Archive for the ‘Microarrays’ Category

Materi Presentasi Microarrays

Presentasi Microarrays

Berikut ini adalah materi presentasi mengenai dasar-dasar Microarrays dalam format PDF. Materi ini meliputi:

• Pendahuluan Gene Expression
• Istilah-istilah penting dalam Microarrays
• Prinsip dasar Microarrays
• Microarrays Workflow yang meliputi: Biological question, Experimental design, Microarrays experiment dan Data analysis

Untuk yang berminat bisa mendownload melalui link berikut ini:

1. Microarrays – Intro
2. Microarrays
3. Microarrays Animation from Virtual Lab

Semoga bermanfaat.

Bagaimana Microarrays digunakan untuk Penelitian Kanker?

Hasil Deteksi Microarrays (image from microarray.org)

Kontributor: Lidya Kristiani (Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)

DNA microarray adalah teknologi yang digunakan untuk melihat urutan sekuens asam nukleat yang berada pada lokasi tertentu dan dapat digunakan untuk menganalisa beribu-ribu sampel pada waktu yang bersamaan. Prinsipnya adalah mengandalkan kemampuan DNA sampel yang telah dilabel dengan zat fluorescent untuk melakukan rekombinasi dengan probe yang telah ada pada chip microarray (Stekel 2003). +Continue Reading

Microarrays untuk Penelitian Penyakit Asma

Penderita Asma (image from asthmasociety.com)

Kontributor: Surlia Yusmita (Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)

Microarray merupakan suatu array DNA yang ukuran diameter dari spot DNA kurang dari 250 microns. Teknik microarray ini menggunakan sampel yang diberi label flurescent yang dapat berpendar pada panjang gelombang tertentu. Pewarna yang biasa digunakan adalah Cy3 dan Cy5. Dengan pewarna ini, dapat dideteksi perbedaan ekspresi genetik antara dua sampel berbeda misalnya sampel orang sehat dan penderita kanker. Microarray DNA ini juga biasa disebut sebagai DNA Chip. DNA Chip terdiri dari ribuan deret DNA yang tercetak dalam array densitas tinggi pada sebuah slide seukuran gelas mikroskop menggunakan suatu teknik yang disebut sebagai robotic arrayer. +Continue Reading

Beberapa Aplikasi DNA Microarrays

image from chem.agilent.com

Kontibutor: Sumitomo Ueno (Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)

Microarray merupakan suatu analisa hibridisasi gen dalam skala mikro dengan melibatkan banyak (bisa sampai beribu-ribu) gen dalam 1 kali percobaan. Hibridisasi dilakukan di atas slide yang berisi oligonuklotida yang berbeda-beda dan oleh sebab itulah microarray bersifat unik.

Microarray yang melibatkan banyak gen dengan sifat yang unik itulah yang menyebabkan peneliti dapat melihat/menganalisa ekpresi gen tersebut dengan menggunakan kontrol sebagai pembanding. Jika terdapat perbedaan gen yang dianalisa dengan kontrol maka dapat diasumsikan bahwa terdapatnya ekspresi yang ditimbulkan gen tersebut berdasarkan perlakuan.  +Continue Reading

Aplikasi DNA Microarrays untuk Kanker Payudara

DNA Microarrays Slide (image from agilent.com)

Kontributor: Laora Ocktreya (Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)

Salah satu aplikasi DNA Microarrays adalah untuk mengamati perubahan tingkat ekspresi genetik dari berbagai gen secara bersamaan. Jumlah gen yang diamati bisa puluhan, ratusan bahkan ribuan. Contoh aplikasinya adalah untuk meneliti kanker payudara dan respon pasien akan terapi yang diberikan untuk mengobati penyakit tersebut. Dengan DNA Microarrays ini dokter dapat memprediksi respon atau ketahanan pasien terhadap pengobatan, terutama pada kemotrapi. +Continue Reading

Important Terms Related to Microarrays

DNA Microarrays

Gene Expression

• With only a few exceptions, every cell of the body contains a full set of chromosomes and identical genes.
• Gene expression is a highly complex and tightly regulated process that allows a cell to respond dynamically both to environmental stimuli and to its own changing needs.
• This mechanism acts as both an “on/off” switch to control which genes are expressed in a cell as well as a “volume control” that increases or decreases the level of expression of particular genes as necessary.

Central Dogma of Molecular Biology

Transcription

Transcription is the process by which the information contained in a section of DNA is transferred to a newly assembled piece of messenger RNA (mRNA). Transciption is consisted of three steps:

Initiation

Elongation

Termination

mRNA

Messenger ribonucleic acid (mRNA) is a molecule of RNA encoding a chemical “blueprint” for a protein product. mRNA is transcribed from a DNA template, and carries coding information to the sites of protein synthesis: the ribosomes.

Polyadenylation

• Polyadenylation is the covalent linkage of a polyadenylyl moiety to a messenger RNA molecule at 3’ end (3′ poly(A) tail).
• Protecting mRNA from degradation by exonucleases.
• Important for transcription termination, export of the mRNA from the nucleus, and translation.
• Occurs during and immediately after transcription of DNA into RNA.

Reverse Transcription

• Reverse Transcription is the transfer of information from RNA to DNA (the reverse of normal transcription).
• This is known to occur in the case of retroviruses, such as HIV, and, in higher eukaryotes, in the case of retrotransposons.
• It is not, however, the general case in most living organisms.

Complementary DNA (cDNA)

• cDNA is DNA synthesized from a mature mRNA template in a reaction catalyzed by the enzyme reverse transcriptase.
• This enzyme operates on a single strand of mRNA, generating its complementary DNA based on the pairing of RNA base pairs (A, U, G and C) to their DNA complements (T, A, C and G respectively).
• We can use oligo dT(n) or random oligo as primer.

Oligonucleotide synthesis

• Oligonucleotide systhesis is the non-biological, chemical synthesis of defined short sequences of nucleic acids Automated synthesizers allow the synthesis of oligonucleotides (typically single stranded) up to 160 to 200 bases
• Commonly used as primers, probes and to generate restriction sites

Nucleic acid hybridization

• Hybridization is the process of combining complementary, single-stranded nucleic acids into a single molecule.
• Nucleotides will bind to their complement under normal conditions, so two perfectly complementary strands will bind to each other readily.
• Southern and Northern blotting are the exist two kind of nucleic acid hybridization

Fluorescence

Fluorescence is a luminescence that is mostly found as an optical phenomenon in cold bodies, in which the molecular absorption of a photon triggers the emission of another photon with a longer wavelength.

Fluorophore

Fluorophore is a component of a molecule which causes a molecule to be fluorescent. It is a functional group in a molecule which will absorb energy of a specific wavelength and re-emit energy at a different (but equally specific) wavelength.

DNA Labeling

• DNA Labeling is an addition of a chemical into DNA strand to make them visualizable.
• A label can be a radioactive compound or a fluorophore.
• The most famous fluorophore family used in Microarray experiment is Cyanine (Cy),there are two mostly used of Cy compounds, Cy3 and Cy5.

Presentation format of this article is available here