Archive for the ‘BioInternet’ Category

Selalu Update Informasi dengan RSS Reader

Logo RSS (image from adcet.edu.au)

Saat ini informasi begitu mudah didapat melalui internet, namun bagaimana cara paling mudah untuk membaca informasi dari internet? Setiap orang tentu punya cara tersendiri yang dirasa paling enak, misalnya dengan membuka situs dan membacanya langsung. Pada tulisan kali ini kami akan menunjukkan cara membaca informasi di internet yang lebih praktis dan mudah diakses dari mana saja kapan saja.

RSS atau Really Simple Syndication adalah fasilitas yang umumnya diberikan oleh suatu situs untuk mengambil hanya isi artikelnya saja, hanya tulisan dan kadang-kadang disertai gambar. Begitu terdapat update terbaru pada website maka otomatis ter-update juga pada RSS. Jadi anda mendapatkan beberapa keuntungan: +Continue Reading

Getting up-to-date with scientific discoveries: RSS Feed

Getting up-to-date with scientific discoveries is important and is one of the basic skills for scientists. There is a number of ways to do this. The two-most-common practices are to subscribe to electronic table of contents (e-toc) delivered to email and the second is to use RSS Feed reader. The latter is more practical and robust compared to the former. I believe some of you are already using this tool to retreive news or articles throughout the web, but for you who are new to this, this tool might be useful.

+Continue Reading

JoVE: Katakan dengan Video

JoVE: Lebih mudah memahami eksperimen

Ketika hendak menerapkan sebuah protokol kerja yang dipublikasikan orang lain dalam sebuah jurnal untuk eksperimen yang kita lakukan, cara mana yang menurut Anda paling mudah? Membaca sambil membayangkan langkah-langkahnya? Melihat visualisasi gambar/foto mengenai eksperimen tersebut? Atau melihat video yang berisi tutorial eksperimen yang dilakukan sendiri oleh authornya? Tentu setiap orang memiliki caranya sendiri, tetapi cara terakhir tentu akan dipilih oleh lebih banyak orang karena selain menghemat waktu, kita bisa sekalian mengetahui tetek bengek perkara teknis yang sering kita anggap remeh namun amat berpengaruh terhadap kesuksesan sebuah eksperimen. +Continue Reading

Memetakan Situs Enzim Restriksi

pBluescript II KS

Bagaimana cara mengetahui enzim restriksi apa saja yang dapat memotong suatu fragmen DNA? Gampang, saat ini banyak sekali software yang bisa membantu kita memetakan situs pemotongan enzim restriksi. Kita hanya perlu memasukkan sekuen DNA dan peta enzim restriksi pun langsung terbentuk.

Saat ini terdapat sekitar 3000 Enzim restriksi yang sudah dipelajari dan 600 diantaranya tersedia secara komersial. Enzim restriksi sangat diperlukan dalam teknologi rekayasa genetika (lihat kembali artikel kami tentang rekayasa genetika). Peta enzim restriksi sangat diperlukan untuk mengetahui enzim apa saja yang dapat memotong DNA kita dan mana yang tidak. Berikut ini beberapa software yang dapat membantu kita membuat peta enzim restriksi. +Continue Reading

DROPBOX; Simpan-Ambil-Bagi File Kapanpun Dimanapun

Suatu saat USB flash disk mungkin sudah tidak begitu diperlukan lagi untuk mengkopi file ke komputer teman, begitu juga dengan mengirim file melalui email attachment yang bisa jadi akan basi dan ribet. Bahkan Anda tidak perlu membeli harddisk eksternal plus software backup dan synchronize yang cukup mahal untuk membackup file-file penting Anda. Yang Anda perlukan hanya koneksi internet yang memadai dan DROPBOX.

