Pohon filogenetik dibuat untuk memvisualisasikan hubungan evolusi diantara berbagai spesies atau benda-benda lain. Pohon filogenetik yang berupa diagram bercabang-cabang ini dapat dikonstruksi berdasarkan kesamaan atau perbedaan sifat fisik atau genetik seperti sekuen DNA, sekuen asam amino (protein), pola pemotongan enzim restriksi, ukuran allel pada analisa microsatellite, dan lain-lain. Dalam artikel ini kita akan membuat pohon [...]

Pada artikel sebelumnya dengan judul “Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus” telah dijelaskan langkah-langkah desain primer. Di sana dicontohkan bagaimana cara mendesain primer untuk mendeteksi keberadaan virus TMV (Tobacco Mozaic Virus) yang biasa menyerang tanaman tembakau dan jenis-jenis tanaman golongan Solanaceae. Primer yang telah kita desain tersebut harus diuji spesifisitasnya agar kita yakin bahwa: Primer tersebut [...]

PCR alias Polymerase Chain Reaction adalah salah satu teknik yang paling banyak digunakan dalam biologi molekuler. Dengan PCR, DNA dalam jumlah yang sangat sedikit dapat kita lipatgandakan untuk selanjutya diidentifikasi, dimanipulasi dan bisa pula digunakan untuk keperluan forensik, diagnosis virus penyakit dan sebagainya. Selain enzim Taq DNA Polymerase yang menjadi kunci pokok teknik PCR, ada [...]

Bila pada artikel “Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus” dan “Desain Primer Menggunakan PerlPrimer” sudah dijelaskan tahapan dalam mendesain primer untuk PCR, maka dalam artikel ini kita akan mempelajari parameter apa saja yang harus kita perhatikan agar kualitas primer yang kita desain benar-benar terjamin. Beberapa hal berikut ini dapat kita jadikan bahan pertimbangan ketika mendesain primer. [...]

Siapapun yang berkecimpung dalam dunia genetik pasti mengenal dan pernah berurusan dengan GenBank, bahkan tak berlebihan jika GenBank disebut sebagai referensi utama mereka. Sebenarnya bank macam apakah GenBank itu? Bank ini adalah database sekuen genetik, semua sekuen DNA teranotasi dan tranlasinya yang dipublikasikan di seluruh dunia ada di sini. Data pada GenBank selalu bertambah setiap [...]

Pengembangan vaksin membutuhkan pengetahuan mendalam mengenai imunologi. Itu adalah ilmu yang mempelajari sistim imun dari manusia. Sepanjang sejarah imunologi, pengembangan vaksin dilakukan dengan cara klasik. Ini adalah melemahkan virus dengan menggunakan panas atau bahan kimiawi. Adapun, cara ini tidak sepenuhnya aman. Salah satu sebabnya, adalah kemungkinan utuhnya materi genetik virus. Walau cara pemanasan dan kimia [...]

Dunia medis mendapatkan tantangan baru dari berbagai penyakit menular. Demam berdarah Dengue, Flu Burung, dan sekarang Flu Babi, adalah infeksi virus yang sampai sekarang belum ada obatnya. Terapi yang ada, hanya berfungsi untuk menahan laju replikasi virus. Diperlukan metode dan teknologi baru untuk mengatasinya. Bioinformatika datang untuk membantu. Apakah yang bisa dilakukan bioinformatika untuk itu? [...]

Dalam tulisan terdahulu yang berjudul Troubleshooting Guide. ‘Keanehan-keanehan’ pada Electropherogram, kita bisa tahu bahwa tidak selamanya hasil pembacaan alat DNA sequencer kualitasnya baik. Nah, jika kebetulan electropherogram sampel kita jelek, jangan dulu frustasi, mungkin masih ada jalan keluar untuk meningkatkan kualitas electropherogram sehingga dapat terbaca dengan baik. Memang tidak semua electropherogram yang jelek bisa diselamatkan, [...]

Primer merupakan salah satu bagian terpenting dalam reaksi PCR, Polymerase Chain Reaction merupakan teknik perbanyakan sample DNA yang mempunyai banyak kegunaan mulai dari sekuensing hingga forensik, aplikasi PCR ini dinilai sebagai teknik biomolekuler yang sangat bermanfaat sehingga penemu PCR ini Kary Mullis dianugerahi hadiah nobel dalam bidang kimia pada tahun 1993. Untuk mengenal lebih lanjut [...]

Kalau di dunia pengolah kata ada Microsoft Word dan sejenisnya, maka di dunia bioinformatika ada BioEdit. BioEdit adalah sebuah program Sequence Alignment Editor buatan Tom Hall dari Ibis Biosciences Carlsbad USA, yang berguna untuk melakukan analisa-analisa bioinformatika terhadap sekuen-sekuen DNA, RNA maupun protein. Kita dapat melakukan ‘manipulasi’ sekuen dan mengolah sekuen tersebut sesuai keperluan. Mari [...]