TE Buffer vs ddH2O

Mana yang lebih baik untuk melarutkan DNA/RNA? TE Buffer atau ddH2O? Pertanyaan ini seringkali muncul dan menjadi bahan diskusi yang menarik. Dan ternyata masing-masing memiliki kelebihan dan kelemahan sehingga pelarut mana yang dipilih amat bergantung pada tujuan kita melarutkan DNA/RNA.

DNA Precipitate

DNA Precipitate | Image from http://www.biotechlearn.org.nz/

TE Buffer

TE Buffer adalah campuran antara larutan Tris-HCl dengan EDTA pada konsentrasi tertentu. Berikut ini resep pembuatannya:

Larutan Tris-HCl 1 M pH 7.5
Untuk membuat 1 L larutan:

  • Tambahkan 121.14 g Tris Base (BM = 121.14 g/mol) ke dalam 800 mL ddH2O
  • Atur pH hingga mencapai pH 8.0 dengan larutan HCl 4N
  • Tambahkan ddH2O hingga volumenya tepat 1 L

Catatan: Nama kimia dan nama lain dari Tris base adalah 2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol, THAM, Tris(hydroxymethyl)aminomethane, atau Trometamol

Larutan EDTA 500 mM pH 8.0
Untuk membuat 1 L larutan:

  • Tambahkan 186,12 g Sodium EDTA dihydrate (Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate) atau 146.12 g EDTA (Ethylenediaminetetraacetic acid) ke dalam 800 mL ddH2O
  • Atur pH hingga mencapai pH 8.0 dengan larutan NaOH 4 N
  • Tambahkan ddH2O hingga volumenya tepat 1 L

Untuk membuat 1 L larutan Stok TE Buffer 10X, campurkan larutan-larutan berikut ini:

  • 100 ml Tris-HCl 1 M pH 7.5
  • 20 ml EDTA 500 mM pH 8.0
  • 880 ml ddH2O

Larutan diaduk hingga bercampur sempurna.
Larutan TE Buffer dapat disterilkan menggunakan autoclave.

ddH2O

ddH2O atau disebut juga aqua bidestillata atau ultrapure water, adalah air yang sangat murni, lebih murni dari aquadest atau pun air reverse osmosis karena telah melalui berbagai macam cara pemurnian. Pada awalnya orang melakukan destilasi kembali pada air yang telah didestilasi, namun saat ini digunakan kombinasi berbagai jenis pemurnian untuk memperoleh ultrapure water ini (Artikel tentang tingkat kemurnian air dapat dilihat selengkapnya di sini).

Secara umum ddH2O dibuat dengan melewatkan aquadest ke dalam suatu cartridge berisi resin-resin filter dan deionisasi untuk menghilangkan ion-ion dari air, hingga diperoleh nilai hantaran listrik yang sangat kecil (sekitar 5.5 × 10−6 S·m−1 atau 18 MΩ cm), terakhir air tersebut dilewatkan melalui filter membran dengan pori-pori 0.22 µl. Biasanya ddH2O tidak perlu disterilkan lagi menggunakan autoclave.

Mana yang Lebih Baik?

Kedua pelarut di atas paling umum digunakan untuk melarutkan DNA atau RNA, karena keduanya dapat melarutkan DNA atau RNA dengan baik. Namun untuk alasan stabilitas dan tujuan pemakaian DNA atau RNA, maka keduanya memiliki keunggulan dan kelemahan masing-masing.

DNA atau RNA akan lebih stabil jika dilarutkan dalam TE buffer karena pH-nya djaga sekitar 8. Ingat bahwa fungsi utama buffer adalah menyangga pH pada nilai tertentu. Jika dilarutkan dalam ddH2O, ada peluang untuk berubahnya pH. Ini dapat terjadi karena DNA dan RNA memiliki sifat asam lemah (ingat: DNA=asam deoksiribonukleat, RNA=asam ribonukleat), yang dalam waktu lama dapat menyebabkan degradasi DNA/RNA, apalagi DNase juga bekerja pada pH yang sedikit asam. Jadi untuk alasan kestabilan, buffer TE lebih unggul dibanding ddH2O.

Meskipun TE buffer membuat stabil DNA, tapi kita harus berhati-hati jika DNA atau RNA tersebut akan digunakan untuk aplikasi enzimatis seperti PCR (Polymerase Chain Reaction). Kenapa begitu? Karena TE buffer mengandung EDTA, yang dapat membentuk senyawaan kompleks dengan ion logam seperti Mg2+. Dalam hal ini EDTA merupakan chelating agent. Padahal Mg2+ adalah prekursor untuk enzim Taq DNA polymerase yang digunakan pada reaksi PCR, jadi kalau jumlah EDTA pada larutan DNA atau RNA cukup banyak, bisa menyebabkan reaksi PCR menjadi terhambat karena enzim DNA polymerase-nya tidak dapat bekerja secara sempurna. Jadi utk alasan ini, ddH2O lebih unggul dibanding TE buffer karena ddH2O tidak mengandung chelating agent.

