Comments on: Tanya Jawab Seputar Analisa DNA Sequencing

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 09 May 2012 04:09:23 +0000

Di Indonesia ada beberapa tempat yang memberikan layanan DNA sequencing, diantaranya:

EIJKMAN INSTITUTE
Jl. Diponegoro 69, Jakarta 10430
Telp. (021) 3917131, 3148695
Fax. (021) 3147982
website: http://www.eijkman.go.id/index.php/en/contact.html

PT. GENETIKA SCIENCE INDONESIA
Jl. Duri Raya No. 5D,
Jakarta Barat 11510,
Indonesia
Tel: +62 21 569 821 37
Fax: +62 21 564 263 8
Email: info@ptgenetika.com

Untuk di luar negeri, bisa menggunakan jasa dari Macrogen Inc, Korea, bisa dipesan secara online di http://dna.macrogen.com/eng.

Demikian semoga membantu..

By: keth

keth — Tue, 13 Mar 2012 10:07:12 +0000

selamat siang, saya mau tanya, apakah bapak mempunyai info apakah ada tempat yang memberikan pelayanan sequencing DNA? saya ingin meneliti tentang epigenetika dan harus melakukan sequencing DNA. mohon bantuannya. terima kasih

By: yepyhardi

yepyhardi — Sat, 11 Sep 2010 15:06:47 +0000

Halo panji… wah sepertinya mesti diulas khusus nih… tunggu aja ya.. insyaAllah kita bahas..

By: panji

panji — Thu, 05 Aug 2010 14:31:16 +0000

mas kalo pake MEGA gimana?

By: yepyhardi

yepyhardi — Tue, 11 May 2010 02:03:07 +0000

Halo Ery,
cDNA alias Complementary DNA adalah DNA yang dibuat dari proses transkripsi terbalik alias Reverse Transcriptase dengan bantuan enzim Reverse Transcriptase (RT). Di alam proses ini biasanya terjadi pada virus (retrovirus), karena lazimnya di makhluk hidup lain DNA lah yang ditranskripsi menjadi RNA dengan bantuan enzim transcriptase.
Namun kita dapat melakukan Reverse Transcription di laboratorium dengan bantuan enzim RT yang diisolasi dari virus tadi untuk mengubah RNA menjadi DNA (cDNA). Sebetulnya RNA yang di-RT tidak harus mRNA eukaryot, semua RNA pun (mRNA, tRNA, rRNA) baik eukaryot dan prokaryot pada dasarnya bisa diubah menjadi cDNA. Namun ini tergantung dari primer yang digunakan.
Umumnya digunakan 3 macam primer:
1. Oligo dT, yaitu primer yang sekuennya terdiri dari T saja (misal TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT), yang akan menempel pada mRNA yang memiliki ekor poly-A, yaitu mRNA pada eukaryot. Nah, mungkin yang dimaksud Ery adalah cDNA yang dibuat dengan primer oligo-dT ini.
2. Random Primer, primer yang urutan basanya acak ini dapat mengkonversi segala jenis RNA menjadi cDNA, karena ia bisa menempel dimana saja di tempat yang cocok.
3. Gene Specific Primer. Primer ini hanya akan menempel pada gen tertentu yang kita inginkan, biasanya ini digunakan untuk mengisolasi suatu gen atau keperluan lain dimana hanya mRNA tertentu saja yang kita inginkan diubah menjadi cDNA.
Dalam prakteknya, kadang digunakan kombinasi dari ketiga jenis primer tersebut.
Bagaimana? semoga dapat menjawab pertanyaannya…
Untuk artikel sejenis, bisa dilihat di http://sciencebiotech.net/6-faktor-penting-dalam-reverse-transcriptase-pcr/

By: Ery

Ery — Mon, 10 May 2010 08:14:02 +0000

Hallo Om Yeppi…
Semoga om yeppi dan keluarga selalu sehat walafiat dalam lindungan Tuhan YME.
saya mau nanya lagi ni om, saya sekarang lagi mempelajari tentang cDNA (DNA komplemen), dari beberapa literatur yg baca cDNA ini dibuat selalu dari isolasi mRNA sel eukariot. mengapa bisa begitu ya om?.
Mudah2an Om Yeppi mau menjelaskannya, sebelum dan sesudahnya saya ucapkan banyak terima kasih.

By: Ery

Ery — Fri, 07 May 2010 01:50:33 +0000

Terima kasih atas jawabannya om…saya sekarang lumayan mengerti nih…nanti kapan2 kalo ada yg ngga mudeng saya nanya lagi ya om…jangan bosen2 ya memberikan ilmunya…

Terima kasih,
salam
Ery

By: yepyhardi

yepyhardi — Thu, 06 May 2010 21:58:48 +0000

Halo Ery, thanks atas comment dan pertanyaannya…
Soal angka 5′ –> 3′ itu memang ciri khas DNA/RNA, itu merupakan kesepakatan arah pembacaan urutan basa-basa pada DNA/RNA. Jika tidak ada kesepakatan seperti itu, orang bisa saja membaca urutan basa DNA dari arah yang berlainan sehingga bisa menimbulkan kerancuan.
Seperti kita tahu, DNA/RNA terbentuk dari basa-basa nukleotida yang sambung-menyambung membentuk rantai polimer, nah.. bagian yang sambung-menyambung itu adalah bagian molekul gula dari nukleotida, yaitu gugus Ribosa-nya. Atom karbon pada Ribosa memiliki penomoran mulai dari 1 sampai 5 (Ribosa merupakan gula 5 karbon, ingat?). Rantai DNA/RNA sendiri terbentuk karena gugus OH pada atom karbon (C) nomor 3 berikatan dengan gugus posfat (PO4) pada atom karbon (C) nomor 5 di nukleotida berikutnya. Begitu seterusnya hingga pada nukleotida paling awal terdapat gugus posfat (PO4) bebas pada atom C nomor 5 dan pada nukleotida terakhir terdapat gugus OH bebas pada atom C nomor 3. Jadi disepakatilah pembacaannya dari arah 5′ ke 3′.
Untuk lebih jelasnya bisa dilihat pada artikel kami yang lain yang berjudul Mengenal DNA Lebih Dekat (Anatomi DNA)

By: Ery

Ery — Thu, 06 May 2010 05:33:56 +0000

Hallo om Yepy..
Sebelumnya saya mengucapkan banyak terima kasih atas artikel2nya di situ ini, sungguh sangat bermanfaat sekali buat saya yg baru belajar mengenai genetika dan biotek.
gini om, saya pengen nanya, saya seringkali melihat dalam penulisan mengenai sekuen ada angka 5′-3′, sebenarnya angka itu menunjukkan apa sih om??? mohon dijelaskan sejelas-jelasnya ya om yepy, kalo bisa dalam bahasa yg sederhana deh, maklum saya masih orang baru dalam dunia genetika dan biotek ini.

Terima kasih

By: yepyhardi

yepyhardi — Wed, 18 Nov 2009 14:47:59 +0000

kalo ciri-ciri, itu sudah jelas… cirinya ya reaksi sequencingnya menggunakan enzim

nah.. untuk rincinya enzim apa dan bagaimana kerjanya, bisa dibaca di artikel kami yang lain yang berjudul “Mengenal Teknik DNA Sequencing” di alamat berikut http://sciencebiotech.net/mengenal-teknik-dna-sequencing/

Selamat membaca.. kalo ada yang bikin penasaran bisa ditanyain lagi…