E. coli diamati menggunakan mikroskop elektron (image from Wikipedia)
Di antara berbagai mikroorganisme yang dapat digunakan untuk memproduksi protein heterologus, E. coli menjadi salah satu pilihan yang paling menarik. Berbagai keunggulan yang dimiliki E. coli antara lain adalah kemampuannya untuk tumbuh dengan cepat, densitas sel yang tinggi, substrat pertumbuhan yang murah, karakteristik genetik yang jelas, serta ketersediaan berbagai pasangan vektor kloning dan strain mutan. Meskipun tidak selalu ada jaminan bahwa protein heterologus akan dihasilkan oleh E. coli dalam jumlah yang tinggi dan aktif secara biologis, berbagai cara telah dilakukan untuk meningkatkan performa dari mikroorganisme ini. Berikut ini adalah sedikit penjelasan mengenai faktor-faktor yang selama ini dikaji berbagai peneliti untuk meningkatkan performa E. coli sebagai inang ekspresi protein heterologus: +Continue Reading
Perangkat PAGE Vertikal (image from uniequip.com)
Sampai saat ini kita telah melihat masalah yang timbul selama proses persiapan dan running SDS-PAGE. Kali ini kita akan melihat dan membagikan solusi atas masalah yang biasa muncul saat proses sesudah running terutama saat proses pewarnaan hasil elektroforesis.
+Continue Reading
Perangkat PAGE Vertikal (image from uniequip.com)
Memang banyak sekali faktor yang bisa mempengaruhi keberhasilan SDS-PAGE. Pada artikel bagian pertama kita sudah membahas beberapa masalah yang sering terjadi dan pemecahannya. Sekarang kita akan melanjutkan pembahasan beberapa masalah yang biasa muncul saat menjalankan SDS-PAGE dan solusi mengatasinya.
+Continue Reading
GFP diisolasi dari Ubur-ubur untuk digunakan dalam studi ekspresi gen (image from nobelprize.org)
GFP atau Green Fluorescent Protein adalah protein yang dapat berpendar yang secara alami dihasilkan oleh ubur-ubur. GFP kini digunakan secara luas dalam studi-studi ekspresi gen maupun mikroskopik karena aplikasinya yang relatif mudah. Hanya dengan adanya pendaran cahaya dapat menunjukkan bahwa gen yang kita teliti terekspresi. Hmm, bagaimana bisa?
+Continue Reading
Mekanisme Reparasi DNA (Credit: Image courtesy Cees Dekker lab TU Delft / Tremani)
Kerusakan DNA bisa saja terjadi secara tiba-tiba. Penyebabnya juga bermacam-macam, bisa berupa radiasi UV, bahan kimia mutagen, ataupun oksidasi; dan salah satu bentuk kerusakan DNA adalah terpotongnya kedua utas DNA. Hal ini bisa menjadi masalah yang serius karena sel tidak bisa menggunakan DNA yang terpotong-potong seperti itu untuk beraktivitas secara normal. Jika dibiarkan saja, maka hal ini juga bisa menjadi penyebab timbulnya kanker. Namun demikian, kita tidak perlu kuatir karena sebenarnya sel-sel kita sendiri mempunyai suatu sistem reparasi yang luar biasa canggih, efisien, dan nyaris tidak pernah salah. Nah, pertanyaannya adalah bagaimana cara kerjanya? +Continue Reading
Perangkat PAGE Vertikal (image from uniequip.com)
Sebelumnya telah diberikan beberapa tips dan trik yang dapat mempermudah pengerjaan SDS-PAGE namun tentunya masalah bisa datang tanpa ada yang tahu. Apakah hasil yang buruk, proses SDS-PAGE yang terganggu, atau kerusakan di gel, banyak sekali hal yang dapat memperlambat dan mengganggu proses pengumpulan data kita. Dalam artikel kali ini akan dibahas troubleshooting untuk beberapa masalah yang umum ditemukan pada proses SDS-PAGE. Semoga dapat membantu!
+Continue Reading
SDS PAGE
Tidak seperti elektroforesis agarose yang persiapannya cukup sederhana, banyak peneliti menemukan masalah saat akan melakukan persiapan SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis). Bahan yang berbahaya, proses pembuatan yang memakan waktu, sampai berbagai macam resiko seperti kebocoran dan gel yang tidak membeku menyebabkan SDS-PAGE sering dikatakan ‘merepotkan’. Beberapa cukup beruntung dapat menggunakan gel pre-set namun masih banyak dari kita yang harus menyiapkan dari nol. Di website ini telah dibahas cara mencegah kebocoran SDS-PAGE dan kali ini akan dipaparkan tips dan trik dalam menjalankan SDS-PAGE untuk meminimalisir kesalahan dan meningkatkan kualitas hasil yang didapat. +Continue Reading
DNA membawa 'Resep Kehidupan' (image from virtualmedicalcentre.com)
Kode genetik mungkin merupakan sandi tertua di dunia. Ia sudah ada sejak makhluk hidup pertama diciptakan. Sandi ini terdapat pada DNA yang terdapat pada setiap makhluk hidup, berupa urutan 3 huruf yang mengkodekan asam amino penyusun protein. Yang membuat kita terkagum-kagum, sandi ini nyaris sama di setiap makhluk hidup. Kode DNA pada manusia sama artinya dengan kode pada binatang, tanaman, jamur, bakteri bahkan virus (tentu saja Ada sedikit pengecualian tetapi tidak signifikan). +Continue Reading
Bradford Protein Assay (image from freewebs.com)
Salah satu prosedur analisa kandungan protein dalam larutan adalah menggunakan metode Bradford yang pertama kali dideskripsikan oleh Bradford (Bradford et al., 1976). Metode ini lebih simple, lebih cepat dan lebih sensitif dibanding metode Lowry, selain itu Bradford juga lebih tahan terhadap interferensi senyawaan nonprotein.
Metode Bradford didasarkan pada pengikatan zat warna Coomassie Blue G-250 ke protein, dimana zat warna ini memiliki empat formasi ion berbeda dengan nilai pKa 1.15, 1.82 dan 12.4. Bentuk kationik zat warna ini berwarna merah dan hijau dengan panjang gelombang serapan (absorbansi) maksimum pada 470 dan 650 nm. Sedangkan bentuk anioniknya berwarna biru dengan absorbansi maksimum 590 nm. Pengukuran proteinnya sendiri dilakukan dengan menentukan jumlah zat warna dalam bentuk anionik (biru), dan biasanya hal ini dilakukan dengan mengukur absorbansi larutan pada 595 nm. +Continue Reading
Enzim dalam Industri Kertas (image from imimg.com)
Enzim sudah tidak diragukan memiliki peran yang sangat penting dalam kehidupan. Tidak hanya dalam kehidupan manusia, tapi bagi hewan dan tumbuhan. Bahkan bisa dikatakan bahwa enzim berperan penting dalam kelangsungan alam ini.
Enzim merupakan zat yang paling menarik dan penting di alam. Pertama, sangat penting untuk menyadari bahwa enzim bukanlah benda hidup. Mereka benda mati, sama seperti mineral. Tapi juga tidak seperti mineral, mereka dibuat oleh sel hidup. Enzim adalah benda tak hidup yang diproduksi oleh sel hidup.
+Continue Reading
![Bakteri purba dari sedimen sub-permukaan [image from: the-scientist.com]](http://sciencebiotech.net/wp-content/uploads/2012/05/20120523-074119-60x33.jpg "Bakteri purba dari sedimen sub-permukaan [image from: the-scientist.com]"){kind=small}
