DNA Sudoku
image from www.fahad.com.
Sudoku (“Suuji wa dokushin ni kagiru“) yang berarti angka-angkanya harus tetap tunggal merupakan permainan teka-teki logika paralel yang unggul, sulit, rumit dan sepenuhnya membuat pemainnya ketagihan. Permainan yang mulai populer di Jepang pada tahun 1980 ini berasal dari kotak-kotak Latin yang di temukan oleh ahli matematika berkebangsaan Swiss Leonhard Euler pada abad ke 18 ini telah menyihir seluruh dunia dari anak kecil hingga orang tua. Tujuan permainan ini adalah melengkapi kisi-kisi, kolom, baris dan setiap blok dari sembilan kotak yang berisi angka-angka dari 1 sampai 9 tanpa pengulangan atau melewatkan salah satunya.
Dalam dunia bioteknologi, permainan sudoku ini telah menginspirasi para peneliti di Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) menemukan apa yang di sebut dengan “DNA Sudoku“. DNA Sudoku merupakan metode yang revolusioner dalam bidang Genome Sequencing, para peneliti di lab tersebut menggabungkan teori matematika yang telah berusia 2000 tahun dari China dan konsep dari ilmu kriptologi untuk mengembangkan DNA Sudoku. Diistilahkan seperti itu karena kesamaan konsep logika dan aturan kombinasi penempatan angka dengan permainan sudoku yang populer tersebut.
Strategi DNA Sudoku ini memungkinkan untuk menurunkan baik biaya ataupun waktu dalam proses sequencing DNA. Saat ini sudah terdapat teknik sequencing yang dikenal dengan multiplexing. Multiplexing memerlukan pengkodean dari setiap sample DNA yang jumlahnya ribuan sebelum digabung untuk disekuen secara bersamaan. Dengan mengunakan ide dari Sudoku peneliti di CSHL telah mampu mengelola kode-kode sample DNA yang beragam secara berkelanjutan dengan tidak memberi kode pada tiap sample DNA. Inti dari metode ini adalah inovasi dari strategi pooling yang ditemukan, dengan metode seperti ini proyek yang aslinya memerlukan dana 10 Juta US dolar bisa dipangkas menjadi 50.000-80.000 US dollar saja.
Metode ini baru cocok untuk analisa genotype yang memerlukan hanya potongan-potongan pendek dari genom individu yang akan disekuen untuk mengetahui apakah individu tersebut membawa varian tertentu dari satu gen atau mengetahui adanya mutasi. Metode ini masih dalam pengembangan untuk aplikasi teknologi sequencing yang revolusioner, laporan lengkap tentang “DNA Sudoku” akan dipublikasikan di jurnal Genome Research bulan Juli 2009 ini.
Sumber bacaan:
Other articles you may like:
- Faktor Penentu Keberhasilan Analisa DNA sequencing
- Tanya Jawab Seputar Analisa DNA Sequencing
- Mengenal Teknik DNA Sequencing
- Gen Penyandi Rambut Ikal
- Interpretasi Electropherogram DNA Sequencing
- Teleportasi; Metode Transportasi Masa Depan
- JoVE: Katakan dengan Video
