Bhinneka Tunggal Ika (image from kayakarya.com)
Prof. Ir. Antonius Suwanto, Ph.D.
Guru Besar Genetika Molekul
Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor, Bogor
Setiap individu manusia dewasa tersusun dari sekitar 10 triliun sel yang tidak kasat mata. Oleh karena itu kita disebut sebagai makhluk multisel. Sel manusia itu sangat beragam: ukuran, jenis, jumlah, dan tugas atau fungsinya. Ada sel kulit, sel darah, sel tulang, sel jantung, sel otak dan lainnya. Sejumlah sel berkelompok membentuk suatu jaringan tertentu dengan fungsi yang khusus pula.
+Continue Reading
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Kalau biologi molekuler dan manga bersatu, jadinya begini.
The Manga Guide to Molecular Biology.
Mendengar kata Manga pasti kita teringat komik Jepang dengan berbagai cerita menarik, tapi kalau “The Manga Guide to Molecular Biology“? Seperti apa ya kira-kira?
Manga yang kita kenal seringkali berisi cerita-cerita konyol untuk konsumsi anak-anak, remaja maupun dewasa. Ilustrasi tokoh dan peristiwa pada Manga dibuat semenarik mungkin, bahkan di situlah kekuatan utamanya di samping isi cerita tentu saja. Cerita pada Manga terasa “renyah” sehingga satu buku Manga bisa dihabiskan dalam sekejap.
+Continue Reading
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Gel Electrophoresis; image from http://clearlyexplained.com/culture/health/electrophoresisgel.jpg
Saat ini, teknik pemisahan dan pemurnian DNA/RNA merupakan teknik yang tidak dapat dipisahkan dari biologi molekular. Hampir semua penelitian DNA/RNA mesti melibatkan pemisahan dan pemurnian yang tekniknya cukup beragam. Elektroforesis adalah salah satu teknik pemisahan paling populer, maka tak heran jika elektroforesis disebut sebagai pintu gerbang dari berbagai penelitian biologi molekular. Nah, sekarang ada baiknya kita telusuri dulu teknik-teknik tersebut dari masa ke masa.
Oh ya, pada prinsipnya elektroforesis itu adalah teknik pemisahan campuran molekul yang didasarkan pada perbedaan muatan listriknya sehingga pergerakan molekul-molekul tersebut pada suatu fasa diam (stationary phase) dalam sebuah medan listrik akan berbeda-beda.
Elektroforesis dengan Kertas Saring
Smithies menerima hadiah Nobel
Smithies menerima hadiah Nobel
Kisah teknik pemisahan DNA/RNA ini berawal dari sekelompok ilmuwan biokimia di awal tahun 1950-an yang sedang meneliti mekanisme molekular DNA/RNA hidrolisis. Saat itu, tepatnya tahun 1952, Markham dan Smith mempublikasikan bahwa hidrolisis RNA terjadi melalui mekanisme pembentukan zat antara (intermediate) posfat siklik, yang kemudian menghasilkan nukleosida 2′-monoposfat dan 3′-monoposfat. Bagaimana keduanya bisa mengungkap rahasia ini?
Paper Electrophoresis. Image from www.funsci.com
Paper Electrophoresis. Image from www.funsci.com
Ternyata mereka menggunakan suatu peralatan yang dapat memisahkan komponen campuran reaksi hidrolisis tadi, salah satunya yaitu nukleotida ‘siklik’ yang membawa pada kesimpulan bahwa hidrolisis RNA terjadi melalui pembentukan intermediate posfat siklik. Peralatan itu mereka namakan ‘elektroforesis‘, yang dibuat dari kertas saring Whatman nomor 3, sebuah tangki kecil dan berbagai larutan penyangga (buffer). Nukleotida yang sudah terhidrolisis ditaruh di atas kertas saring, kemudian arus listrik dialirkan melalui kedua ujung alat elektroforesis.
