Comments on: Membuat Pohon Filogenetik

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 09 May 2012 04:21:46 +0000

Dear Mbak Sekar, Sorry baru reply..
Terima kasih sudah menjadi ‘pemirsa’ setia kami.
Mengenai angka pada setiap garis, mungkin bisa dijelaskan lagi yang seperti apa ya mbak? Kalau yang ada di setiap percabangan garis, itu biasanya adalah nilai Bootstrap, atau nilai persentase bahwa struktur pohon seperti itu yang muncul dari sekian kali percobaan (biasanya 100 kali) sewaktu software tersebut membuat pohon phylogenetic.
Demikian Mbak, jika ada pertanyaan lagi silakan disampaikan kembali.

By: sekar

sekar — Wed, 28 Mar 2012 05:20:33 +0000

saya senang dengan adanya website ttg bioteknologi ini karena lengkap dan menggunakan bahasa Indonesia yang mudah dipahami
saya mau tanya mas, kan selain angka 0,1 atau 0,05 yang menunjukkan subtitusi basa ada angka2 lain yang ada di setiap garis pada pohon filogenetik, contohnya pada felogram dari program NJ-Plot
bagaimana cara membaca angka2 tersebut? dan bagaimana cara menghitung atau menentukan keserupaan urutan basa hasil dari alignment dan dari program NJ-Plot tersebut?
terimakasih sebelumnya, dan mohon agar website ini tidak “mati” )

By: yepyhardi

yepyhardi — Tue, 07 Feb 2012 00:21:14 +0000

Pohon filogenetik dapat dibuat dengan membandingkan sifat-sifat atau karakteristik organisme2 yg ingin kita bandingkan. Misalnya dengan membandingkan sekuen DNA gen 16S bakteri, atau membandingkan pola pita2 pemotongan pada analisis RFLP, dll. Utk membuat pohon filogenetik bisa dengan bantuan beberapa software seperti MEGA, Treecon dll. Tujuannya adalah untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies atau organisme2 yg kita bandingkan. Prinsipnya adalah dengan melihat seberapa jauh jarak evolusi antara mereka.
Demikian mbak Novi, semoga cukup jelas..:-)

By: novi apriliani

novi apriliani — Thu, 02 Feb 2012 13:36:17 +0000

bagaimana penyusun pohon filogenetik dan apa tujuannya???

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 24 Aug 2011 03:55:01 +0000

Makasih mbak sudah berkunjung. Insya Allah akan kita usahakan untuk membahas materi yang mbak tanyakan.

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 24 Aug 2011 03:52:01 +0000

Treeview memang fungsinya mem-view file-file phylogram atau phylogenetic tree. File phylogram sendiri ada beberapa format, seperti *.dnd, phylip, dll yang sebetulnya berupa teks-teks dengan keterangan jarak evolusinya. Treeview berfungsi memvisualisaikan file2 tsb sehingga lebih mudah dimengerti oleh manusia. Untuk mensave hasil, bisa dengan “Save As” tapi itupun hanya mengubah format file aslinya, hasil editannya sendiri tidak bisa disave. Agar hasil editan bisa di-save, satu-satunya cara adalah dengan men-”Save As Graphic” pada menu file, hasilnya adalah file gambar yang sayangnya memang tidak bisa diedit lagi.

By: Sri Listiyowati

Sri Listiyowati — Fri, 12 Aug 2011 04:27:47 +0000

maaf numpang tanya, bagaimana cara menyimpan hasil editan phylogram pada treeview. Pada editor treeview tidak tampak menu save, shg tdk tahu cara menyimpan phylogram hasil editing pada editor treeview tsb. Trims bantuannya

By: icha

icha — Tue, 26 Jul 2011 08:45:38 +0000

alhamdulillah bisa baca panduan ini, penelitian saya menggunakan pohon filogenetik dan terkadang saya masi bingung untuk menginterpretasikan hasilnya dan masi bingung dengan NJ, MP dan UPGMA. Sejauh ini saya belum mendapatkan referensi yang pas bagi pemula untuk membaca pohon filogenetik. Mohon bantuannya. Terima kasih

By: Tira

Tira — Mon, 20 Jun 2011 10:47:33 +0000

Number of sequencesnya sudah benar, tapi file out put-nya tidak bisa diunduh. Alignment file tersebut jika di-klik kiri akan masuk ke tab baru dan menampilkan hasil alignment. Saya coba dengan klik kanan-save, tapi file yang tersimpan di harddisk tidak bisa dibaca oleh bioedit, padahal extensionnya (*.aln) sudah benar. Saya juga sudah mencoba melanjutkan tahapan berikutnya dengan meng-copy paste hasil alignment, tapi file PHYLIP-nya juga tidak bisa dibuka dengan TreeView X.

By: yepyhardi

yepyhardi — Mon, 13 Jun 2011 11:56:53 +0000

Tidak bisanya kenapa ya? Apa tidak ada link-nya atau bgaimana?
Coba lihat lagi di tabel hasil, di paling atas ada baris Number of Sequences, pastikan angkanya bukan 0. Sebab bila seperti itu, kemungkinan ada nama sequen yang sama, ini bisa menyebabkan error.