Simpan file-file Anda di kotak penyimpanan (Dropbox)

Ya, era komputasi awan alias cloud computing sudah tiba dan semakin populer. Komputasi tidak melulu harus menggunakan komputer personal (PC) atau laptop yang terinstall oleh puluhan program dan kapasitas penyimpanan data yang besar. Kini kita bisa memanfaatkan software-software yang tersedia di Internet baik untuk keperluan mengolah dokumen ala Word, perhitungan ala Excel, presentasi ala Powerpoint bahkan sistem operasi ala Windows atau Linux pun bisa kita gunakan secara online tanpa harus kita install di komputer kita. Begitu juga dengan penyimpanan data, tidak perlu lagi hardisk komputer kita dijejali ribuan file hingga penuh, kini kita bisa menyimpan data di internet dan mengaksesnya dari manapun dan kapanpun kita mau. Kabar baiknya, hampir semua fasilitas itu FREE alias GRATIS.

Salah satu aplikasi cloud computing yang memungkinkan kita menyimpan, mengakses dan berbagi data kapanpun dimanapun adalah DROPBOX. Dengan mendaftarkan akun DROPBOX (www.dropbox.com), maka Anda sudah berhak dengan media penyimpanan online sebesar 2GB gratis. Ini setara dengan kira-kira 500 lagu MP3 kualitas tinggi, atau 2000 lebih dokumen Word biasa, atau 2000 lebih file PDF jurnal. Bahkan dengan sedikit usaha yaitu merekomendasikan DROPBOX ke teman-teman Anda, Anda bisa mendapatkan tambahan bonus kapasitas sebesar 250MB tiap kali ada referral Anda yang bergabung dengan DROPBOX, maksimal bonus yang bisa diperoleh adalah 8GB. Wow! Masih kurang juga? Jangan khawatir, dengan sedikit merogoh kocek Anda bisa mendapat space hingga 100GB.

Bagaimana DROPBOX bekerja?

Umpama saja Anda memiliki file penting yang ingin Anda simpan di DROPBOX. Maka yang harus Anda lakukan adalah:

• Mendaftarkan akun DROPBOX (hanya untuk pertama)
• Upload file ke DROPBOX, bisa melalui website-nya atau melalui software DROPBOX yang bisa didownload secara gratis. Itu saja!

Lalu apa yang bisa dilakukan dengan file tersebut?

• Anda bisa mengaksesnya dimana saja kapan saja dengan login ke DROPBOX melalui PC, Laptop atau gadget/mobile phone Anda, yang penting ada koneksi internet.
• Anda bisa membagikannya (sharing) ke teman, kolega, customer, dosen, mahasiswa atau siapapun dengan cara mengundangnya melalui email. Kemudian kolega Anda langsung bisa mengaksesnya dengan mendaftarkan akunnya terlebih dahulu di DROPBOX (untuk pertama kali saja).

Simpel, mudah tetapi manfaatnya luar biasa bukan?

Sekarang coba bayangkan jika Anda bekerja di lab riset, dan Anda ingin berbagi jurnal dengan kolega peneliti di lembaga lain atau di luar negeri. Anda tidak perlu mengirimkan jurnal tersebut melalui email attachment yang ribet dan terbatas, Anda juga tidak perlu berulang kali mengirimkannya setiap kali ada tambahan jurnal baru atau ada koreksi pada file-file laporan penelitian. Anda juga tidak perlu repot-repot mensinkronkan file terbaru juga ada perubahan dari kedua belah pihak. Semuanya cukup dilakukan melalui DROPBOX.

Download Dulu Software DROPBOX, Pasti Lebih Mudah

Jika meng-upload atau mengakses file melalui website DROPBOX dirasa masih cukup ribet, cobalah download software DROPBOX ke komputer/laptop/gadget/mobilephone Anda. Setelah terinstall, maka otomatis akan dibuatkan folder DROPBOX.

Folder DROPBOX terbentuk secara otomatis

Yang perlu Anda lakukan jika ingin menyimpan file di DROPBOX hanyalah mengkopi file tersebut ke folder DROPBOX, selanjutnya biarlah DROPBOX yang bekerja untuk mengupload dan mensinkronkan file dengan yang ada di server DROPBOX.

Satu Langkah Mudah Upload File

Begitu pula jika Anda menerima kiriman file dari kolega, Anda tidak perlu repot-repot, check saja folder DROPBOX, tanpa kita sadari file tersebut sudah ada di situ. Anda juga akan menerima email notifikasi bahwa Anda telah dikirimi file oleh seseorang.