Arus listrik yang dialirkan ini ternyata dapat memisahkan campuran kompleks reaksi tadi menjadi komponen-komponennya, ini akibat adanya perbedaan minor antara struktur molekul RNA yang belum terhidrolisis, zat antara (intermediate) dan hasil reaksi (nukleosida 2′-monoposfat dan nukleosida 3′-monoposfat) yang menyebabkan mobilitas alias pergerakan mereka pada kertas saring berbeda-beda kecepatannya. Karena pada akhir proses elektroforesis komponen tersebut terpisah-pisah, mereka dapat mengisolasi dan mengidentifikasi setiap komponen tersebut.
Elektroforesis Gel Kanji
Starch Gel Electrophoresis. Image from http://www.terrapub.co.jp
Starch Gel Electrophoresis. Image from http://www.terrapub.co.jp
Selanjutnya teknik elektroforesis dikembangkan untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar. Tahun 1955 Smithies mendemonstrasikan bahwa gel yang terbuat dari larutan kanji dapat digunakan untuk memisahkan protein-protein serum manusia. Caranya yaitu dengan menuangkan larutan kanji panas ke dalam cetakan plastik, setelah dibiarkan mendingin kanji tersebut akan membentuk gel yang padat namun rapuh. Gel kanji berperan sebagai fasa diam (stationary phase) menggantikan kertas saring Whatman pada teknik terdahulu.
Ternyata elektroforesis gel yang diperkenalkan Smithies memicu para ilmuwan untuk menemukan bahan kimia lain yang dapat digunakan sebagai bahan gel yang lebih baik, seperti agarosa dan polimer akrilamida. Dan penemuan elektroforesis gel kanji di awal karir Smithies membawanya menerima hadiah nobel bidang kedokteran tahun 2007.
Polyacrilamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Image from www.siumed.edu
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Image from www.siumed.edu
Teknik elektroforesis gel makin berkembang dan disempurnakan, hingga 12 tahun kemudian ditemukan gel poliakrilamida (PAGE = Polyacrilamide Gel Electrophoresis) yang terbentuk melalui proses polimerisasi akrilamida dan bis-akrilamida. PAGE ini sanggup memisahkan campuran DNA/RNA atau protein dengan ukuran lebih besar.
Meskipun aplikasi elektroforesis makin berkembang luas, namun ternyata teknik ini masih menyerah jika digunakan untuk memisahkan DNA dengan ukuran yang super besar, misalnya DNA kromosom. Campuran DNA kromosom tidak dapat dipisahkan meskipun ukuran mereka berbeda-beda.
Pulse-Field Gel Electrophoresis (PFGE)
Skema Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)
Skema Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)
Pertengahan 1980-an, Schwartz dan Cantor membeberkan ide cerdasnya untuk memisahkan campuran DNA berukuran super besar menggunakan teknik yang dinamakan Pulse-field Gradient Gel Electrophoresis (PFGE), yang menggunakan pulsa-pulsa pendek medan listrik tegak lurus yang arahnya berganti-ganti. Teknik PFGE kini digunakan secara luas oleh para ahli biologi dalam studi genotyping berskala masif, juga analisa epidemiologi molekular pada patogen.
Keempat teknik di atas merupakan pintu masuk bagi penelitian-penelitian lainnya dalam bidang biologi molekular yang kini berkembang sangat pesat. Sulit dibayangkan sebuah laboratorium biologi molekular dapat menghasilkan sesuatu tanpa teknik elektroforesis. Tanpa elektroforesis, DNA/RNA yang sedang kita teliti akan bercampur dengan kontaminan yang tidak kita inginkan, sulit pula membayangkan cara mengetahui ukuran DNA/RNA/protein yang lebih praktis selain dengan elektroforesis, bahkan teknik DNA sequencing modern sekalipun sangat bergantung pada teknik elektroforesis ini. Terima kasih kepada Markham dan Smith yang telah mencoba meneteskan RNA hidrolisat pada selembar kertas saring dan memisahkannya dengan arus listrik.
Sumber:
- Finkelstein, 2007, Nature Milestones; DNA Technologies, Nature Publishing Group.
- http://dukeresearch.blogspot.com/2009/04/flipping-through-chronicles-of-nobel.html
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
Secara umum, antibiotik itu adalah sebuah senyawa atau zat (juga dikenal dengan chemotherapeutic agent) yang dapat membunuh atau menghambat pertumbuhan bakteri. Antibiotik-antibiotik yang tergolong pada kelompok senyawa-senyawa antimikrobial digunakan untuk mengobati infeksi-infeksi yang disebabkan oleh mikroorganisme termasuk fungi dan protozoa.
