitas Primer
• Tanya Jawab Seputar Analisa DNA Sequencing
• 6 Faktor Penting dalam Reverse Transcriptase PCR
• Faktor Penentu Keberhasilan Analisa DNA sequencing
• Sequence Alignment di BioEdit