Comments on: PeakTrace; Meningkatkan Kualitas Electropherogram

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 09 May 2012 04:06:04 +0000

Sama seperti teknik pembuatan presentasi powerpoint pada umumnya, buat kerangka materi yang jelas, padat dan efektif. Kemudian buat tampilan yang menarik tetapi tidak berlebihan, yang penting presentasinya nyaman dilihat ketika disajikan. Kemudian tambahkan ilustrasi foto atau video yang relevan dan menarik, animasi juga bisa membantu tetapi juga jangan berlebihan. Komposisi antara teks, gambar/video dan ruang kosong pada presentasi juga harus diperhatikan. Lalu jangan lupa minta pendapat rekan atau calon audiens mengenai kualitas presentasi yang kita buat.

By: emo

emo — Sat, 10 Mar 2012 09:31:48 +0000

gimana cara buat power point tentang bab bioteknologi yang hasil nya memuaskan?

By: Ritchie

Ritchie — Wed, 30 Nov 2011 04:26:25 +0000

Terima kasih Pak Yepy ^^

By: yepyhardi

yepyhardi — Sat, 19 Nov 2011 06:18:45 +0000

halo Ritchie, yang dimaksud 190 bp itu hasil dari 1 reaksi sekuensing ya? Jika iya, memang begitu adanya. Salah satu kelemahan DNA sequencing metode dye terminator seperti yang sekarang ini umum digunakan, yaitu bagian penempelan primer (sekitar 20 bp) dan 10-20 bp setelah itu tidak terbaca oleh alat, jadi kita akan kehilangan sekitar 30-40 bp sekuen awal. Jadi kalau ukuran DNA-nya 220 bp, yang terbaca ya sekitar 190 bp itu. Untuk mengatasinya, biasanya sekuensing dilakukan dengan 2 arah primer, forward dan reverse, sehingga bagian yang tidak terbaca oleh satu primer akan terbaca dengan primer pasangannya.
Demikian semoga membantu.

By: Ritchie

Ritchie — Fri, 18 Nov 2011 07:21:34 +0000

Pak Yepy, saya ingin bertanya. Kemarin saya mengirimkan sampel hasil PCR untuk disequencing. Berdasarkan hasil elektroforesis, ukuran pita yang terbentuk berada di atas 200 bp (220 bp). Akan tetapi, entah mengapa di hasil sekuensing yang diberikan menunjukka ukuran sekuens terkecil adalah 190 bp. Kira-kira apa yang menyebabkan hal ini bisa terjadi dan apakah ada penyelesaiannya juga Pak Yepy?

Terima kasih

By: eko

eko — Wed, 20 Apr 2011 05:32:45 +0000

siipp deh : )

By: yepyhardi

yepyhardi — Mon, 28 Dec 2009 07:24:39 +0000

Halo Rinaldy,

Setau saya, program ini membaca kembali raw data dari electropherogram, untuk memudian di-basecalling kembali dengan algoritma tertentu yang dia miliki. Jadi program ini tidak akan mengubah raw data (hasil pembacaan alat) original, hanya hasil basecalling-nya saja yang lebih tajam/lebih baik.

Untuk sequencing bagian yang mengandung SNP, jika memang di situ terdapat 2 peak, maka akan tetap terbaca sebagai 2 peak, hanya mungkin bentuknya akan lebih sharp/jelas, tidak akan menghilangkan salah satu. Jika ada bagian sequence yang kurang bagus karena sample-nya bermasalah, maka program ini tidak dapat membantu memperbaiki, jadi sifatnya hanya menyempurnakan hasil yang sudah baik/cukup baik.

Mudah-mudahan bisa membantu ^_^

By: Rinaldy

Rinaldy — Thu, 24 Dec 2009 02:57:38 +0000

Pak Yepy saya ingin sedikit bertanya…saya mengerjakan proyek untuk identifikasi SNP melalui direct sequencing ini dan ada kalanya hasil sequencingnya agak jelek (terutama di bagian SNPnya tersebut)

Apakah dengan menggunakan program ini, kemungkinan hasil perbaikannya justru malah akan bisa menghilangkan SNP tersebut?

Sebagai contoh: misalkan hasil sequencing menunjukkan adanya 2 peak (C/T) yg dibaca sebagai N, lalu setelah di perbaiki akan dibaca sebagai C (dimana peak yg C akan ditingkatkan sedangkan yg T diturunkan)

Thx ^^