Archive for the ‘BioBasics’ Category

Fun Facts about Genetics

Ilmu genetika dan biologi memiliki berbagai fakta yang unik dan menarik. Dalam artikel kali ini akan coba diangkat beberapa fakta menarik seputar kedua ilmu tersebut. What are they? Let’s check it out!
+Continue Reading

Proses Perbaikan DNA yang Rusak: Mencari Jarum dalam Tumpukan Jerami

Kerusakan DNA bisa saja terjadi secara tiba-tiba. Penyebabnya juga bermacam-macam, bisa berupa radiasi UV, bahan kimia mutagen, ataupun oksidasi; dan salah satu bentuk kerusakan DNA adalah terpotongnya kedua utas DNA. Hal ini bisa menjadi masalah yang serius karena sel tidak bisa menggunakan DNA yang terpotong-potong seperti itu untuk beraktivitas secara normal. Jika dibiarkan saja, maka hal ini juga bisa menjadi penyebab timbulnya kanker. Namun demikian, kita tidak perlu kuatir karena sebenarnya sel-sel kita sendiri mempunyai suatu sistem reparasi yang luar biasa canggih, efisien, dan nyaris tidak pernah salah. Nah, pertanyaannya adalah bagaimana cara kerjanya? +Continue Reading

Kode Genetik; Sandi 3 Huruf yang Menakjubkan

Kode genetik mungkin merupakan sandi tertua di dunia. Ia sudah ada sejak makhluk hidup pertama diciptakan. Sandi ini terdapat pada DNA yang terdapat pada setiap makhluk hidup, berupa urutan 3 huruf yang mengkodekan asam amino penyusun protein. Yang membuat kita terkagum-kagum, sandi ini nyaris sama di setiap makhluk hidup. Kode DNA pada manusia sama artinya dengan kode pada binatang, tanaman, jamur, bakteri bahkan virus (tentu saja Ada sedikit pengecualian tetapi tidak signifikan). +Continue Reading

Quorum Sensing (A Video Animation)

Video di atas adalah hasil karya Andrew Dopheide, yang menggambarkan proses signaling dan quorum sensing.

Bakteri yang berdiri sendiri tidak dapat membentuk biofilm, ia harus menunggu sampai sekelompok bakteri dengan jumlah tertentu telah terkumpul. Lalu, bagaimana caranya bakteri tersebut mengetahui bahwa jumlah mereka sudah cukup? (Padahal mereka kan gak punya jari untuk menghitung )

Ternyata bakteri dilengkapi dengan sistem signalling. Setiap individu bakteri terus-menerus memancarkan molekul signal, yang dapat dideteksi oleh bakteri lain di dekatnya. Signal-signal ini memungkinkan bakteri untuk menentukan sel bakteri apakah yang ada di sekitar mereka dan apa yang mereka lakukan (hebat kan?). Selanjutnya signal-signal ini digunakan sebagai alat koordinasi untuk melakukan suatu proses tertentu seperti pembentukan biofilm. Proses inilah yang dinamakan Quorum Sensing.

Begitu jumlah bakteri meningkat, otomatis signal yang terdeteksi pun semakin tinggi frekuensinya. Dan ketika frekuensi signal mencapat suatu nilai ambang batas tertentu, maka hal ini dapat memicu suatu perubahan dalam regulasi gen dan rekonfigurasi peralatan seluler mereka untuk suatu keperluan baru, seperti produksi pili, polymer-polymer ekstraseluler, atau bisa juga zat-zat toksin.

Referensi:

Microbeworld.org

Replikasi DNA

Replikasi DNA terlihat sulit pada awalnya. Namun ketika anda sedikit berusaha mempelajarinya ternyata sangat simple dan mudah untuk di mengerti.

Agar lebih mudah dalam memahami artikel ini, sangat disarankan agar lebih dulu membaca Mengenal DNA Lebih Dekat (anatomi DNA).