Jadi, aplikasi lanjutan dari sampel DNA atau RNA akan menentukan pilihan kita. Jika DNA atau RNA akan segera digunakan untuk aplikasi PCR, lebih baik menggunakan ddH2O sebagai pelarut. Jika bukan dan akan disimpan dalam waktu yang cukup lama, TE buffer lah pilihannya. Tapi bisa saja kita mengakalinya dengan mengganti TE buffer dengan Tris-HCl buffer pH 8 karena tidak mengandung EDTA. Larutan Tris-HCl buffer ini sering digunakan sebagai elution buffer pada kit-kit purifikasi DNA/RNA komersial.

Satu hal lagi yang harus diingat, TE buffer atau ddH2O yang digunakan untuk melarutkan RNA harus bebas RNase, yaitu yang sudah di-treatment dengan DEPC (Diethyl Pyrocarbonate).

Selain itu, faktor penyimpanan juga sangat berpengaruh terhadap kestabilan larutan DNA atau RNA. Hal-hal berikut harus diperhatikan:

  • Simpanlah larutan DNA atau RNA pada suhu -20oC atau -80oC (untuk RNA)
  • Jangan sering-sering melakukan freeze-thaw, lebih baik melakukan aliquot dengan membagi larutan DNA atau RNA ke dalam beberapa tabung dengan volume lebih kecil.

So, apakah ada argumen lain yang bisa diungkapkan? Silakan tinggalkan komentar untuk kami.

, , , , , , ,

7 Responses to TE Buffer vs ddH2O

  1. anidah April 20, 2010 at 10:45 am #

    Biasanya pada waktu mengisolasi DNA, kita akan memperoleh DNA yang cukup banyak secara kuantitatif. Sebagian digunakan untuk PCR dan sisanya akan disimpan sebagai stok. Sementara ketika melarutkan pellet DNA kita hanya menggunakan 1 macam pelarut (TE atau ddH2O). Biasanya saya memilih menggunakan TE dgn tujuan persis spt yg ditulis di artikel, yaitu agar lebih stabil. Sementara ketika mengencerkan DNA dari larutan stoknya menjadi konsentrasi yg lebih kecil (u PCR) sy menggunakan ddH2O. Dengan demikian stok DNA tetap stabil dlm TE.

    • yepyhardi April 25, 2010 at 9:34 pm #

      Makasih mbak Anidah atas info dan masukannya…

  2. Aida May 18, 2010 at 8:56 am #

    Dear mas Yepy,

    Terima kasih atas artikel yang menarik ini. Sebetulnya, kategori lama (terkait penggunaan TE buffer) disini seperti apa ya? 1 bulan kah? atau sampai hitungan tahunan? lalu bagaimana dengan DNA yang dilarutkan dengan ddH2O? sampai berapa lama penyimpanan itu tidak akan mempengaruhi yield DNA tsb? adakah sitasi yang terkait dengan hal ini? terima kasih…

    Best regards,

    Aida

    • yepyhardi May 20, 2010 at 4:41 pm #

      Lama di sini memang relatif, untuk amannya kita bisa mematok waktu satu bulan sebagai batas maksimum penggunaan larutan ddH2O, sedangkan jika lebih lama dari itu maka harus menggunakan TE Buffer.
      Tapi ini tetap bergantung pada kondisi penyimpanan (suhu, ada tidaknya kontaminan, dll). Berdasarkan pengalaman saya, jika penyimpanannya baik, larutan dalam ddH2O bisa saja bertahan hingga lebih dari satu tahun.

  3. widhi adrianna July 9, 2010 at 10:33 am #

    Saya mau ikut berkomentar juga ^_^
    Memang untuk penggunaan ddH2O dan TE, itu tergantung dari kebijakan lab masing-masing. Di lab yang saya tempati sekarang, prof melarang menggunakan elution buffer TE untuk pelarut DNA & RNA. Selain kurang bagus untuk PCR~ kurang bagus juga untuk transformasi ke E.coli ato yeast, dan kurang bagus untuk sequencing. Tapi kadang kami kalo terlanjur pakai TE, ya terpaksa melakukan ethanol precipitation. Tapi ya gitu~ konsentrasi DNA ato RNA sedikit hilang, hehe

  4. fenty October 5, 2010 at 9:25 am #

    mas, ada gak journal yang sudah membahas (mereview) tentang penggunaan kedua pelarut ini untuk kestabilan ekstrak DNA?? tolong dishare dong…

  5. Ranz September 22, 2011 at 7:07 pm #

    mbak/mas saya masih penasaran dngn artikel ini, jurnalnya boleh d’share ngga?

    klo boleh kirim ke e-mail saya :
    puffcow_click@yahoo.co.id

    terima kasih

Leave a Reply