Selain itu, DROPBOX bisa diinstall di berbagai OS, baik Mac OS, Windows maupun Linux, serta perangkat mobile seperti iPhone, iPod Touch dan Android. Untuk perangkat mobile lain, cukup mengaksesnya melalui browser di http://m.dropbox.com.

Amankah DROPBOX?

Menurut DROPBOX, file-file Anda tersimpan secara aman karena seluruh transfer data dilakukan melalui SSL dan dienkripsi dengan metode AES-256. Singkat cerita, tingkat keamanannya setara dengan data-data perbankan dan militer. Jadi hanya Anda dan teman-teman yang diundang sajalah yang dapat mengakses file tersebut.

So, tunggu apa lagi? Dapatkan akun DROPBOX gratis, install softwarenya dan referensikan ke teman dan kolega. Selanjutnya, selamat berkomputasi awan.

PUBGET; Cara Express Mendapatkan PDF Jurnal

Bagaimana melakukan riset secara efektif tanpa kehabisan waktu untuk mencari literatur pada jurnal-jurnal ilmiah? PUBGET mungkin bisa membantu kita melakukannya.

Image from istockphoto.com with modification

Sebagai orang yang bergelut di dunia penelitian, pencarian literatur jurnal adalah sesuatu yang “wajib”. Setiap tahunnya, kira-kira seperempat miliar menit dihabiskan oleh para scientist di seluruh dunia untuk mencari literatur biomedis secara online! (BiteSizeBio). Tentu saja amat sayang jika waktu yang begitu banyak “hanya” dihabiskan untuk mencari jurnal, jika dialihkan untuk keperluan lain tentu akan lebih bermanfaat dan bisa mempercepat atau mengembangkan hasil penelitian. Bagaimana dengan Anda sendiri? Berapa jam per hari, per minggu atau per tahun yang Anda habiskan untuk mencari jurnal? Jika Anda merasa masih terlalu banyak, rasanya PUBGET bisa membantu Anda menghemat waktu.

PUBGET hadir dengan solusi menghemat waktu mengunduh (download ) jurnal-jurnal dalam bentuk PDF. Coba kita telusuri, apa yang kita lakukan untuk mengunduh file PDF jurnal?

• Masuk ke PubMed atau Google Scholar
• Memasukkan kata kunci pencarian
• Muncullah daftar hasil pencarian yang begitu buanyak
• Membaca cepat judul-judul artikel
• Skimming abstract
• Memutuskan apakah ingin membaca artikel secara lengkap
• Mencari-cari link dan mengikutinya hingga artikel lengkap muncul di layar (Untuk artikel berbayar, Anda harus memasukkan login account lebih dulu).
• Wah, artikel yang bagus! Unduh PDF-nya. Ups, mana link untuk mengunduhnya? Cari-cari link PDF. Ketemu! Klik > Simpan di Harddisk.

PUBGET memungkinkan kita untuk memotong setidaknya 2 langkah terakhir. Di bawah ini adalah langkah-langkahnya.

• Masuk ke situs PUBGET http://pubget.com/search

Pubget Home Page, http://pubget.com/search

• Untuk kali pertama, kita bisa sign-up untuk memperoleh account, jika punya account Google/Gmail, account tersebut bisa digunakan.
• Akses ke jurnal-jurnal bisa dilakukan melalui institusi kita (universitas, lembaga penelitian, dll) yang berlangganan jurnal-jurnal tertentu. Kita bisa memilih institusi kita melalui daftar yang ada atau memasukkan institusi kita ke dalam list. Nantinya semua jurnal yang dilanggan oleh institusi kita bisa langsung diakses, cukup sekali login dan tidak perlu login berulang-ulang.

Apa yang Mudah pada PUBGET?

Pencarian bisa dilakukan dengan dua cara, menjelajah artikel terkini pada jurnal-jurnal tertentu atau dengan memasukkan kata kunci pencarian. Semuanya ada di halaman utama pencarian. Hasil pencarian akan muncul dengan menampilkan daftar hasil pencarian di jendela sebelah kiri dan abstrak atau PDF lengkapnya di jendela sebelah kanan (untuk jurnal yang FREE atau kita punyai hak aksesnya, ditandai dengan logo PDF). Kita dapat melakukan skimming abstract dengan mengklik judul-judul artikel di jendela kiri. Artikel-artikel yang menarik dapat kita tandai dengan mengklik link “KEEP” untuk dimasukkan ke perpustakaan pribadi “keepers”.

Tampilan tanpa hak akses, hanya abstraksi jurnal saja

Tampilan dengan hak akses, full PDF

So, untuk mengunduh PDF, tinggal klik ikon “SAVE” dan simpanlah di harddisk. Simple sekali bukan? Selamat menjelajah jurnal.

Mendandani Firefox Agar Lebih “Intelek”

Firefox bisa didandani dengan add-ons menarik agar lebih “intelek”, tersedia berbagai add-on yang menunjang pekerjaan seorang scientist atau researcher.

Image from: aboutonlinetips.com

Firefox adalah salah satu internet browser handal yang popularitasnya kian menanjak. Selain karena kecepatannya, Firefox digemari karena banyak sekali Add-ons alias program-program kecil yang membuatnya lebih powerful. Kita dapat menambahkan Add-ons sesuka kita tergantung kebutuhan. Nah, buat kita yang bergelut dengan dunia science, beberapa add-ons berikut ini mesti ditambahkan untuk menambang ‘garang’ si Rubah Api alias Firefox. Dan yang bakal membuat kita kesengsem, semuanya free alias gratis

1. Eccellio Science

Eccellio Science adalah sebuah mesin pencari (search engine) yang memfokuskan pencarian pada situs-situs science. Add-ons ini berfungsi menambahkan opsi pencarian Eccellio Science pada kotak pencarian firefox yang biasanya ada di bagian kanan atas jendela browser. Add-ons ini sangat membantu pencarian untuk topik-topik riset.

2. i-cite

Pencarian online para life scientist bakalan lebih asyik berkat adanya i-cite. Add-ons ini akan menampilkan pencarian dari PubMed, EBI dan Google Scholar. Ke depannya i-cite akan memberikan fasilitas pencarian yang lebih spesifik seperti struktur protein, sekuen gen, hasil microarrays/PCR dan juga text mining.

3. Wired marker

Perlu menandai kata-kata atau kalimat penting pada suatu halaman web? Gunakan Wired Marker yang berfungsi layaknya highlighter pen (stabillo ^_^) yang akan menandai bagian teks secara permanen. Warnanya pun bermacam-macam, tinggal dipilih sesuai selera.

4. Firefox PDF Plugin for Mac OS X

Buat pengguna Mac, add-ons ini mesti dimiliki. Gunanya untuk menampilkan file-file PDF yang didownload dari internet secara langsung pada browser, lebih nyaman untuk browsing literatur/jurnal.

5. PDF Download

Buat pengguna windows tak perlu kecewa, ada PDF Download yang bisa menampilkan dokumen PDF di browser secara langsung.

6. Aspator

Hobi browsing literatur akan sangat terbantu oleh Aspator ini, tetapi saat ini terbatas pada literatur paten. Asparator memudahkan kita menjelajah dan membaca paten-paten dari website USPTO dan exp@cenet.

7. TimerFox

Jangan khawatir waktu inkubasi di lab terlewat gara-gara asik browsing, kita bisa memanfaatkan TimerFox untuk ngasih warning alias alarm layaknya jam weker atau stopwatch.

8. NoSquint

Membaca dokumen atau artikel secara langsung di suatu website kadang membuat mata lelah, apalagi jika ukuran hurufnya kecil. Dengan NoSquint ukuran teks, gambar maupun setting warna pada website dapat diatur agar nyaman dibaca. Pengaturan ini bisa diatur sama secara global atau berbeda untuk masing-masing situs.

9. Lab meeting

Add-on ini membantu kita mengakses labmeeting.com dengan mudah tanpa harus mengakses websitenya secara langsung, yaitu untuk mengumpulkan dan mengorganisir artikel jurnal yang kita temukan saat browsing. Tapi syaratnya kita harus punya akun terlebih dulu di labmeeting.com, gratis buat kita yang ada di dunia akademis atau institusi-institusi riset tertentu.

10. Twitterfox

Twitter kini semakin populer sebagai salah satu media social networking, fleksibilitas dan kemudahannya dalam penyebaran informasi membuat Twitter digemari banyak kalangan. Pejabat, politisi, selebritis, atlet, ilmuwan, net-marketer, semuanya keranjingan Twitter.

Belum punya akun Twitter? Jangan khawatir, buat saja di sini gratis. Kalau sudah punya, add-on Twitterfox bakal sangat membantu kita ber-twit ria, menyebarkan informasi dan mengupdate info dari pengguna Twitter lain yang kita ikuti (follow)

11. Molecular Biologist’s toolbar

Toolbar ini sebetulnya bukan add-on firefox seperti yang lainnya, tapi bisa diinstall di Firefox (atau IE). Sangat cocok buat kita yang berkecimpung dalam bidang Biologi Molekuler. Toolbar gratis dari Bitesizebio.com ini memiliki fasilitas pencarian dan tools yang sering digunakan para Molecular Biologist. Mau cari artikel di Pubmed, GoPubmed, Google Scholar, BioMed Central, Science Direct? Tinggal pilih. Ada juga tools untuk melakukan manipulasi sekuen DNA/protein, desain primer, plus widget-widget menarik lainnya.

Tertarik mencoba?

Begini caranya:

• Langsung aja meluncur ke link-link yang diberikan di atas menggunakan browser Firefox.
• Klik tombol “Add to Firefox”, ikuti petunjuknya
• Klik “install” dan tunggu beberapa saat hingga add-on selesai didownload
• Jangan lupa restart Firefox agar Add-on-nya berfungsi.

Kalau Anda menemukan add-on lain yang berguna dalam bidang scientific, silakan berbagi dengan SB-ers di kolom comment di bawah ini.

Sumber: Bitesizebio.com

10 Trik Googling untuk di Kantor atau Lab

Image from thescroogereport.wordpress.com

Apa yang kita lakukan dengan Google? Mencari informasi di dunia maya tentunya. Bisa kita bayangkan gimana jadinya internet tanpa google dan mesin pencari (search engine) lainnya, informasi di internet bagaikan jerami dalam tumpukan jarum, susah dicarinya. Tapi apa hanya itu kepintaran mbah Google? Tentu tidak, banyak fungsi lain yang sangat menarik dan berguna untuk keperluan sehari-hari kita di lab atau di kantor.

Yuk kita lihat apa saja kegunaan ekstra kotak ajaib di halaman www.google.com itu.

• TIME. Saat kita hendak menelepon kolega kita di luar negeri dan khawatir mengganggu tidurnya karena kita gak tau jam berapa di sana, tanya saja si’mbah. Mbah, jam berapa di Manchester sana? Si’mbah akan segera menjawab dengan tepat dan cepat. Tapi kita harus nanya si’mbah baik-baik dengan bahasa yang dia ngerti, caranya ketik time<spasi>kota yang ingin kita ketahui waktunya (contoh: “time manchester” –tanpa tanda petik).
• CALCULATOR. Selagi browsing tiba-tiba kita harus menghitung sesuatu tapi males cari kalkulator? Jangan khawatir, cari mbah Google dan ketikkan hitung-hitungannya di kotak pencarian. Contohnya untuk menghitung pH asam asetat 0.01 M (Ka=0.5) tinggal ketikkan “- log sqrt (0.5*0.01)”.
• BOOK SEARCH. Mencari buku secara online tidaklah sulit, tulisakan saja judul buku atau pengarangnya, dan si’mbah akan mencarikannya pada daftar yang ada books.google.com di sela-sela hasil pencarian normalnya. Misal “bioinformatics” untuk mencari buku-buku dengan judul yang mengandung kata bioinformatics.
• DICTIONARY DEFINITIONS. Kalau kita menemukan kata asing pada jurnal yang sedang kita baca dan ingin tahu definisinya, tanya langsung si’mbah. Ketik “define:” diikuti dengan kata asing tersebut. Si’mbah akan segera mencarikan definisinya dari berbagai sumber online. Keren ya?
• SPELL CHECKER. Coba perhatikan ketika kita melakukan pencarian di Google, kadang-kadang muncul kalimat “Did you mean:….” di bagian atas hasil pencarian jika kita salah mengeja suatu kata atau kalimat. Nah, suatu saat ketika kita sedang mengetik makalah atau mengirim email berbahasa Inggris dan ragu dengan pengejaannya (spelling), coba aja ketikkan kata tersebut di kotak pencarian Google, dan kalau salah, si’mbah akan memberikan saran spelling yang benar.
• FILL IN THE BLANK. Kalau si’mbah ikutan lomba cepat tepat mungkin dia bisa juara seperti Lintang dkk di film Laskar Pelangi. Kalau ditanyakan “Watson Crick discovered *” maka si’mbah dengan sigap akan menjawabnya dengan benar. Jadi tinggal tambahkan tanda asterik (*) setelah kata kunci pencarian.
• PACKAGE TRACKING. Ketika kita mengirimkan paket menggunakan jasa pengiriman seperti UPS, Fedex, atau USPS, dan ingin tahu posisi barang tersebut, track saja pake si’mbah. Ketikkan tracking number-nya di kotak ajaib Google dan kita akan segera tahu status kiriman kita saat ini.
• PATENT NUMBER. Ingin mencari US patent? Ketik saja “patent” diikuti nomor patennya di kotak pencarian.
• SITE SEARCH. Hasil pencarian Google terkadang sangat banyak dan diambil dari semua website. Jika kita hanya ingin mencari informasi pada website tertentu saja, tambahkan “site:” diikutii alamat website setelah kata kunci pencarian. Misalnya mencari informasi tentang ethanol di situs Merck Indonesia, ketikkan “ethanol site:www.merck.de”.
• SYNONYM SEARCH. Dengan menambahkan tanda (~) di depan kata kunci pencarian, maka si’mbah akan mencari kata/frase tersebut dan semua sinonimnya, misalnya kalau dituliskan “~street” maka kita akan tahu bahwa sinonim street adalah road.

Gimana? Hebat ya si’mbah Google? Kredit patut kita berikan pada para insinyur di balik layar Google yang begitu cerdas dan inovatif yang memberikan kita sesuatu yang amat simpel tapi sangat bermanfaat.

Jika Anda menemukan trik-trik lain yang sangat bermanfaat menunjang pekerjaan di kantor atau di lab, jangan sungkan untuk berbagi di sini melalui kotak komentar di bawah.

Sumber: BiteSizeBio dan Google Help

GoPubMed, Mencari Jurnal Jadi Lebih Efektif

Mencari literatur ilmiah saat ini tidak sesulit dulu. Adanya internet mempermudah orang untuk mencari atau berbagi informasi apa saja, termasuk literatur ilmiah. Kalau di tahun 90-an literatur ilmiah seperti jurnal hanya bisa didapatkan di perpustakaan-perpustakaan –itu pun belum tentu lengkap, kini dengan duduk rileks di depan komputer, literatur dengan mudah didapat, asalkan ada jaringan internet. Setelah sedikit nanya sama Om Google, dengan beberapa kali klik literatur sudah di tangan (maksudnya di harddisk).

Semudah itu? Ternyata tidak juga. Memang sih ribuan bahkan jutaan literatur bertebaran di internet, tapi bagaimana cara kita memilah literatur mana yang benar-benar kita perlukan? Nggak mungkin kita mengunduh (mendownload –red) semua literatur dan membacanya satu per satu. Barangkali Om Google bisa membantu memilah asalkan kita menuliskan kata kunci (keyword) pencarian yang tepat, apalagi dengan adanya Google Scholar yang mengkhususkan pencarian referensi ilmiah di internet. Namun rasanya itu saja belum cukup, masih terlalu banyak hasil pencarian yang mesti kita pilah-pilah.

+Continue Reading