Proses replikasi pertama kali di mulai ketika enzyme Helicase memutus ikatan kimia yang paling lemah diantara dua rantai polinukleotida. Untaian DNA diputus tepat di tengah memisahkan pasangan-pasangan basa. Rantai polinukleotida yang baru dipisahkan menjadi rantai tunggal akan menjadi rantai dasar (template) untuk membentuk dua untai rantai DNA baru.

+Continue Reading

Menguji Spesifisitas Primer

Pada artikel sebelumnya dengan judul “Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus” telah dijelaskan langkah-langkah desain primer. Di sana dicontohkan bagaimana cara mendesain primer untuk mendeteksi keberadaan virus TMV (Tobacco Mozaic Virus) yang biasa menyerang tanaman tembakau dan jenis-jenis tanaman golongan Solanaceae.

Primer yang telah kita desain tersebut harus diuji spesifisitasnya agar kita yakin bahwa:

+Continue Reading

Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus

PCR alias Polymerase Chain Reaction adalah salah satu teknik yang paling banyak digunakan dalam biologi molekuler. Dengan PCR, DNA dalam jumlah yang sangat sedikit dapat kita lipatgandakan untuk selanjutya diidentifikasi, dimanipulasi dan bisa pula digunakan untuk keperluan forensik, diagnosis virus penyakit dan sebagainya.
Selain enzim Taq DNA Polymerase yang menjadi kunci pokok teknik PCR, ada satu komponen lagi yang tak kalah pentingnya, yaitu Primer PCR. Spesifisitas dan efisiensi PCR amat ditentukan oleh kualitas primer yang digunakan. Sekarang yuk kita bahas bagaimana caranya mendesain primer untuk PCR.
+Continue Reading

Parameter Penting dalam Desain Primer

Bila pada artikel “Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus” dan “Desain Primer Menggunakan PerlPrimer” sudah dijelaskan tahapan dalam mendesain primer untuk PCR, maka dalam artikel ini kita akan mempelajari parameter apa saja yang harus kita perhatikan agar kualitas primer yang kita desain benar-benar terjamin. Beberapa hal berikut ini dapat kita jadikan bahan pertimbangan ketika mendesain primer. +Continue Reading

GenBank; Bank Data Genetik Online Gratis

Siapapun yang berkecimpung dalam dunia genetik pasti mengenal dan pernah berurusan dengan GenBank, bahkan tak berlebihan jika GenBank disebut sebagai referensi utama mereka. Sebenarnya bank macam apakah GenBank itu?

Bank ini adalah database sekuen genetik, semua sekuen DNA teranotasi dan tranlasinya yang dipublikasikan di seluruh dunia ada di sini. Data pada GenBank selalu bertambah setiap saat. GenBank dikelola oleh NIH (National Institute of Health) pemerintah Amerika, dan merupakan bagian dari Kolaborasi Database Sekuen Nukleotida Internasional yang terdiri atas DNA DataBank of Japan (DDBJ), European Molecular Biology Laboratory (EMBL), dan GenBank sendiri di National Center for Biotechnology Information (NCBI). Ketiga organisasi ini selalu bertukar data setiap hari agar semua datanya selalu ter-update.
+Continue Reading

Berkenalan dengan Virus

Makhluk yang satu ini sudah tidak asing lagi bagi manusia, ia sering diidentikkan dengan penyakit karena umumnya kita mengenal virus sebagai salah satu agen penyebab penyakit. Tentu kita belum lupa kehebohan penyakit flu burung dan flu babi yang membuat kita bergidik ngeri. Bagaimana tidak? makhluk tak kasat mata itu bisa membuat manusia tiba-tiba tak berdaya, bahkan tak jarang mengantarkan pada kematian. Selain flu, banyak penyakit lainnya yang disebabkan oleh virus, seperti hepatitis, cacar, rabies, beberapa jenis kanker, HIV AIDS dan lain-lain.
+Continue Reading