Alat DNA Sequencer
Hasil analisa DNA sequencing idealnya terdiri atas peak-peak yang terbaca dengan jelas, memiliki baseline noise rendah, background yang tidak signifikan dan memiliki spasi antar peak yang merata. Namun pada kenyataannya terkadang electropherogram dari sampel kita jauh dari harapan dan mengandung banyak ‘keanehan-keanehan’. Apa saja keanehan yang sering terjadi dan mengapa bisa terjadi? +Continue Reading
Logo RSS (image from adcet.edu.au)
Saat ini informasi begitu mudah didapat melalui internet, namun bagaimana cara paling mudah untuk membaca informasi dari internet? Setiap orang tentu punya cara tersendiri yang dirasa paling enak, misalnya dengan membuka situs dan membacanya langsung. Pada tulisan kali ini kami akan menunjukkan cara membaca informasi di internet yang lebih praktis dan mudah diakses dari mana saja kapan saja.
RSS atau Really Simple Syndication adalah fasilitas yang umumnya diberikan oleh suatu situs untuk mengambil hanya isi artikelnya saja, hanya tulisan dan kadang-kadang disertai gambar. Begitu terdapat update terbaru pada website maka otomatis ter-update juga pada RSS. Jadi anda mendapatkan beberapa keuntungan: +Continue Reading
RSS Feed (image from swayaminfotech.com)
Getting up-to-date with scientific discoveries is important and is one of the basic skills for scientists. There is a number of ways to do this. The two-most-common practices are to subscribe to electronic table of contents (e-toc) delivered to email and the second is to use RSS Feed reader. The latter is more practical and robust compared to the former. I believe some of you are already using this tool to retreive news or articles throughout the web, but for you who are new to this, this tool might be useful.
Electropherogram DNA Sequencing (Image from sciencephoto.com)
Bagi Anda penggemar kloning tentu sering melakukan sekuen DNA plasmid rekombinan. Ini biasanya dilakukan untuk memverifikasi apakah insert yang kita klon sudah benar sesuai dengan yang kita inginkan dan mengecek apakah ada mutasi pada insert tersebut. Namun seringkali, hasil sequencing tersebut masih mengandung sekuen plasmid/vektor yang ikut terbaca.
Bagaimana cara membedakan sekuen plasmid/vektor dari insert? Ini penting karena jika kita ingin mempublikasikan sekuen plasmid rekombinan, maka harus dibersihkan terlebih dahulu dari sekuen vektornya, agar tidak terjadi ambiguitas. Cara yang paling mudah dan cepat adalah dengan bantuan VecScreen dari NCBI.
Normal Red Blood vs Sickle Cells
Kontributor: Wati Chandra (Fakultas Teknobiologi Unika Atmajaya Jakarta)
Mutasi adalah suatu perubahan frekuensi dan kombinasi alel, gen, atau kromoson secara seketika (spontan).
Mutasi didefinisikan secara sederhana sebagai perubahan materi genetik berupa DNA/RNA (sifat-sifat yang dapat diwariskan secara genetik pada keturunannya). Mutasi dapat terjadi secara alami, namun kemungkinannya hanya 1:10.000 individu. Radiasi, radioaktif, dan senyawa kimia lainya dapat menyebabkan mutasi, bahkan tubuh dapat memutasi dirinya sendiri, hal ini disebabkan kesalahan dalam pembuatan materi genetik (tubuh menggandakan materi genetiknya setiap waktu) namun hal ini kemungkinannya sangat kecil yakni 10-6 sampai 10-8 setiap penggandaan. +Continue Reading
George Clooney
Banyak orang tidak menginginkan rambut abu-abu karena dianggap identik dengan usia lanjut, namun kini diduga bahwa proses yang menghasilkan rambut abu-abu tersebut dapat melindungi kita dari kanker.
Melanocyte adalah sel yang memproduksi pigmen yang mewarnai rambut, jumlah sel tersebut terus ditingkatkan oleh stem cell sehingga warna rambut dapat terus terjaga. Nah, jika rambut mulai berwarna abu-abu, itu karena jumlah stem cell dalam folikel rambut berkurang. Kenapa bisa berkurang? Inilah yang berusaha dijawab oleh Emi Nishimura dari Tokyo Medical and Dental University Jepang, dengan menelitinya pada tikus percobaan. +Continue Reading
Presentasi Microarrays
Berikut ini adalah materi presentasi mengenai dasar-dasar Microarrays dalam format PDF. Materi ini meliputi:
Untuk yang berminat bisa mendownload melalui link berikut ini:
Semoga bermanfaat.
Kabarnya backbone DNA alien tersusun dari unsur arsen, bukan fosfor 
(Image from dogonews.com)
Mendengar kata arsen kita pasti langsung teringat racun, karena senyawaan arsenik memang sangat berbahaya bagi tubuh dan bahkan sangat mematikan. Lalu bagaimana jadinya jika ada mikroorganisme yang ternyata bersahabat dengan arsen? Jangan-jangan masih ada hubungan saudara dengan alien.
