Comments on: Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular

By: Eka Wati

Eka Wati — Sun, 20 Jun 2010 04:00:37 +0000

Penelitian biologi molekular masa depan membutuhkan metode yang canggih, praktis, dan efisien. Dengan semakin meningkatnya kebutuhan akan analisis suatu biomaterial terhadap perkembangan ilmu hayati, pemahaman akan cara kerja alat dan analisis biomaterial dari suatu alat yang mendukung penelitian molekul hayati mengharuskan peneliti untuk menguasai teknik dan cara kerja elektroforesis….. ^_^..v

By: Restu Sandra Koheii

Restu Sandra Koheii — Mon, 17 May 2010 12:17:57 +0000

makasih yah mas yepy atas jwaban2 dan petunjuknya hihihi….makasssssssiihh buanyak.
by: restu nidia&fitri

By: yepyhardi

yepyhardi — Mon, 17 May 2010 06:59:28 +0000

Yup… ikatan yang terjadi adalah interkalasi, jadi si EtBr yang memiliki cincin phenantridine yang hidrofobik bisa menyisip ke antara double strand DNA, yang mengakibatkan terjadi perubahan bentuk 3 dimensi dari cincin EtBr dan juga struktur perputaran pada backbone DNA. Karena EtBr berada dalam lingkungan hidrofobik, maka ion Br- nya akan mengusir molekul-molekul air yang berasosiasi dengan EtBr tadi yang menyebabkan EtBr dapat berpendar ketika disinari dengan UV.
Jadi ikatannya berupa ikatan Van Der Waals, bukan ikatan kovalen, karena cukup dengan perendaman yang lebih lama EtBr bisa lepas kembali ke larutan.

By: Fitri Vee

Fitri Vee — Fri, 14 May 2010 04:52:46 +0000

halo mas yepi kami fitri dan restu..mau tanya lagi hihi
sebenernya etbr itu berikatan dgn DNA atau hanya menyisip saja sih? soalnya banyak artikel yg bilang cm nyisip aja, tapi kemrin kita nemu artikel yg menyebutkan bahwa etbr berikatan van der walls dengan DNA, krn etbr bersifat hidrofobik sama seperti basa pada DNA,itu jg alasan kenapa etbrnya berinterkalasi di bag dlam DNA (basanya) bukan diluar. jadi yg bener tuh yg mana yah hehe…ditanyain nih sma Dosen pembimbing hihi.
terima kasih sebelumnya =}

By: Fitri Vee

Fitri Vee — Sun, 09 May 2010 11:25:53 +0000

terima kasih bgt jawabannya….
mmg sciencebiotech top bgt deh..jd susah pindah ke lain hati…eh..web lain….haha……

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 05 May 2010 14:39:29 +0000

Sepertinya banyak faktor sih.. orang sudah lama menggunakan EtBr, jadi mungkin sebagian orang sulit pindah ke lain hati..eh..staining solution.
Selain itu mudah digunakan, dan termasuk cukup efektif menyisip dan berikatan dengan double strand DNA sehingga visualisasinya tergolong baik. Dan alasan lainnya yaitu…relatif murah

By: Fitri Vee

Fitri Vee — Wed, 05 May 2010 10:23:59 +0000

terima kasih jawabannya….

hehe…iya,,mslh tbl periodik sempet ada yg nanya juga jd bngung jwbnya…:)

EtBr,,diliat dr bahayanya….zat ini sangat berbahaya sekali,sangat mutagenik..tp knp msh bnyak dipakai ya?apa kelebihan2 dr EtBr dibanding zat yg lain spt dye-dye itu?

By: yepyhardi

yepyhardi — Tue, 04 May 2010 22:50:33 +0000

Halo Fitri,
Sebetulnya banyak alternatif bahan kimia yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan pita2 DNA hasil elektroforesis. Misalnya dye-dye berbasis SYBR atau cyanine yang banyak dijual secara komersial. Dasar pemilihan bahan untuk staining ini adalah tingkat kemampuannya berikatan dengan DNA/RNA, kemudahan penggunaannya, harga dan yang tak kalah penting adalah tingkat bahayanya. Seperti kita tahu EtBr bersifat mutagen, sehingga kini banyak ditawarkan alternatif lain yang lebih tidak berbahaya (bukan berarti tidak berbahaya sama sekali lho, jadi perlu penanganan yang sesuai prosedur).
Wah..hafal banget nih tabel periodiknya? Hmm…saya belum pernah denger sih kalau varian ethidium lain selain Br digunakan sebagai bahan dalam pewarnaan (staining) DNA/RNA, paling yang ada Propidium Iodide. Mungkin ini berkaitan dengan ukuran molekul Br- yang pas dengan struktur 3D-nya si Ethidium.

By: Fitri Vee

Fitri Vee — Mon, 03 May 2010 12:12:08 +0000

hallo mas yepy…
artikel2 yg ada di sciencebiotech ini benar2 membantu…..

ada yg mw saya tanyakan…
apa dalam proses elektroforesis itu deteksi pita2 DNAnya hanya bisa dengan EtBr?atau ada zat lain yang dapat digunakan?

jika melihat dalam tabel periodik,,Br terletak 1 golongan dg F, Cl, dan I…apakah ion2 itu bisa menggantikan Br dlm berikatan dg Etidium (misalnya EtF, EtCl, atau EtI)?

terimakasih…
jawabannya sangat ditunggu…..:)

By: yepyhardi

yepyhardi — Sun, 02 May 2010 15:10:48 +0000

Halo Yudha, thanks atas pertanyaannya…
Teori-teori mengenai elektroforesis bisa diperoleh dari berbagai sumber baik dari buku-buku maupun situs-situs internet. Pada intinya elektroforesis adalah proses untuk memisahkan campuran senyawa berdasarkan perbedaan mobilitasnya di dalam medan listrik. Biasanya senyawa yang akan dipisahkan ditempatkan pada sebuah media (fasa diam) seperti kertas atau gel yang dibasahi/direndam dalam suatu larutan buffer yang diberi muatan listrik.
Senyawa yang dapat dipisahkan melalui elektroforesis adalah senyawa yang bermuatan listrik, jika senyawa tersebut bermuatan listrik negatif (misal DNA/RNA) maka ia akan bergerak dari kutub/sisi yang diberi muatan listrik negatif ke kutub/sisi positif, begitu pula sebaliknya jika senyawa tersebut bermuatan listrik positif.
Kecepatan pergerakan senyawa di dalam medan listrik tersebut bergantung dari besarnya rasio muatan listrik senyawa tersebut terhadap massanya, dalam contoh DNA/RNA, maka DNA/RNA yang berukuran lebih kecil akan bergerak lebih cepat dibanding DNA/RNA yang ukurannya lebih besar, sehingga pada akhir proses elektroforesis, campuran DNA/RNA dengan berbagai ukuran tadi akan terpisah-pisah.
Alat dan bahan yang diperlukan untuk elektroforesis adalah (saya ambil contoh elektroforesis gel untuk memisahkan DNA/RNA):

Power supply
Tangki elektroforesis
Gel (biasanya gel agarose atau akrilamida)
Larutan Buffer (misalnya Tris-Acetil-EDTA atau TAE buffer, Tris-Boric Acid-EDTA atau TBE buffer)

Selain itu diperlukan pula larutan pewarna atau staining solution seperti Ethidium bromida untuk memvisualisasikan pita DNA/RNA hasil pemisahan.

Demikian mas Yhuda, semoga bisa membantu.