Comments on: Mengenal PCR (Polymerase Chain Reaction)

By: yepyhardi

yepyhardi — Mon, 23 Jan 2012 13:47:44 +0000

Thanks mas arifin, moga sukses ujiannya

By: yepyhardi

yepyhardi — Mon, 23 Jan 2012 13:47:13 +0000

Makasih jg mas sdh berkunjung.. Qt saling berbagi info bermanfaat

By: arifin

arifin — Thu, 05 Jan 2012 23:03:06 +0000

trimkasih banget materinya, lumayan bwt belajar ujian, mudah dipahami…^_^

By: MURSAL

MURSAL — Wed, 04 Jan 2012 05:37:11 +0000

TERIMA KASIH BANYAK ATAS INFORMASI TENTANG POLYMERASE CHAIN REACTION-NYA….

BUAT PEMBACA SEKALIAN, KUNJUNGI BLOG SAYA TENTANG INFO, TIPS, CARA DAN KIAT TENTANG BERBAGAI HAL.

By: myrna

myrna — Mon, 21 Nov 2011 06:06:49 +0000

ya..makasi mas yepy,,,nanti2 sy tanya2 lagi kalo ada pertanyaan yg lebih jelas n terarah yaaa
Sy harus mengidentifikasi bakteri dgn 16S RNA..
tks mas yepy..

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 09 Nov 2011 23:16:22 +0000

Halo mbak myrna, tenang aja mbak, gk ada yg namanya pertanyaan ‘oon’ hehe…
Kalau menurut saya bisa dimulai dgn mempelajari teori2 PCR, enzim restriksi endonuclease, keragaman genetik dan TRFLP itu sendiri. Khusus untuk TRFLP, database dan software2 yg berhubungan bisa diakses di website ‘Ribosomal Database Project (RDP)’, http://rdp.cme.msu.edu, atau MICA di http://mica.ibest.uidaho.edu/trflp.php
Semoga bisa membantu, jgn sungkan2 utk berdiskusi di sini

By: myrna

myrna — Wed, 02 Nov 2011 02:30:32 +0000

mas yepy yg baik,..:)
sy nih kecemplung ke lab biomolekuler n tiba2 kudu mengerti soal PCR, T-RFLP dll…
background sy ga ke arah sana,,lebih ke arah klinis..
udah mulai coba belajar,,,tp kepentok terus krn byk ga ngertinya,,hehehe,,,jd bingung kudu mulai dr mana ya??
jd biar bisa ngerti soal PCR n TFLP ini sebaiknya aku start dr mana biar rada nyambung??:D
maap ya buat pertanyaan “oon” inii….
hihihi (jd maluuu)

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 24 Aug 2011 00:49:34 +0000

Yth. Mbak Niken, Maaf br reply,
1. Smear bs disebabkan bbrp hal, yang terutama adalah pengotor berupa protein, biasanya akibat template genom DNA utk PCR yang masih kotor dan terlalu banyak ditambahkan. Utk itu jangan menambahkan template terlalu banyak Dan bila perlu bisa diencerkan dulu sebelum digunakan sebagai template PCR. selain itu smear jg bisa disebabkan banyaknya produk unspecific sehingga terlihat smear, kalau yg ini bisa diatasi dengan optimasi suhu dan siklus PCR atau merancang primer baru jika optimasi gagal.
2. Kalau smearnya akibat protein mungkin bisa digunakan lg dan terbentuk singel product. Tapi kalau smear krn banyak produknya yg tdk spesifik maka cara ini tdk bs dilakukan krn akan terbentuk produk yg smear lagi.
3. Caranya dengan mengukur absorbansinya pada pjg gelombang 260, 280 dan 230 nm menggunakan spectro atau nanodrop. Lalu dilihat konsentrasi dan tingkat kemurniannya. Selain itu bisa jg dgn me-run pada elektroforesis gel dan diamati ada tidaknya band DNA dan pengotor2nya.

By: niken frederika

niken frederika — Wed, 03 Aug 2011 04:24:39 +0000

Yth. mas Yeppy
Saya sering mengalami kendala ketika bekerja dengan PCR. Mohon penjelasannya
1.apa penyebab smear mas? bagaimana mengatasinya?
2. apakah ekstrak DNA yang kita amplifikasi dan menghasilkan smear masih bisa digunakan lagi untuk amplifikasi dengan harapan single band terbentuk?
3. bagaimana caranya kita tahu kualitas DNA yang dihasilkan baik dan layak untuk diamplifikasi?
Thanks mas Yeppy

By: yepyhardi

yepyhardi — Thu, 18 Nov 2010 15:35:57 +0000

Secara umum langkah-langkah elektroforesis DNA hasil PCR adalah sebagai berikut:

Membuat gel, biasanya gel agarose dengan konsentrasi sesuai dengan panjang produk PCR (misal 0.7%, 1%, 1.5% atau 2%) pada cetakan khusus
Gel ditempatkan di dalam tanki elektroforesis yang berisi buffer (mis. TAE = Tris-Acetate-EDTA)
Memasukkan produk PCR pada well (sumur) gel. Larutan produk PCR sebelumnya dicampur dengan Loading Dye agar dapat masuk ke dalam well (sumur). Jangan lupa menyertakan DNA Size Marker/Ladder
Jalankan elektroforesis dengan memberi tegangan listrik, biasanya sebesar 60 – 100 Volt selama kira-kira 30-60 menit. Ini bergantung pada ketebalan gel, ukuran PCR produk
Setelah selesai, gel direndam dalam zat pewarna DNA, misalnya Ethidium bromida agar DNA dapat divisualisasikan
Visualisasikan DNA yang sudah dipisahkan dengan elektroforesis di bawah sinar UV
Gambar hasil visualisasi diabadikan dengan kamera digital untuk selanjutnya dianalisa

Artikel tentang elektroforesis dapat dibaca di Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular