Comments on: PeakTrace; Meningkatkan Kualitas Electropherogram http://sciencebiotech.net/peaktrace-meningkatkan-kualitas-electropherogram/ Bioteknologi untuk Semua Wed, 10 Mar 2010 06:44:26 +0000 http://wordpress.org/?v=2.9.2 hourly 1 By: yepyhardi http://sciencebiotech.net/peaktrace-meningkatkan-kualitas-electropherogram/comment-page-1/#comment-855 yepyhardi Mon, 28 Dec 2009 07:24:39 +0000 http://sciencebiotech.net/?p=517#comment-855 Halo Rinaldy, Setau saya, program ini membaca kembali raw data dari electropherogram, untuk memudian di-basecalling kembali dengan algoritma tertentu yang dia miliki. Jadi program ini tidak akan mengubah raw data (hasil pembacaan alat) original, hanya hasil basecalling-nya saja yang lebih tajam/lebih baik. Untuk sequencing bagian yang mengandung SNP, jika memang di situ terdapat 2 peak, maka akan tetap terbaca sebagai 2 peak, hanya mungkin bentuknya akan lebih sharp/jelas, tidak akan menghilangkan salah satu. Jika ada bagian sequence yang kurang bagus karena sample-nya bermasalah, maka program ini tidak dapat membantu memperbaiki, jadi sifatnya hanya menyempurnakan hasil yang sudah baik/cukup baik. Mudah-mudahan bisa membantu ^_^ Halo Rinaldy,

Setau saya, program ini membaca kembali raw data dari electropherogram, untuk memudian di-basecalling kembali dengan algoritma tertentu yang dia miliki. Jadi program ini tidak akan mengubah raw data (hasil pembacaan alat) original, hanya hasil basecalling-nya saja yang lebih tajam/lebih baik.

Untuk sequencing bagian yang mengandung SNP, jika memang di situ terdapat 2 peak, maka akan tetap terbaca sebagai 2 peak, hanya mungkin bentuknya akan lebih sharp/jelas, tidak akan menghilangkan salah satu. Jika ada bagian sequence yang kurang bagus karena sample-nya bermasalah, maka program ini tidak dapat membantu memperbaiki, jadi sifatnya hanya menyempurnakan hasil yang sudah baik/cukup baik.

Mudah-mudahan bisa membantu ^_^

]]> By: Rinaldy http://sciencebiotech.net/peaktrace-meningkatkan-kualitas-electropherogram/comment-page-1/#comment-851 Rinaldy Thu, 24 Dec 2009 02:57:38 +0000 http://sciencebiotech.net/?p=517#comment-851 Pak Yepy saya ingin sedikit bertanya...saya mengerjakan proyek untuk identifikasi SNP melalui direct sequencing ini dan ada kalanya hasil sequencingnya agak jelek (terutama di bagian SNPnya tersebut) Apakah dengan menggunakan program ini, kemungkinan hasil perbaikannya justru malah akan bisa menghilangkan SNP tersebut? Sebagai contoh: misalkan hasil sequencing menunjukkan adanya 2 peak (C/T) yg dibaca sebagai N, lalu setelah di perbaiki akan dibaca sebagai C (dimana peak yg C akan ditingkatkan sedangkan yg T diturunkan) Thx ^^ Pak Yepy saya ingin sedikit bertanya…saya mengerjakan proyek untuk identifikasi SNP melalui direct sequencing ini dan ada kalanya hasil sequencingnya agak jelek (terutama di bagian SNPnya tersebut)

Apakah dengan menggunakan program ini, kemungkinan hasil perbaikannya justru malah akan bisa menghilangkan SNP tersebut?

Sebagai contoh: misalkan hasil sequencing menunjukkan adanya 2 peak (C/T) yg dibaca sebagai N, lalu setelah di perbaiki akan dibaca sebagai C (dimana peak yg C akan ditingkatkan sedangkan yg T diturunkan)

Thx ^^

]]>