E. coli diamati menggunakan mikroskop elektron (image from Wikipedia)
Di antara berbagai mikroorganisme yang dapat digunakan untuk memproduksi protein heterologus, E. coli menjadi salah satu pilihan yang paling menarik. Berbagai keunggulan yang dimiliki E. coli antara lain adalah kemampuannya untuk tumbuh dengan cepat, densitas sel yang tinggi, substrat pertumbuhan yang murah, karakteristik genetik yang jelas, serta ketersediaan berbagai pasangan vektor kloning dan strain mutan. Meskipun tidak selalu ada jaminan bahwa protein heterologus akan dihasilkan oleh E. coli dalam jumlah yang tinggi dan aktif secara biologis, berbagai cara telah dilakukan untuk meningkatkan performa dari mikroorganisme ini. Berikut ini adalah sedikit penjelasan mengenai faktor-faktor yang selama ini dikaji berbagai peneliti untuk meningkatkan performa E. coli sebagai inang ekspresi protein heterologus: +Continue Reading
Perangkat PAGE Vertikal (image from uniequip.com)
Sampai saat ini kita telah melihat masalah yang timbul selama proses persiapan dan running SDS-PAGE. Kali ini kita akan melihat dan membagikan solusi atas masalah yang biasa muncul saat proses sesudah running terutama saat proses pewarnaan hasil elektroforesis.
+Continue Reading
Perangkat PAGE Vertikal (image from uniequip.com)
Memang banyak sekali faktor yang bisa mempengaruhi keberhasilan SDS-PAGE. Pada artikel bagian pertama kita sudah membahas beberapa masalah yang sering terjadi dan pemecahannya. Sekarang kita akan melanjutkan pembahasan beberapa masalah yang biasa muncul saat menjalankan SDS-PAGE dan solusi mengatasinya.
+Continue Reading
GFP diisolasi dari Ubur-ubur untuk digunakan dalam studi ekspresi gen (image from nobelprize.org)
GFP atau Green Fluorescent Protein adalah protein yang dapat berpendar yang secara alami dihasilkan oleh ubur-ubur. GFP kini digunakan secara luas dalam studi-studi ekspresi gen maupun mikroskopik karena aplikasinya yang relatif mudah. Hanya dengan adanya pendaran cahaya dapat menunjukkan bahwa gen yang kita teliti terekspresi. Hmm, bagaimana bisa?
+Continue Reading
Perangkat PAGE Vertikal (image from uniequip.com)
Sebelumnya telah diberikan beberapa tips dan trik yang dapat mempermudah pengerjaan SDS-PAGE namun tentunya masalah bisa datang tanpa ada yang tahu. Apakah hasil yang buruk, proses SDS-PAGE yang terganggu, atau kerusakan di gel, banyak sekali hal yang dapat memperlambat dan mengganggu proses pengumpulan data kita. Dalam artikel kali ini akan dibahas troubleshooting untuk beberapa masalah yang umum ditemukan pada proses SDS-PAGE. Semoga dapat membantu!
+Continue Reading
SDS PAGE
Tidak seperti elektroforesis agarose yang persiapannya cukup sederhana, banyak peneliti menemukan masalah saat akan melakukan persiapan SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis). Bahan yang berbahaya, proses pembuatan yang memakan waktu, sampai berbagai macam resiko seperti kebocoran dan gel yang tidak membeku menyebabkan SDS-PAGE sering dikatakan ‘merepotkan’. Beberapa cukup beruntung dapat menggunakan gel pre-set namun masih banyak dari kita yang harus menyiapkan dari nol. Di website ini telah dibahas cara mencegah kebocoran SDS-PAGE dan kali ini akan dipaparkan tips dan trik dalam menjalankan SDS-PAGE untuk meminimalisir kesalahan dan meningkatkan kualitas hasil yang didapat. +Continue Reading
Ilustrasi DNA Walker (image from: rsc.org)
Apabila kita membayangkan rekayasa molekul genetik, kita cenderung membayangkan transformasi genetika seperti memindahkan sifat dari organisme yang satu ke organisme yang lain. Oleh karena itu sangat unik melihat hasil penelitian kerjasama antara New York University dan Nanjing University yang satu ini. Mereka membuat molekul DNA yang mampu bertindak layaknya mesin konstruksi, bisa mengangkat dan memindahkan molekul-molekul secara otonom. +Continue Reading
SYBR Green dye (image from vulgariz.com)
Kontributor: Yul Kurniatun
Kesadaran mengenai keamanan, telah mendorong pemilihan bahan yang aman dan ramah bagi personal laboratorium dan lingkungan. Contohnya pada praktek biologi molekuler. Sekarang tersedia alternatif pengganti ethidium bromide (EtBr) yang diklaim lebih aman, yaitu SYBR green. Tersedia di pasaran dengan nama dagang SYBR green I nucleic acid gel stain dan SYBRsafe dalam konsentrasi 10.000X.
Mengutip dari Wikipedia, SYBR green I bersifat 25X lebih sensitif dibandingkan EtBr. Sementara, SYBRsafe yang merupakan turunan dari SYBR green memiliki sensitifitas sama dengan EtBr. Namun potensi yang ada akan berkurang nilainya jika penggunaan bahan tidak dilakukan secara tepat.
+Continue Reading
Alat DNA Sequencer
Hasil analisa DNA sequencing idealnya terdiri atas peak-peak yang terbaca dengan jelas, memiliki baseline noise rendah, background yang tidak signifikan dan memiliki spasi antar peak yang merata. Namun pada kenyataannya terkadang electropherogram dari sampel kita jauh dari harapan dan mengandung banyak ‘keanehan-keanehan’. Apa saja keanehan yang sering terjadi dan mengapa bisa terjadi? +Continue Reading
Presentasi Microarrays
Berikut ini adalah materi presentasi mengenai dasar-dasar Microarrays dalam format PDF. Materi ini meliputi:
- Pendahuluan Gene Expression
- Istilah-istilah penting dalam Microarrays
- Prinsip dasar Microarrays
- Microarrays Workflow yang meliputi: Biological question, Experimental design, Microarrays experiment dan Data analysis
Untuk yang berminat bisa mendownload melalui link berikut ini:
- Microarrays – Intro
- Microarrays
- Microarrays Animation from Virtual Lab
Semoga bermanfaat.
![Bakteri purba dari sedimen sub-permukaan [image from: the-scientist.com]](http://sciencebiotech.net/wp-content/uploads/2012/05/20120523-074119-60x33.jpg "Bakteri purba dari sedimen sub-permukaan [image from: the-scientist.com]"){kind=small}