Dalam teknik biologi molekular, antibiotik telah digunakan secara luas untuk membunuh/menghambat pertumbuhan bakteri, fungi, yeast dan juga mycoplasma. Berikut ini adalah beberapa jenis antibiotik yang umum digunakan beserta referensi mengenai mekanisme, kisaran penggunaan dan konsentrasi kerja yang diperlukannya.
*Singkatan: Gm(+/-)=Gram positif/negatif; My=mycoplasma; F=fungus; Ye=yeast.
Ampicillin
- Kelas: Beta-lactam
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Menghambat transpeptidase yang diperlukan untuk sintesis dinding sel
- Resistensi disebabkan oleh Beta-lactamase. Memotong cincin beta-lactam pada amphicillin
- Konsentrasi: 100 – 200 ug/ml
Amphotericin B
- Kelas: Beta-lactam
- Kisaran: Ye, Fu, My
- Mekanisme: Membentuk Kompleks dengan kolesterol, membentuk suatu pori yang membuat glukosa bisa lolos (leakage)
- Konsentrasi: 2.5 ug/ml
Carbenicillin
- Kelas: Beta-lactam
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Seperti ampicillin
- Penyebab resistensi sama seperti ampicillin, tetapi carbenicillin rusak lebih lambat oleh beta-lactamase
- Konsentrasi: 100 ug/ml
Chloramphenicol
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mengikat pada ribosomal 50S subunit, mencegah peptidyl transferase yang diperlukan untuk translasi
- Resistensi disebabkan oleh Chloramphenicol acetyltransferase yang menambahkan sebuah gugus asetil untuk membentuk AcoA pada chloramphenicol, dengan menginaktifasinya
- Konsentrasi: 5 – 10 ug/ml
Erythromycin
- Kelas: Macrolide
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme mirip dengan chloramphenicol
- Resistensi disebabkan oleh ermC methyltransferase yang memetilasi 23S rRNA, mencegah penempelan erythromycin ke ribosom
- Konsentrasi: 100 ug/ml
Kanamycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-, My
- Mekanisme: Terikat pada 30S ribosomal sub-unit, memblokir inisiasi kompleks dan menyebabkan frame-shift mutations serta menghambat translasi
- Resistensi disebabkan oleh Kanamycin phosphotransferase yang mempengaruhi posforilasi ATP-dependent pada residu-residu hydroxyl pada kanamycin
- Konsentrasi: 100 ug/ml
Gentamycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mirip dengan kanamycin
- Resistensi disebabkan oleh Gentamycin acetyltransferase; mekanisme mirip dengan chloramphenicol acetyltransferase
- Konsentrasi: 25 – 50 ug/ml
Neomycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mirip dengan kanamycin
- Resistensi disebabkan oleh Neomycin phosphotransferase; mekanisme mirip dengan kanamycin phosphotransferase
- Konsentrasi: 25 – 50 ug/ml
Nystatin
- Kisaran: Ye, Fu
- Mekanisme: Mirip dengan amphotericin B
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Rifampicin (Rifampin)
- Kelas: Semi-synthetic
- Kisaran Gm+, Gm-
- Mekanisme: Menghambat DNA dependent RNA polymerase, mencegah terjadinya transkripsi
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Streptomycin
- Kelas: Aminoglycoside
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mengikat pada 16S ribosomal sub-unit, mencegah inisiasi pada translas
- Resistensi disebabkan oleh Streptomycin 3’-adenyltransferase yang mentransfer gugus adenyl dari ATP ke streptomycin
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Tetracycline
- Kelas: Tetracyclin
- Kisaran: Gm+, Gm-
- Mekanisme: Mencegah aminoacyl tRNA agar tidak terikat pada 30S sub-unit
- Resistensi disebabkan oleh TetR-TN10 gene yang mengkodekan sebuah inner membrane protein yang memompa tetracycline keluar dari sel
- Konsentrasi: 50 ug/ml
Sumber: bitesizebio.com
Istilah pencarian terpopuler untuk artikel ini:
