Comments on: Mengenal Teknik DNA Sequencing

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 09 May 2012 04:18:29 +0000

wass.wr.wb. Halo mas Adam, berikut yang bisa saya bantu jelaskan:
1. Bentuk Helix timbul sebagai konsekuensi struktur molekul DNA yang berupa rantai panjang nukleotida. Nukleotida memiliki basa (adenin [A], guanin [G], cytosin [C] dan thymin [T]) yang masing-masing dapat membentuk ikatan hidrogen dengan pasangannya. Itulah mengapa A selalu berpasangan dengan T dan G dengan C karena A dan T dapat membentuk 2 ikatan hidrogen sedangkan G dan C 3 ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen terjadi antar strand, sehingga akibatnya akan terbentuk struktur seperti spiral yang disebut Helix. Struktur ini menyebabkan DNA menjadi compact dan muat di dalam sel. Bayangkan jika DNA manusia tidak membentuk helix, maka ia akan seperti benang halus dengan panjang sekitar 2 m.
2. DNA adalah molekul yang disebut genetic material karena ia membawa sandi-sandi yang diperlukan dalam proses kehidupan, terutama untuk memproduksi protein/enzim yang sangat diperlukan dalam proses kehidupan setiap makhluk hidup.
3. 5′ dan 3′ adalah posisi atom C pada deoxyribose-nya. Pada atom C nomor 5 terikat gugus phosphate, sedangkan pada atom C nomor 3 terikat gugus Hidroksida (OH). Gugus OH akan berikatan dengan gugus PO4 membentuk ikatan phosphodiester yang merupakan pengikat antara nukleotida penyusun DNA. Untuk memudahkan dan menyamakan penulisan urutan basa DNA, maka selalu dimulai dengan nukleotida yang memiliki gugus PO4 bebas (ujung 5′) ke yang memiliki gugus OH bebas (ujung 3′)
4. DNA dan RNA berbeda pada gula-nya, DNA = deoxyribose dan RNA = ribose. Lalu ada 1 basa yang berbeda, yaitu pada RNA tidak ada Thymine tetapi diganti oleh Uracyl.
5. DNA akan mengalami proses transkripsi untuk menghasilkan mRNA yang selanjutnya ditranslasi menghasilkan protein.

Demikian semoga jawaban saya bisa membantu.

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 09 May 2012 04:00:01 +0000

Halo Nedi, maaf neh baru sempat reply…
Sebelumnya terima kasih sudah berkunjung ke website kami.
Suatu produk PCR pada prinsipnya bisa langsung disequencing asalkan kualitasnya bagus, yaitu single band dan spesifik. Namun jika terdapat lebih dari 1 band (terdapat unspecific product), maka produk PCR yang ingin kita sekuen harus diklon terlebih dahulu, karena jika tidak maka peak sekuen yang dihasilkan akan bertumpuk-tumpuk dan akan sangat sulit diinterpretasikan.
Dengan kloning, maka sequencing dapat dilakukan menggunakan primer dari vektor (misalnya M13 pada pGEMT-easy atau pTOPO, dll), dan hasilnya akan lebih bagus.
Demikian semoga membantu.

By: Moh Adam

Moh Adam — Wed, 21 Mar 2012 04:29:12 +0000

ass.
terima kasih sebelum dan sesudahnya pak….
sebelumnya saya hanya mendengar proses-proses yang terjadi pada DNA, tetapi setelah membaca pengenalan pda DNA beserta proses yang terjadi pada DNA dengan ekspresi yang ada pada DNA, saya memiliki banyak inspirasi dan pemikiran baru untuk pengembangan perikanan berbasis DNA, sungguh luar biasa ilmu yang diberikan. semoga barokah dan bisa dimanfaatkan untuk kemajuan teknologi.
ada beberapa pertanyaan yang muncul…??/
1. kenapa DNA dalam bentuk Helix dan Strain…????
2. kapan DNA dikatakan genetic material dan molecul…????
3. kenapa harus ada 5′ dan 3′ pada basa nitrogennya….???? maksudnya apa pak….
4. apa beda DNA dan RNA…????
5. proses apa yang terjadi ketikan DNA mengalami proses ekspresi gen…???

maaf…
terima kasih untuk semua materinya…
tolong dipaparkan penjelasan tentang pertanyaan yang muncul…..

By: nedi

nedi — Wed, 15 Feb 2012 15:00:46 +0000

Halo…
Terima kasih atas adanya web ini. saya sangat terbantu untuk memahami berbagai pengetahuan dasar di bidang biologi molekuler.

