klik link “nucleotide BLAST” (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome)
Masukkan sekuen pada kotak yang tersedia
Pilih database “Others (nr, etc)”
Parameter lainnya bisa dibiarkan secara default
Klik tombol “BLAST” dan ikuti petunjuk selanjutnya, tunggu hingga halaman hasil BLAST selesai di-load

Untuk lebih detailnya, Insya Allah kita akan bahas secara khusus. Selamat mencoba..

Gen adalah bagian dari DNA yang menyandikan protein. Seperti telah sy singgung sebelumnya, tidak semua DNA menyandikan protein, ada bagian-bagian tertentu yang sampai saat ini belum diketahui fungsinya dengan jelas, sering disebut sebagai “Junk DNA”. (Walaupun saya nggak sreg dengan istilah ini karena saya yakin setiap yang diciptakan Allah pasti ada gunanya, termasuk “Junk DNA” Ini). Kalau di GenBank, jika pada sekuen itu disebutkan dia menyandikan protein tertentu, maka ia adalah gen. Misalnya seperti item GenBank berikut ini:

====================================

Hepatitis E virus isolate HEV-7203176-Mrs capsid protein gene, partial cds
GenBank: GQ240310.1
FeaturesSequence
LOCUS GQ240310 345 bp RNA linear VRL 30-JUN-2010
DEFINITION Hepatitis E virus isolate HEV-7203176-Mrs capsid protein gene,
partial cds.
ACCESSION GQ240310
VERSION GQ240310.1 GI:291575266
KEYWORDS .
SOURCE Hepatitis E virus
ORGANISM Hepatitis E virus
Viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Hepeviridae;
Hepevirus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 345)
AUTHORS Kaba,M., Richet,H., Ravaux,I., Moreau,J., Brouqui,P. and Colson,P.
TITLE Evidence of chronic hepatitis E in HIV patients
JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2 (bases 1 to 345)
AUTHORS Kaba,M., Richet,H., Ravaux,I., Moreau,J., Brouqui,P. and Colson,P.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (03-JUN-2009) Pole des Maladies Infectieuses et
Tropicales Clinique et Biologique, Federation Hospitaliere de
Microbiologie Clinique, Centre Hospitalier Universitaire Timone,
264 Rue Saint-Pierre, Marseille 13385, France
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..345
/organism=”Hepatitis E virus”
/mol_type=”genomic RNA”
/isolate=”HEV-7203176-Mrs”
/isolation_source=”serum”
/host=”Homo sapiens”
/db_xref=”taxon:12461″
/country=”France”
/collection_date=”Apr-2007″
/note=”genotype: 3f”
CDS 345
/note=”ORF2″
/codon_start=2
/product=”capsid protein”
/protein_id=”ADE10199.1″
/db_xref=”GI:291575267″
/translation=”VMLCIHGSPVNSYTNTPYTGALGLLDFALELEFRNLTPGNTNTR
VSRYTSTARHRLRRGADGTAELTTTAATRFMKDLHFTGTNGVGEVGRGIALTLFNLAD
TLLGGLPTELISS”
ORIGIN
1 tgttatgctt tgcatacatg gctcccctgt taattcctat accaacacgc cctatactgg
61 ggcattgggg ctcctcgact ttgcactcga gcttgaattt agaaatttga cccctgggaa
121 cactaacacc cgtgtgtccc gatatactag tacagcccgg caccgtttgc gtcgcggtgc
181 cgatgggaca gccgagctta caactactgc agccacacgt tttatgaagg acttgcattt
241 tactgggaca aatggtgttg gcgaggtggg ccgtggtata gccttaacgc tatttaatct
301 tgctgataca cttctcggcg ggctgccgac agaattgatt tcgtc
//

==========================================

Pada contoh di atas, disebutkan bahwa sekuen tersebut adalah sekuen virus yang menyandikan Capsid Protein, dan ada bagian FEATURE yang disebut CDS atau Coding Sequence, berarti itu adalah bagian dari DNA yang menyandikan protein dan oleh karena itu disebut GEN.

Untuk mendapatkan data DNA sequence gen virus, kita tinggal memasukkan kata kunci yang kita inginkan pada kotak pencarian. Insya Allah kita akan bahas topik ini dalam suatu tulisan khusus.

Begitu Mas Hadyan, semoga bisa membantu.

nah dari jawaban tadi muncul satu pertanyaan lagi.. di jawaban kakak di sebut “Jika DNA yang kita bandingkan adalah gen”. nah pertanyaannya memang DNA sequence itu ada berapa macam?? lalu bagaimana cara membedakannya?? lalu untuk mendapatkan data dna sequence untuk gen virus di NCBI itu bagaimana caranya??
karena saya masih belum ngerti nih file dna sequence yang saya download ini tipe nya gen atau apa, karena saya tidak bisa membedakannya.

maaf ya kak ngerepotin terus. hehe.. mohon bantuannya lagi

Seperti kita tahu, DNA pada makhluk hidup dan virus merupakan sandi genetik yang menjadi cetak biru fungsi sel-selnya. Bagian DNA yang menyandikan protein disebut gen dan ada bagian lain yang memiliki fungsi lain seperti promoter, regulator dan bahkan ada yang disebut junk DNA karena diduga tidak ada fungsinya (meskipun bisa jadi justru kitalah yang belum tahu apa fungsinya).
Kemiripan sekuen DNA antar makhluk hidup bisa menunjukkan tingkat kemiripan mereka. Misalnya sekuen DNA antara bakteri dalam satu genus akan lebih mirip ketimbang dengan bakteri dari genus yang berbeda.
Jika DNA yang kita bandingkan adalah gen, maka tingkat kemiripan mereka bisa menunjukkan kemiripan fungsi gen tersebut, dengan kata lain semakin mirip sekuen gen tersebut maka protein yang disandikannya pun akan semakin mirip dan memiliki fungsi yang mirip juga.
Hubungannya dengan virus A dan B tadi, jika yang dibandingkan tadi adalah gen penyandi protein pada virus, maka bisa jadi berkorelasi dengan treatment atau pengobatan atas serangan virus tadi. Jadi saya kira data mining ini dapat membantu menduga atau mencari cara menangkal serangan virus berdasarkan sekuen DNA/RNA dari gen pada virus. Namun tentu saja untuk membuktikannya perlu dilakukan pengujian secara in vitro di laboratorium.

begini mas saya ada sedikit pertanyaan.

saya dapet tugas kuliah data mining, dapet topik nya tentang DNA Sequence. Jadi maaf ya kalau pertanyaan saya ini agak bodoh. maklum saya dari jurusan Teknik Informatika jadi buta banget sama yang ky ginian.

pertanyaannya: misal ada 2 buah virus ( A dan B ) yang memiliki Sekuen DNA yang hampir mirip, misal setelah di BLAST di NCBI dapet skor 80%.

dari kedua virus A dan B itu apakah ada kesamaan melihat dari sekuen DNA nya yang mirip? misal, perawatannya sama, atau obat2annya sama, atau setidaknya adakah pengaruh yang signifikan atas kemiripan Sekuen DNA tersebut?

mohon bantuannya ya pak, thanks banget.

Gimana? bisa?