Saya coba iseng-iseng nge-BLAST gen HA dan NA salah satu virus Influenza A H1N1 yang menyerang di Texas, yaitu Influenza A virus (A/Kansas/03/2009(H1N1)) dengan kode genbank gi|237769872|gb|GQ168643.1|, hasilnya cukup menarik. Saya menggunakan NCBI Nucleotide BLAST yang dibatasi pada organisme Influeza A Virus (taxid:11320).

Kalau saya perhatikan, sekuen gen HA dan NA virus Influenza A H1N1 yang sekarang menyebar ini punya karakteristik seperti ini:

• Kemiripan diantara sesama virus yang menyerang manusia dan menyebabkan pandemi (level 5 versi WHO) saat ini sangat tinggi (identitas >99%), bahkan antara virus yang menyerang orang meksiko, amrik, new zealand, dan eropa.
• Gen HA yang sedang mewabah ini malah lebih mirip dengan gen HA dari virus flu yang menyerang babi di Amerika dan Asia dibanding dengan virus flu musiman yang menyerang manusia.
• Sementara itu gen NA lebih mirip dengan gen NA dari virus flu yang menyerang babi di Eropa (sekitar 92-95% identity) dan Asia (sekitar 87-92% identity)

Saya juga coba-coba bikin Phylogenetic Tree untuk membandingkan gen HA antara virus flu yang sedang mewabah saat ini (2009) dengan flu musiman dan flu babi (swine flu) yang menyerang di tahun 2000-2008. Hasilnya juga menunjukkan bahwa gen HA virus flu 2009 ini lebih mirip dengan virus flu yang menyerang babi ketimbang virus flu musiman yang menyerang manusia.

Berikut ini gambar phylogenetic treenya. Sekuen gen HA diambil dari GenBank dengan panjang 1770bp, dialignment menggunakan ClustalW EBI, jenis treenya adalah Neighbor Joining (NJ) yang ditampilkan menggunakan TreeView.

Oh ya, analisa di atas memang nggak bener-bener ilmiah, hanya pengamatan sekilas saja, tapi memang hasilnya menarik, menunjukkan adanya mutasi silang yang melibatkan virus influenza yang menyerang lintas spesies.

Btw, situsnya terlihat sangat menjanjikan nih . Sejak kapan mulai online? Keep up the good work!

kunjungi juga artikel tentang flu babi di blog saya

trimkasih