Saya membaca beberapa metode tentang sequensing. Ada yg menggunakan PCR product langsung untuk di sekquen. Ada pula yang mengklon PCR product tersebut sebelum di sequen.

Pertanyaan saya, mengapa PCR product tersebut harus diklon terlebih dahulu?

Apa kelebihan dan kekurangan dari kedua metode tersebut?

Adakah artikel pada web ini yang dapat menjelaskan tentang kloning sebelum sequensing?

Terima kasih atas tanggapannya…

By: yepyhardi

yepyhardi — Mon, 15 Nov 2010 16:13:56 +0000

Wa’alaikumussalam wr.wb.
Halo Ika, sorry banget baru sempet reply. Untuk menganalisa hasil sequencing dan mengetahui homologinya dengan apa, bisa menggunakan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yang bisa diakses di website NCBI yaitu di http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Untuk tahap awal, jika sekuen kita adalah DNA, berikut ini langkah-langkahnya:

klik link “nucleotide BLAST” (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome)
Masukkan sekuen pada kotak yang tersedia
Pilih database “Others (nr, etc)”
Parameter lainnya bisa dibiarkan secara default
Klik tombol “BLAST” dan ikuti petunjuk selanjutnya, tunggu hingga halaman hasil BLAST selesai di-load

Untuk lebih detailnya, Insya Allah kita akan bahas secara khusus. Selamat mencoba..

By: ika

ika — Fri, 01 Oct 2010 08:20:37 +0000

askum bang, webnya keren banget dan sangat membantu sekali
mau nanya nih gimana caranya nganalisa hasil sequencing dan menghomologikan dengan referensi dari GeneBank sampai didapatkan hasil sample saya ini sesuai dengan strain virus yang mana.
di lab saya pake software GENETIX untuk analisis. tapi sampai sekarang bingung sekali apa yang mesti saya lakukan dulu.
semoga abang bisa membantu. terima kasih sebelumnya

By: yepyhardi

yepyhardi — Sun, 11 Jul 2010 03:46:11 +0000

Halo Hadyan,

Gen adalah bagian dari DNA yang menyandikan protein. Seperti telah sy singgung sebelumnya, tidak semua DNA menyandikan protein, ada bagian-bagian tertentu yang sampai saat ini belum diketahui fungsinya dengan jelas, sering disebut sebagai “Junk DNA”. (Walaupun saya nggak sreg dengan istilah ini karena saya yakin setiap yang diciptakan Allah pasti ada gunanya, termasuk “Junk DNA” Ini). Kalau di GenBank, jika pada sekuen itu disebutkan dia menyandikan protein tertentu, maka ia adalah gen. Misalnya seperti item GenBank berikut ini:

====================================

Hepatitis E virus isolate HEV-7203176-Mrs capsid protein gene, partial cds
GenBank: GQ240310.1
FeaturesSequence
LOCUS GQ240310 345 bp RNA linear VRL 30-JUN-2010
DEFINITION Hepatitis E virus isolate HEV-7203176-Mrs capsid protein gene,
partial cds.
ACCESSION GQ240310
VERSION GQ240310.1 GI:291575266
KEYWORDS .
SOURCE Hepatitis E virus
ORGANISM Hepatitis E virus
Viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Hepeviridae;
Hepevirus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 345)
AUTHORS Kaba,M., Richet,H., Ravaux,I., Moreau,J., Brouqui,P. and Colson,P.
TITLE Evidence of chronic hepatitis E in HIV patients
JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2 (bases 1 to 345)
AUTHORS Kaba,M., Richet,H., Ravaux,I., Moreau,J., Brouqui,P. and Colson,P.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (03-JUN-2009) Pole des Maladies Infectieuses et
Tropicales Clinique et Biologique, Federation Hospitaliere de
Microbiologie Clinique, Centre Hospitalier Universitaire Timone,
264 Rue Saint-Pierre, Marseille 13385, France
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..345
/organism=”Hepatitis E virus”
/mol_type=”genomic RNA”
/isolate=”HEV-7203176-Mrs”
/isolation_source=”serum”
/host=”Homo sapiens”
/db_xref=”taxon:12461″
/country=”France”
/collection_date=”Apr-2007″
/note=”genotype: 3f”
CDS 345
/note=”ORF2″
/codon_start=2
/product=”capsid protein”
/protein_id=”ADE10199.1″
/db_xref=”GI:291575267″
/translation=”VMLCIHGSPVNSYTNTPYTGALGLLDFALELEFRNLTPGNTNTR
VSRYTSTARHRLRRGADGTAELTTTAATRFMKDLHFTGTNGVGEVGRGIALTLFNLAD
TLLGGLPTELISS”
ORIGIN
1 tgttatgctt tgcatacatg gctcccctgt taattcctat accaacacgc cctatactgg
61 ggcattgggg ctcctcgact ttgcactcga gcttgaattt agaaatttga cccctgggaa
121 cactaacacc cgtgtgtccc gatatactag tacagcccgg caccgtttgc gtcgcggtgc
181 cgatgggaca gccgagctta caactactgc agccacacgt tttatgaagg acttgcattt
241 tactgggaca aatggtgttg gcgaggtggg ccgtggtata gccttaacgc tatttaatct
301 tgctgataca cttctcggcg ggctgccgac agaattgatt tcgtc
//

==========================================

Pada contoh di atas, disebutkan bahwa sekuen tersebut adalah sekuen virus yang menyandikan Capsid Protein, dan ada bagian FEATURE yang disebut CDS atau Coding Sequence, berarti itu adalah bagian dari DNA yang menyandikan protein dan oleh karena itu disebut GEN.

Untuk mendapatkan data DNA sequence gen virus, kita tinggal memasukkan kata kunci yang kita inginkan pada kotak pencarian. Insya Allah kita akan bahas topik ini dalam suatu tulisan khusus.

Begitu Mas Hadyan, semoga bisa membantu.

By: Hadyan

Hadyan — Wed, 07 Jul 2010 11:33:07 +0000

wah jelas sekali nih jawabannya.. terimakasih banyak ya kak..

nah dari jawaban tadi muncul satu pertanyaan lagi.. di jawaban kakak di sebut “Jika DNA yang kita bandingkan adalah gen”. nah pertanyaannya memang DNA sequence itu ada berapa macam?? lalu bagaimana cara membedakannya?? lalu untuk mendapatkan data dna sequence untuk gen virus di NCBI itu bagaimana caranya??
karena saya masih belum ngerti nih file dna sequence yang saya download ini tipe nya gen atau apa, karena saya tidak bisa membedakannya.

maaf ya kak ngerepotin terus. hehe.. mohon bantuannya lagi

By: yepyhardi

yepyhardi — Mon, 28 Jun 2010 15:10:09 +0000

Halo mas Hadyan…

Seperti kita tahu, DNA pada makhluk hidup dan virus merupakan sandi genetik yang menjadi cetak biru fungsi sel-selnya. Bagian DNA yang menyandikan protein disebut gen dan ada bagian lain yang memiliki fungsi lain seperti promoter, regulator dan bahkan ada yang disebut junk DNA karena diduga tidak ada fungsinya (meskipun bisa jadi justru kitalah yang belum tahu apa fungsinya).
Kemiripan sekuen DNA antar makhluk hidup bisa menunjukkan tingkat kemiripan mereka. Misalnya sekuen DNA antara bakteri dalam satu genus akan lebih mirip ketimbang dengan bakteri dari genus yang berbeda.
Jika DNA yang kita bandingkan adalah gen, maka tingkat kemiripan mereka bisa menunjukkan kemiripan fungsi gen tersebut, dengan kata lain semakin mirip sekuen gen tersebut maka protein yang disandikannya pun akan semakin mirip dan memiliki fungsi yang mirip juga.
Hubungannya dengan virus A dan B tadi, jika yang dibandingkan tadi adalah gen penyandi protein pada virus, maka bisa jadi berkorelasi dengan treatment atau pengobatan atas serangan virus tadi. Jadi saya kira data mining ini dapat membantu menduga atau mencari cara menangkal serangan virus berdasarkan sekuen DNA/RNA dari gen pada virus. Namun tentu saja untuk membuktikannya perlu dilakukan pengujian secara in vitro di laboratorium.

By: Hadyan

Hadyan — Sun, 27 Jun 2010 04:03:06 +0000

wah blog nya mantap banget nih buat orang awam seperti saya.

begini mas saya ada sedikit pertanyaan.

saya dapet tugas kuliah data mining, dapet topik nya tentang DNA Sequence. Jadi maaf ya kalau pertanyaan saya ini agak bodoh. maklum saya dari jurusan Teknik Informatika jadi buta banget sama yang ky ginian.

pertanyaannya: misal ada 2 buah virus ( A dan B ) yang memiliki Sekuen DNA yang hampir mirip, misal setelah di BLAST di NCBI dapet skor 80%.

dari kedua virus A dan B itu apakah ada kesamaan melihat dari sekuen DNA nya yang mirip? misal, perawatannya sama, atau obat2annya sama, atau setidaknya adakah pengaruh yang signifikan atas kemiripan Sekuen DNA tersebut?

mohon bantuannya ya pak, thanks banget.