Awal Desember 2010, masyarakat Indonesia digegerkan dengan beberapa fenomena alam, seperti lahirnya sapi berkaki enam dan kambing yang berperilaku layaknya anjing. Berita akan fenomena ini begitu besar sehingga mendapat perhatian dari masyarakat luas. Pada saat yang bersamaan, ilmuan dunia digegerkan oleh suatu penemuan yang lebih besar. Bakteri yang dapat hidup dan berkembang biak menggunakan senyawa arsen. +Continue Reading
Para ilmuan Jepang menemukan bahwa anak tikus yang dihasilkan dari material genetic yang berasal dari dua tikus betina tanpa ada material genetic dari ayahnya, hidup lebih lama dibanding anak tikus dengan campuran genetic normal, campuran gen maternal dan paternal. Penemuan ini bias menjadi bukti awal bahwa gen sperma mungkin memberi efek pada lama hidup mamalia.
Penelitian ini menemukan bahwa tikus dari genome dua betina (bi-maternal mice/BM) rata-rata mempunyai usia 186 hari lebih lama dibanding tikus control (tikus dari kombinasi normal gen jantan dan betina). Umur rata-rata dari tikus hasil percobaan ini adalah 700-800 hari.
Studi ini bermula dari pertanyaan mengapa wanita umumnya mempunyai usia yang labih panjang di banding pria. Dan ini terjadi hampr pada semua jenis mamalia. Jenis betina mempunyai usia hidup yang lebih lama dibanding jenis jantan. Fenomena ini sampai sekarang belum dapat dijelaskan dari segi ilmu pengetahuan dan science. Apakah panjangnya usia pada mamalia ditentukan oleh komposisi genom dari hanya satu orangtua atau dari kedua orangtuanya?
Untuk menjawab ini Prof Kono dan Dr Kawahara mempelajari tikus yang di ‘buat’ tanpa adanya peran sperma dari tikus jantan.
Untuk melakukan ini, mereka mengumpulkan oocyte (sel telur) yang belum berkembang dari tikus berumur satu hari (day-old mice), memanipulasi oocyte ini sehingga gen-nya mempunyai sifat seperti gen pada sperma. Kemudian ditranplantasikan kedalam oocyte tikus betina dewasa yang telah dihilangkan inti selnya (enucleated oocytes). Sel telur yang telah direkonstruksi ini akan berkembang menjadi embrio, yang kemudian diransfer kedalam rahim tikus betina yang kelak akan menjadi ibunya. Tikus yang lahir akan menjadi tikus bi-maternal (BM), mempunyai material genetic yang berasal dari dua orangtua betina, tanpa ayah.
Sebagai control digunakan tikus melalui pembuahan normal yang secara genetic sama dengan tikus BM, hanya saja menggunakan campuran gen normal, jantan dan betina.
Secara keseluruhan terdapat 13 tikus BM dan 13 tikus control. Lamanya hidup tikus BM rata-rata adalah 841.5 hari, sementara tikus control 655.5 hari, 186 hari lebih lama. Para ilmuan juga menimbang berat tikus-tikus tersebut pada hari ke 49 dan 600 (20 bulan setelah kelahiran). mereka menemukan tikus BM lebih ringan dan kecil daripada tikus control. Tikus BM juga terindikasi mempunyai system immune yang lebih baik, dengan peningkatan signifikan pada salah satu sel darah putih, eosinophil.
Kedua kelompok tikus dipelihara dalam lingkungan yang sama, dengan akses bebas ke makanan, sehingga perbedaan karena factor lingkungan bias diabaikan.
Menurut Prof Kono, alasan tikus BM cenderung memiliki usia hidup yang lebih lama adalah karena factor represi dari gen yang disebut Rasgrf1 yang terdapat pada tikus BM. Gen ini umumnya terekspresi dari kromosom paternal dan merupakan imprinted gen pada kromosom 9 yang berhubungan dengan pertumbuhan post-natal.
Namun belum jelas apakah Rasgrf1 betul-betul berhubungan dengan lamanya usia hidup atau tidak. Tapi yang jelas gen ini menjadi salah satu kandidat kuat sebagai gen yang bertanggung jawab terhadap fenomena tersebut.
Meskipun masih sangat awal, studi ini mungkin dapat memberikan jawaban tentang pertanyaan berikut.
Apakah lamanya usia hidup pada mamalia ditentukan oleh komposisi genom salah satu atau kedua orangtua??
Dan mungkin juga pertanyaan lain, yaitu apakah wanita diuntungkan karena mempunyai usia hidup lebih lama secara genetic dibanding pria..??
Artikel terkait:
Greenland (Image from abcnews.com)
Artikel ini bukan sebuah cerita horor yang diangkat jadi film, tapi bener-bener kisah nyata. Ceritanya ada spesies bakteri mungil yang berhasil ‘dihidupkan’ lagi setelah 120 ribu tahun lamanya terkubur pada kedalaman tiga kilometer dalam lempengan es Greenland. Penemuan ini memberi harapan akan adanya kehidupan serupa di lingkungan ber-es di planet lain.
Bakteri ini secara resmi dinamai Herminiimonas glaciei, bentuknya berupa batang dengan panjang hanya 0,9 mikrometer dan diameter 0,4 mikrometer, sekitar 10 – 50 kali lebih kecil dibanding bakteri yang sudah ngetop lebih dulu, Escherichia coli. +Continue Reading
